Парижский университет много содействовал падению влияния инквизиции. Он заменял последнюю в вопросах исследования учений и в определении преступлений ереси. Университет давал экспертов епископам и инквизиторам при разрешении спорных вопросов. После того как на место старых угасших ересей нарождались новые, подвергалось обсуждению университета все, что не сходствовало с учением католической Церкви, и решение ученой корпорации считалось окончательным.
Однако инквизиция не перестала существовать. Папы были заинтересованы в поддержании инквизиции; должность инквизитора пользовалась еще влиянием и иногда приносила доходы; и поэтому ее горячо домогались. В 1414 г. два кандидата спорили о месте в Тулузе; в 1424 г. в Каркассоне разыгралась позорная ссора между двумя соискателями. Женевская епархия была также предметом спора. Еще Николай IV в 1290 г. присоединил женевский кантон вместе с другими французскими кантонами к доминиканскому инквизитору Безансонской провинции. Женева в церковном отношении зависела от Виеннской архиепископии, которая находилась тогда в ведении францисканской инквизиции Прованса, и папа Григории XI в 1375 г. отнес Женеву к провансальской инквизиции. Это подтверждалось в 1409 и 1418 гг. Мартин вернул доминиканцам Женеву в 1419 г. Однако в 1434 г. Евгений IV снова отдал Женеву францисканской инквизиции. Но в 1472 г. при Сиксте IV в Женеву и Лозанну были назначены доминиканцы, в 1491 г. – также.
Однако пост инквизитора, хотя его и упорно домогались, не давал никаких законных доходов. Во время смут XV в. корона прекратила отпуск денег инквизиторам. В 1409 г. Александр V предписал своему легату изыскать средства для покрытия расходов инквизитора, его помощника, нотариуса и служителей. Легат предложил, чтобы или евреи Авиньона уплачивали триста марок золотом, или каждый епископ уплачивал расходы инквизитора за все время пребывания его в епархии, или каждый епископ давал ежегодно по десять флоринов за счет духовных завещаний, сделанных с благотворительной целью. В 1418 г. Мартин V также писал нарбоннскому архиепископу, чтобы он изыскал средства на покрытие неотложных нужд инквизиции.
Несмотря на материальные затруднения и падение влияния, инквизиция продолжала деятельность. В 1430 г. инквизитор вместе с епископом Турнэ сжег несколько еретиков в Лилле. В 1431 г. Филипп Добрый приказал своим чиновникам приводить в исполнение все приговоры инквизитора в Лилле и Камбрэ. Однако указом Филиппа Доброго чиновникам предписывалось производить аресты только в том случае, если было произведено предварительное следствие и были соблюдены все законные формальности.
Когда англичане были окончательно изгнаны из Франции, Николай V решил в полной мере восстановить инквизицию и укрепить ее. Булла от 1 августа 1451 г., посланная инквизитору Франции, отдает под его юрисдикцию не только королевство Францию, но и герцогство Аквитанское, Гасконь и Лангедок. Папа поручал инквизитору ведение всех преступлений, подсудность которых инквизиции была до сих пор спорной: богохульство, святотатство, колдовство, преступления противоестественного характера. Инквизитор получал право вести все дела и выносить решение, не приглашая на совещание епископа.
Несмотря на все усилия папы, ничто не могло поднять инквизицию во Франции до былого всесилия. В 1458 г. лионский инквизитор, жестокость которого возбудила всеобщую вражду, был заключен гражданами в тюрьму, и Пий II и его легат с трудом добились его освобождения.
В это время критическое отношение к инквизиции стало чрезвычайно сильно. Она настолько лишилась своей силы и влияния, что уже даже процессы над еретиками проходили без участия святого трибунала. В 1459 г. был сожжен в Лилле еретик Альфонс Португальский. Во всем его деле нигде не упоминается об участии святого трибунала. Инквизиция не вмешалась в дело священника, который 3 июня 1491 г. во время богослужения бросил на пол и растоптал Святые Дары; святотатец утверждал, что тело и кровь Христа не были пресуществлены в Святых Дарах; он решительно отказался отречься от этой ереси и был сожжен на костре.
В 1485 г. инквизитор Франции, Аквитании, Гаскони, Лангедока именует себя уполномоченным Св. Престолом и парламентом: обе власти признавались равными, и назначение, исходящее от папы, получало законную силу после утверждения королевского трибунала. Однако власть инквизиции все еще не была уничтожена окончательно: в 1521 г. доминиканский приор в Безансоне сжег торжественно двух оборотней.
Вальденская ересь представляет интересный и обособленный эпизод в общей истории преследований. После уничтожения катаров вальденцы были единственными еретиками во Франции, дававшими инквизиции поле действия.
Из Лиона вальденская ересь распространилась по всей Франции. Во Франш-Контэ граф Бургундский просил в 1248 г. Иннокентия IV ввести инквизицию, так как там появилось много вальденцев после прекращения деятельности святого трибунала в 1257 г. В 1251 г. нарбоннский архиепископ осудил вальденцев на пожизненное тюремное заключение. В большинстве вальденцы были простые жители гор, у которых нечего было конфисковать, и гораздо выгоднее было преследовать богатых катаров. Правда, с 1271 по 1274 г. каркассонский сенешаль побуждал инквизиторов энергичнее действовать против вальденцев, и тогда число обвинений значительно увеличилось; но между прибрежными общинами Роны, общинами многолюдными, инквизиция была введена сравнительно поздно: в графстве Венессен только в 1288 г., в Дофинэ в 1292 г., когда распространение ереси приняло угрожающие размеры. В 1288 г. отмечают также рост не католического населения в провинциях Арля, Э и Эмбрена: Николай IV послал в этом году дворянам и магистратам этих провинций эдикты Фридриха II с приказанием строго применять их, а инквизиторы получили от него правила судопроизводства. На аутодафе 1316 г. тулузский инквизитор Бернар Ги присудил к пожизненному тюремному заключению одного вальденца, а другого сжег как не раскаявшегося еретика. На ауто 1314 г. восемнадцать вальденцев были осуждены на паломничества, причем некоторым нашили кресты; двадцать шесть были приговорены к пожизненному тюремному заключению, и трое сожжены. На ауто 1321 г. были сожжены муж и жена, отказавшиеся отречься от заблуждений. На ауто 1322 г. восемь человек были осуждены на паломничества, причем пятерым из них нашили кресты; двое приговорены к тюрьме, и было вырыто и сожжено шесть трупов; брата одного осужденного сожгли в Авиньоне. Все еретики, наказанные в 1319 г., были из Оша, между тем прозвище бургундцев, данное народом вальденцам, указывает на то, что Франш-Контэ продолжал быть главным центром ереси. На ауто 1322 г. многие осужденные были беглецами, пришедшими из Бургундии, где вальденская церковь имела правильную организацию и иерархию.
Бернар Ги дает ценное изложение вальденского учения в том виде, как оно существовало в его время, после полуторавекового преследования, когда вальденцы окончательно порвали с католичеством и только свою церковь считали истинной. У них были епископы, священники и диаконы. Ежегодно в одном из больших городов собирались два или три главных капитула, назначали духовных лиц и устанавливали, какие меры следует принять для распространения их учения. Вальденцы не признавали таинства священства. Правда, они верили в пресуществление, но обращение хлеба и вина в тело и кровь Иисуса Христа зависело от нравственной чистоты совершавшего богослужение. Человек грешный не мог освятить Святые Дары, тогда как это мог совершить всякий добродетельный мужчина или женщина. Так же смотрели и на отпущение грехов; право вязать и разрешать было дано Христом непосредственно всякому, кто принимал исповедь и накладывал епитимьи. Эта упрошенная вера не знала Чистилища, поэтому заупокойные обедни и обращение к посредничеству святых были излишни; и вообще святые никого не слушали и никому не помогали; мнимые чудеса, творимые от их имени в церквах были обманом; не надо было соблюдать постов и предписанных календарем праздников; индульгенции, выгодно продаваемые римской Церковью, ничего не стоят. Клятва и человекоубийство были безусловно запрещены. Остаток традиционного стремления к аскетизму побуждал их вести образ жизни вроде монашеского братства, члены которого отрекались от всякой личной собственности и давали обет целомудрия и послушания высшему. Бернар Ги не придавал большого значения слухам о свальном грехе, который происходил будто бы на их ночных собраниях; но, впрочем, он упоминает об. этом, как и о народном веровании в то, что на собрания вальденцев приводили собаку, которая хвостом окропляла присутствовавших.