Собор так полно принял это учение, что, когда в 1432 г. Эгерский конвент определил основные условия переговоров между гуситами и Базельским собором, он специально отметил, что ни один канон, ни один декреталий не может быть применен с целью нарушения или признания ничтожными охранных грамот, выданных чехам для явки на собор. июня 1415 г. собор осудил защищаемое Гусом причащение мирян хлебом и вином; объявил еретиками священников, которые будут делать это, и приказал предавать их в руки светской власти; приказал всем прелатам и инквизиторам преследовать как еретиков всех, кто будет отрицать действительность причастия мирян одним только хлебом. Кроме того, Гуса обвиняли еще и в других заблуждениях и преступлениях. Всего этого было более чем достаточно для возбуждения дела по обвинению в ереси. Уже 1 декабря 1414 г. были назначены комиссары для ведения допроса; в сущности, это были инквизиторы; собор представлял собой собрание сведущих лиц, которому, как известно, надлежало утвердить приговор. Обвинение заключало в себе нечто вроде требовательного акта против Гуса, который был вручен комиссарам прокураторами и фискалами собора и в котором говорилось о беспорядках в Праге, об отлучении Гуса от Церкви и о проповедовании им ереси Уиклифа. Гусу предъявили сорок два заблуждения, извлеченных из его сочинений Стефаном Палечем. На эти обвинения он ответил письменно, указав искажения, которые извратили смысл некоторых мест, так как одни положения приводились, а другие умалчивались. Так как ему было запрещено чтение книг и ему не дали даже те трактаты, откуда были извлечены обвинительные пункты, то его ответы показывают удивительную силу его памяти, а также быстроту и ясность мысли. Иногда комиссары сами приходили к нему в тюрьму для допроса. С комиссарами являлись и помогали им Михаил и Стефан. Обвиняемому читали каждый пункт обвинения и спрашивали, таково ли его верование; отвечая, он разъяснял, какой смысл он придавал мнению, которое ставили ему в вину. Затем его спрашивали, желает ли он защищать свое толкование; он отвечал отрицательно, говоря, что подчинится решению собора. Трудно было показать себя более послушным и правоверным, но ересь была преступлением. Раз преступление это было совершено, хотя бы и по незнанию, недостаточно было вернуться к учению Церкви; надо было, чтобы обвиняемый сознал свои заблуждения и отрекся от них; только после этого на него можно было смотреть как на кающегося и заменить ему смертную казнь пожизненной тюрьмой.
На публичном заседании 8 июня он горячо отстаивал свое учение. Свидетели под присягой показали, что он учил противному. Он не имел права выставить свидетелей, которые опровергли бы это. Судьи признали его еретиком, и ему не оставалось ничего иного, как покаяться и отречься или отправиться на костер.
Для своей защиты Гус мог прибегнуть только к одному средству – отвести свидетелей, так как они питали к нему ненависть. Но в окончательном решении 7 июня не упомянуто ни одного имени. Когда же Гус спрашивал имя кого-либо из них, то ему отказывали сообщить его. Это было вполне согласно с правилами инквизиционного судопроизводства. На месте казни Гус заявил, что он был осужден на основании показаний лжесвидетелей за заблуждения, которых никогда не проповедовал. Чехи, бывшие в Констанце, в записке, поданной собору 31 мая 1415 г., заявили, что показания против Гуса были даны его смертельными врагами. Его друзья одно время думали воспользоваться этим обстоятельством, чтобы лишить свидетелей доверия. Гус просил комиссаров позволить ему обратиться к адвокату, который составил бы возражения на их показания. Сначала комиссары согласились, но потом отказали, заявив, что противозаконно, чтобы кто-нибудь защищал человека, подозреваемого в ереси. Это было обычно для инквизиционного судопроизводства. Докладные записки, которые друзья Гуса неоднократно подавали на собор, и старания их перед Сигизмундом были также преступлениями, которые делали их «соумышленниками», и если бы только захотели применить к ним закон, то их можно было бы тотчас же заставить молчать и подвергнуть строгим наказаниям. В короткое время против Гуса было собрано показаний более чем достаточно для его осуждения, и если бы костер являлся конечной целью преследования, то казнь можно было бы скоро привести в исполнение. Но инквизиция раскаявшегося еретика предпочитала еретику сожженному. Поэтому было применено все, чтобы сломить упорство виновного медленностью ведения дела и тюремным заключением, способным отнять всякую надежду. Михаил Дейчброд ходил околодверей его камеры, говоря: «Клянусь Богом, мы сожжем этого еретика, стоившего мне так много флоринов». 20 марта Иоанн XXIII тайно бежал из Констанца. Тогда собор передал Гуса констанцскому епископу, который ночью перевел своего пленника в замок Готлибен, находившийся по ту сторону Рейна в нескольких верстах от города и поместил его, закованного в цепи, в камеру под крышей высокой башни. Бежать оттуда было немыслимо. Гус в течение многих лет находился под отлучением от Церкви по подозрению в ереси; и все это время он продолжал совершать богослужения и называл папу антихристом, анафемы которого заслуживают презрение. Уже одно это делало его бесспорным еретиком.