Обвиняемому было разрешено подавать кассацию папе относительно действия трибунала и мер, принятых инквизицией. Папа либо соглашался, либо отвергал кассацию, руководствуясь при этом всеми правилами закона. Но кассация эта не приводила ни к чему, ибо инквизиторы имели привычку приезжать в Рим, чтобы там доказывать правоту своих действий, и почти всегда умели выигрывать дело.
В инквизиционном суде не существовало какой-нибудь определенной процедуры, и судьи не назначали срока для установления доказательств возведенного обвинения.
После показания и защиты обвиняемого, приступали к судоговорению немедленно и без всяких других формальностей, причем преступность определялась инквизитором и местным епископом или их представителями. Если осужденный отрицал возводимое на него обвинение, его подвергали пытке, дабы вынудить от него сознание в совершенном преступлении. Но если считали, что нет оснований прибегать к пытке, то судьи выносили окончательный приговор по данным процесса.
Так как инквизиторы хотели соразмерить степень виновности с тяжестью подозрений, то последние были подразделены на три категории, которые были обозначены словами: легкое, серьезное и тяжелое. Соответственно с этим суд определял, что обвиняемый провинился в предосудительных поступках против религии и подал повод к обвинению его (в той или иной степени) в еретичестве или подозрению его в этом преступлении.
Обвиняемый, объявленный подозрительным, хотя бы в самой легкой степени, допрашивался, согласен ли он отречься от ересей, в частности от той, в которой он обвинялся; если он отвечал утвердительно, то его освобождали от анафемы и присоединяли к церкви, приговорив лишь к покаянию; если он отказывался отречься от ереси, то его отлучали; а если в течение года он не испрашивал отпущения грехов и не отрекался, то считался закоренелым еретиком, и с ним поступали соответственно степени его преступности.
Установив, что обвиняемый был лишь формальным еретиком, согласным от всего отречься и нисколько не стремившимся снова впасть в ересь, трибунал снова присоединял его к церкви, приговорив лишь к легким наказаниям и покаянию.
Закоренелым еретиком считался тот, который был уже однажды осужден, как формальный еретик или как находящийся под тяжким подозрением. Не будучи даже в этом положении, но раз отказавшись отречься, он передавался гражданскому суду и не только тогда, когда он добровольно сознавался в формальной ереси или когда это преступление, несмотря на все его протесты, было ему вменено в вину на основании положительных данных, но и тогда, когда его только коснулось подозрение третьей категории (тяжелое).
Если обвиняемый раскаивался и ходатайствовал о присоединении к церкви, но оказывался рецидивистом, его не предавали гражданскому суду, а предавали смертной казни. Инквизиция никогда не прощала дважды; тогда инквизитор, вынося приговор обвиняемому, поручал нескольким священникам, пользующимся особым доверием, подготовить его к ожидавшей его участи и убедить, исходатайствовать себе перед инквизицией разрешение исповедоваться и причаститься. Затем происходило на городской площади ауто-да-фе, объявленное повсеместно. На эшафоте прочитывался приговор, согласно которому осужденный предавался в руки гражданской власти. Последние распоряжения заключались в просьбе к судьям о гуманном с ним обращении. Он выдавался им, будучи предварительно лишен епископом сана, если он был священником. Когда обвиняемый был нераскаявшимся еретиком, но не рецидивистом, он приговаривался к передаче гражданскому суду, т. е. к смерти, но его вели к казни лишь после долгих увещеваний и стараний обратить и вернуть в лоно католической церкви. Допускалось и как бы даже поощрялось, чтобы его родственники, друзья, соотечественники, духовные лица и все более или менее известные люди навещали его в тюрьме, с целью образумить его. Даже сам епископ и инквизитор навещали заключенного и убеждали его вернуться в лоно церкви. Несмотря на упорно проявляемое им одно лишь желание — быть поскорее сожженным (что часто случалось, потому что люди эти считали себя мучениками и потому выказывали большую стойкость), инквизитор никогда на это не соглашался; он, наоборот, удваивал свою доброту и мягкосердечие, удалял всех, могущих внушить ему страх, и старался убедить его, что, покаявшись, он избежит смерти, лишь бы он не сделался рецидивистом.
Эти меры не мешали однако тому, что ауто-да-фе назначалось в определенное время и что о нем оповещали всех, дабы народ мог собраться для этого зрелища. Если обращения не было, то эшафот сооружался на площади; актуариус (секретарь) читал перед собравшимся народом обвинительный акт и приговор суда; после чего начиналась проповедь инквизитора; а после окончания проповеди, осужденный передавался в руки королевского правосудия, его вели на костер, в пламени которого он погибал.