Действия инквизиции вызывали общее возмущение. Бывали случаи освобождения толпой арестованных. Представители Раймунда, вигье и бальи всегда оказывали помощь инквизиции, когда требовалось вмешательство светской власти при арестах, конфискациях и кострах. Прибыв в Тулузу, граф просил инквизиторов на время приостановить строгости. Его не послушали. Тогда он пожаловался папскому легату на инквизитора Петра Селлу, которого считал главным виновником беспорядков в Тулузе. Инквизитор был отправлен в Кагор, предпринял охоту за еретиками. Но и без Селлы преследование продолжалось все так же сильно, и все так же росло народное недовольство.
Инквизитор Гильем Арно возбудил дело против двенадцати видных граждан Тулузы. Они отказались явиться на суд и грозили прибегнуть к насилию, если Арно не прекратит преследования. С одобрения графа Раймунда от него потребовали или сложить с себя обязанности инквизитора, или удалиться из города. Но доминиканцы решили, чтобы он энергично продолжал свое дело. Тогда консулы силою изгнали его из города. Арно отправился в Каркассон и послал в Тулузу приору Св. Стефана и священникам приказание возобновить от его имени сделанные им раньше вызовы в суд; это приказание было исполнено; тогда консулы изгнали из города приора и священников и торжественно объявили, что всякий, кто осмелится возобновлять преследования, будет предан смерти, а кто будет слушаться приказаний инквизитора, будет лишен свободы, а имущество его будет конфисковано. В другом объявлении, сделанном от имени самого Раймунда, консулы запрещали давать или продавать что-либо епископу, доминиканцам и каноникам Св. Стефана. Но Арно прислал из Каркассона приору письмо. Так как никто не смел вызвать к нему отказавшихся явиться на суд граждан, то он приказал двум монахам потребовать от возмутившихся личной явки к нему в Каркассон для того, чтобы они дали ответ в своих ложных верованиях; два других монаха должны были сопровождать их в качестве свидетелей. Четверо монахов, выбранных приором, выполнили поручение. Удовлетворение требований фанатиков-доминиканцев равнялось самоубийству; и консулы изгнали их из города 5 или 6 ноября 1235 г. Это событие привлекло симпатии всех верных на сторону монахов.
Упорный инквизитор Гильем за нарушение неприкосновенности духовенства предал анафеме 10 ноября 1235 г. консулов. Тулузским францисканцам было поручено обнародовать это отлучение; они послушались и были также изгнаны из города, так что возмутившийся город фактически остался без духовенства. Последовали новые отлучения от Церкви; на этот раз отлучен был и граф Раймунд. Папа 28 апреля 1236 г. направил грозное послание Раймунду и заявил, что граф ответствен за действия консулов; он не только не искоренил ереси, но даже открыто покровительствует еретикам, сделал из своих земель убежище для всех, кто бежал от преследования, и благодаря этому ересь с каждым днем распространяется все шире и часты стали случаи совращения католиков, а тех из духовных лиц, которые стараются остановить зло, безнаказанно оскорбляют и даже убивают. Графу было решительно приказано отправиться в Св. Землю в марте 1237 г.
Одновременно с посланием к Раймунду было отправлено послание и к легату. Последнему предлагалось заставить графа оправдать себя и предпринять крестовый поход. Папа запретил Фридриху II требовать от Раймунда феодальной службы ввиду того, что он отлучен от Церкви, и за то, что он, в сущности, еретик. Император ответил, что, пока Раймунд будет владеть в империи уделом, отлучение от Церкви не может освободить его как вассала от своих обязанностей по отношению к сюзерену. Короля Людовика папа заставлял поторопиться с бракосочетанием его сына Альфонса с дочерью Раймунда, Жанной. Графу под угрозой нового вторжения крестоносцев в Лангедок пришлось уступить. Он по приглашению легата смиренно явился в Каркассон и вступил в переговоры с епископом и инквизиторами. Граф обещал снова водворить епископа, монахов и духовенство в Тулузе 4 сентября; с ними вместе вернулся и Гильем Арно.
Он еще отсутствовал, когда в Тулузе обратился Раймунд Гро, в течение более чем двадцати лет бывший совершенным еретиком и главным вождем катаров. Он открыл все, что узнал за время своего общения с катарами; потребовалось несколько дней, чтобы записать все имена и факты. Был составлен длинный перечень дворян и видных граждан; в некоторых случаях ренегат подтвердил старые подозрения, а также указал на существование ереси там, где ее никто и не думал искать.
Никто не смел оспаривать истинности обвинений, предъявленных Раймундом Гро. Многие еретики бежали. Другие отреклись от ереси и прибавили новые разоблачения к данным их бывшим главой. Составили длинный список имен лиц, принявших еретикацию на смертном одре; масса трупов была вырыта и сожжена; масса конфискаций была произведена после этого.
Летописец повествует, рисуя картину гибели и падения еретической общины: «Имена их не внесены в Книгу Живота; тела их сожжены на земле, а души их горят в вечном огне ада!» Одним приговором, вынесенным 19 февраля 1238 г., были сразу осуждены к пожизненному тюремному заключению более чем двадцать кающихся.
Инквизиция разбила оппозицию светских властей. Уничтожив ересь в Тулузе, инквизиторы устраивали суды по всем городам, на которые распространялась их юрисдикция. Еретики были вынуждены покинуть земли графа Раймунда и искать убежища за границей. В Тулузе снова вспыхнули беспорядки. 24 июля 1237 г. инквизитор еще раз отлучил от Церкви вигье и консулов за то, что они не арестовали и не сожгли еретиков, осужденных заочно. Тогда Раймунд решил сделать все возможное, чтобы освободиться самому и освободить своих подданных от чересчур жестокого гнета доминиканцев.
13 мая 1238 г. по просьбе Раймунда деятельность инквизиционного суда была приостановлена на три месяца; граф воспользовался этой отсрочкой, чтобы представить папе свои объяснения. Он собрал веские доказательства, так как Григорий предписал епископу продлить приостановку до приезда нового легата, которому было поручено расследовать все, в чем упрекали доминиканцев, и он должен был решить, подлежало ли ходатайство Раймунда удовлетворению и следовало ли передать юрисдикции епископа все дела по обвинению в ереси. Но прелат, облеченный полной властью против инквизиторов, прибыл только в 1239 г. До конца 1241 г. инквизиция совершенно бездействовала. Еретики стали питать надежду, что вернутся времена, когда они безбоязненно жили под властью князей-еретиков. Страна была полна рыцарей и баронов, более или менее открыто исповедовавших ересь и живших под постоянным страхом близкого преследования. Здесь нашли также пристанище сеньоры, изгнанные за ересь; другие, обращенные силой, тайно горели желанием исповедовать свою гонимую веру и вернуть свои отнятые земли; кающиеся, уставшие носить свои кресты, мечтали об отмщении за продолжительное унижение. Беглецы и еретические наставники скрывались в глуши лесов и в горах. Не было ни одной семьи, которая не хотела бы отомстить за своих родных, павших на поле битвы или сожженных на костре. Недостаток тюрем не позволял прибегнуть к заключению всех в тюрьму, и мало зажигалось костров. Неожиданно в 1240 г. вспыхнуло восстание, поднятое Тренкавелем, сыном виконта Безье, обманом захваченного Симоном де Монфор. Тренкавель привел из Каталонии целую армию рыцарей и изгнанных дворян. Вассалы и подданные встретили его с энтузиазмом. Граф Раймунд, двоюродный брат Тренкавеля, держался крайне осторожно. Восстание вначале было удачно. Тренкавель осадил Каркассон; предместье сдалось тотчас же. Но слабое королевское войско под командованием Жана де Бомон сразу подавило восстание, а последовавшие за этим репрессии совершенно уничтожили немногочисленное дворянство страны.
Основатель инквизиции Григорий IX перед смертью в августе 1241 г. вернул инквизиции свободу действий. Его преемник, Целестин IV, был папой только двенадцать дней (с 20 сентября по 8 октября), а затем около двух лет папский престол оставался незанятым до избрания папой 28 июня 1243 г. Иннокентия IV. В эту эпоху политика Раймунда была направлена к тому, чтобы поддерживать добрые отношения с папством. Граф добивался от папы Григория снятия четырех отлучений и одной индульгенции за крестовый поход, а затем разрешения вступить в брак с Санчо, дочерью и наследницей графа Прованского. Всецело поглощенный проектами восстановления своего могущества, граф заключил союз с Иаковом I Арагонским, чтобы защищать Св. Престол и католическую веру против еретиков. Поэтому он не мог оказать сопротивление возрождению преследования. Замешанный в восстании Тренкавеля и вызванный на суд королем Людовиком, он был вынужден 14 марта обязаться изгнать из своих земель еретиков и врагов короля и немедленно захватить замок Монсегюр, последнее убежище ереси.