Удар, нанесенный мнимым еретикам Альби в декабре 1299 г. и в первых месяцах; 1300 г., не мог пройти незамеченным. В 1301 г. Филипп послал в Лангедок двух своих чиновников, облеченных неограниченной властью, для расследования злоупотреблений инквизиции: Жана де Пекиньи, известного своей честностью и рассудительностью, и Ричарда Непвё.
Чиновники основались в Тулузе, где Фульк де С.-Жорж был инквизитором до 29 сентября 1300 г. В короткое время они собрали против него большое число свидетельских показаний; его обвиняли не только в том, что он пыткою вымогал деньги у невинных, но и что подвергал аресту женщин, добродетель которых сломить другим путем ему не удавалось.
Несколько граждан согласились нотариальным актом преследовать епископа Альби и Николая д'Аббевиля перед королевским судом. Следствием этого процесса было секвестирование имущества епископа и огромный штраф в двадцать тысяч ливров в пользу короля.
Чиновники пригласили к себе в помощь Бернара Делисье, который посоветовал Пекиньи оставить инквизицию в покое, так как опыт показал ему, что против нее ничего нельзя сделать. Однако он согласился, по совету Пекиньи, сопровождать депутацию, посланную жителями Альби к королю просить его вмешательства. Бернар настоятельно просил короля начать следствие, на время которого инквизиторы были бы устранены от должности или доминиканцы до окончательного решения Св. Престола не назначались бы инквизиторами. Королевская комиссия выслушала Пекиньи и инквизитора Фулька и вынесла благоприятное для Пекиньи заключение. Король отрешил инквизитора от должности и 8 декабря 1301 г. написал епископу, тулузскому инквизитору и сенешалям Тулузы и Альби, что крики и мольбы подданных убедили его в справедливости обвинений, возводимых на Фулька. Этот инквизитор давил население лихоимством и притеснениями; он открывал свое судопроизводство жестокими пытками; если это не давало желательных результатов, то он подкупал свидетелей и склонял их к ложной присяге; его поступки посеяли повсюду такой страх, что можно было ожидать восстания, если не принять немедленно мер к устранению этих злоупотреблений. Филипп не удовлетворился тем, что избавился от Фулька. Он передал королевскую тюрьму, построенную в Тулузе для инквизиции, под наблюдение лица, выбранного совместно епископом и инквизитором; в случае несогласия между ними назначение делал сенешаль. Инквизитор лишался права арестовывать по своему произволу; он должен был посоветоваться с епископом; если они не приходили к соглашению, то вопрос решался по большинству голосов собранием из представителей епископии и францисканских и доминиканских монастырей. Только один сенешаль мог произвести арест. Освобождение от ареста под залог должно было решаться в том же порядки, как и аресты. «Мы не можем перенести,- писал король,- чтобы жизнь наших подданных, зависела от усмотрения одного человека, который, если даже им не руководит алчность, может быть недостаточно осведомленным». На время инквизиция была парализована: аресты, происходившие раньше почти ежедневно, прекратились. В течение 1302 г. эти постановления были внесены в Собрание Указов. Король пытался восстановить епископскую власть, узурпированную инквизиторами.
Но для Альби этот указ принес мало пользы, так как в нем епископ действовал в качестве инквизитора. Граждане Альби еще томились в тюрьме каркассонской инквизиции. К королю была послана многочисленная депутация, сопровождаемая двумя францисканцами, а также Бернар Делисье. Филипп обещал депутации в скором будущем лично прибыть в Лангедок для приведения дел в порядок.
Но это не могло успокоить население. Не было оно успокоено и отрешением от должности Николая д'Аббевиля, так как преемником его в Каркассоне стал Жофруа д'Абли, отличавшийся не меньшей жестокостью. Новый инквизитор привез с собою королевские грамоты, помеченные 1 января 1303 г.; в этих грамотах предписывалось всем должностным лицам оказывать полное повиновение новому инквизитору.
Альбигойские узники все еще томились в тюрьме, по предложению Бернара Делисье для расследования дела на месте летом 1303 г. Пекиньи прибыл в Каркассон. Во время следствия он нашел формально составленный в 1299 г. договор между Николаем д'Аббевилем и консулами Каркассона. Бернар Делисье сообщил народу его содержание; вспыхнули беспорядки, толпа разрушила дома старых консулов и всех, кого считала сторонниками инквизиции. Доминиканская церковь была осквернена и монахам нанесены оскорбления. Пекиньи, по совету Бернара, собрал во францисканском монастыре восемьдесят ловких ремесленников, готовых в случае надобности взять силой тюрьмы инквизиции. Но Жофруа д'Абли уступил, и в августе 1303 г. Пекиньи перевел альбигойских узников из тюрем инквизиции в королевские тюрьмы.
Но инквизитор Жофруа д'Абли вызвал Пекиньи к себе на суд и предъявил ему обвинение в препятствии инквизиции; Пекиньи не явился на суд и был 29 сентября отлучен от Церкви. Это отлучение было переслано в Париж и провозглашено там доминиканцами. Консулы и население Альби умоляли короля, чтобы он не отзывал от них Пекиньи и Непвё, которые сделали так много доброго для гонимых и в которых была вся надежда населения. Власть Пекиньи была парализована до тех пор, пока не будет снято с него отлучение, а снять его мог только папа или лицо, его наложившее. Доминиканцы объявили ложными показания озлобленных инквизиторов.
Избранный на папский престол 21 октября 1303 г. Бенедикт XI, будучи доминиканцем, был расположен к инквизиции. Чтобы не потерять и того немногого, чего добились с таким трудом, Пекиньи обратился с жалобой к папе; 29 октября он писал из Парижа городам Лангедока, требуя от них поддержки, так как преследованию он подвергся, защищая их дело. Благодаря энергии Бернара Делисье три города- Каркассон, Альби и Корд – заключили союз, согласились дать три тысячи ливров и обязались оказывать денежную помощь, если понадобится, и в продолжение всего процесса в защиту Пекиньи, которого он добился в Риме.
Пекиньи отправился в Италию. Король и городские советы Каркассона и Альби дали ему своих уполномоченных для защиты его дела перед папой. Его противником был тулузский инквизитор, Гильом де Мориер, посланный инквизицией в Рим. Бенедикт XI приказал министру – главе францисканцев Аквитании под угрозой лишения сана арестовать без предварительного извещения Бернара Делисье и послать его в Рим, как покровителя еретиков и как еретика. Вигье и королевский судья Альби, старавшиеся оказать помощь Пекиньи, – также были упомянуты папой как покровители еретика. В июне 1304 г. Бернара отлучили от Церкви, так как он медлил явиться на вызов папы; но министр снял с Бернара отлучение, и провинциальный капитул ордена в Альби подтвердил свое решение. Только смерть папы-доминиканца Бенедикта в июле 1304 г. спасла монахов-францисканцев от преследования за их сопротивление. В день годовщины своего отлучения, 29 сентября 1304 г., умер близ Абруццо Пекиньи. Как находившийся год под отлучением за обструкцию инквизиции, он считался еретиком, но был похоронен на освященной земле. Инквизитор Жофруа д'Абли потребовал, чтобы кости его были вырыты и сожжены. Новый папа-француз Климент V передал дело Пекиньи на рассмотрение комиссии трех кардиналов, они 23 июля 1308 г. признали, что отлучение было незаслуженное и несправедливое. Это было полное оправдание всего, что говорилось и делалось против инквизиции. Тщетно инквизитор Жофруа пытался обжаловать это решение. Климент отказал представителям инквизиции выслушать их и заявил: «Это все ложь! Никогда страна не хотела бунтовать! Только действия инквизиции одни довели ее до бедствия». Один из кардиналов объявил Жофруа, что в течение пяти-десяти лет поступки инквизиторов постепенно доводили население до отчаяния, так как на все попытки ввести реформу инквизиторы отвечали новыми злодеяниями.