Уже в 1243 г. епископ Парижа и магистры университета осудили ряд схоластических заблуждений, которые испытали влияние аверроизма. К 1247 г. епископ Фраскати, папский легат, осудил Жана де Брескена за еретические умозрения относительно света и материи; Жана изгнали из Парижа и запретили преподавать, вступать в споры или жить там, где было учебное заведение. Отныне было запрещено логикам заниматься богословием, а богословам — логикой. Альберт Великий и Фома Аквинский употребили всю свою ученость и авторитет, чтобы помешать распространению опасных учений. Бонавентура также обличал отрицание бессмертия души и утверждение единства разума и вечности материи; францисканцы и доминиканцы объединились, чтобы бороться против общего врага. В 1270 г. парижский епископ осудил тринадцать заблуждений, связанных с аверроизмом и нашедших защитников среди схоластиков. Эти учения утверждали, что разум всех людей тождествен и один во множестве, что человеческой волей руководит необходимость, что мир вечен, что никогда не было первого человека, что душа погибает одновременно с телом и недоступна материальному огню, что Бог не знает вещей, свойственных отдельным личностям, что он знает только одну свою сущность и не может дать бессмертие и нетление тому, что смертно и тленно. В 1277 г. парижский епископ осудил девятьсот девятнадцать заблуждений, по большей части тождественных тем, которые были уже осуждены до этого или вытекали логически из этих положений и стремились создать систему материализма и фатализма. Смелые успехи свободной мысли сказались в ясно определившемся антагонизме между философией и теологией. В силу этого учения философ, действительно, должен отрицать сотворение мира, так как он основывается только на естественных фактах, но верующий может признавать сотворение, так как он обращается к явлением сверхъестественным.
Около этого же времени кентерберийский архиепископ вместе с магистрами Оксфорда осудил заблуждения, происходившие из учения Аверроеса. Это осуждение было подтверждено в 1284 г.; при этом налагались: для магистра — увольнение от должности, а для студента — исключение без права получения ученой степени. Эти новые пункты были присоединены к пунктам парижского епископа Тампье. В учениях последователей Аверроеса видели источник действительных опасностей для Церкви, как это видно из того, что и в XV и XVI вв. печатали эти осудительные пункты в конце четвертой книги «Сентенций»; есть они также в изданиях Фомы Аквинского, Дунса Скота и Бонавентуры.
Однако эти пункты вызвали многочисленные жалобы, так как стесняли свободу диспутов.
Опасности, угрожавшие ученому богослову в этой войне мнений, ясно выразились в случае с Эгидием Колонна (Эгидием Римским), ярым противником аверроизма. Составленный им список заблуждений долго служил основанием для осуждений этого учения. В 1285 г. Эгидий был обвинен в Париже в том, что поддерживал некоторые заблуждения, осужденные в 1277 г. После долгих споров дело было перенесено на суд Святого Престола, и Гонорий IV снова отправил виновного на суд Парижского университета. Однако за Эгидия вступился Филипп Красивый.
В конце XIII и в начале XIV вв. образовалась признанная школа аверроистов в Падуанском университете и удержалась там до XVII в. Принял аверроизм также Болонский университет. Умерший в 1346 г. генерал кармелитов Жан де Баконторн прозывался Князем Аверроистов, и благодаря ему запрещенная философия стала традиционной в ордене. Некоторые дела, рассмотренные инквизицией Каркассона и Памье в первую четверть XIV в., показывают, что даже и в низших классах аверроизм был неизвестен.
Инквизиция, тем не менее, оставляла безнаказанными умозрения, которые подрывали христианскую веру и явно отрицали учения, на которых покоились богатство и могущество иерархии. Даже Парижский университет в конце XIV в. осуждал аверроизм и построенные на нем заключения, хотя часто принимал решения против незначительных заблуждений схоластиков. Однако Герсон всегда считал Аверроеса самым дерзким олицетворением мятежного неверия.
Со времени Петра д'Абано аверроизм дал первого мученика только в 1512 г. в Северной Европе, где схоластическое богословие вело смертельную борьбу против гуманизма. Герман Рисвик был осужден в 1499 г. за проповедь учения, что материя не была сотворена и существовала вечно вместе с Богом, душа умирает вместе с телом, добрые и злые ангелы не были созданы Богом. Он отрекся и был подвергнут пожизненному тюремному заключению; но бежал и продолжал проповедовать свои заблуждения. В 1512 г. его снова арестовали, инквизитор выдал его как рецидивиста в руки светской власти, и Герман был сожжен.
Однако в Италии науки уже давно взяли верх над верой. Но все же Рим и тогда подавлял неугодные ему умозрения схоластиков и философов. Борьба была поднята в деле Лоренцо Баллы. Лоренцо написал критику на Дар Константина около 1440 г. в Неаполе. Он утверждал, что папство должно быть лишено светской власти. Только много лет спустя после смерти Баллы инквизитор Валенсии, упоминая о Даре Константина, говорит в 1553 г., что Лоренцо пытался подорвать его подлинность, но что все остальные единогласно выступают на его защиту, так что отрицание его близко подходит к ереси. Неприятности постигли его не из-за этого. Он вступил в публичный спор с невежественным священником, утверждавшим, что Символ Веры был составлен апостолами, и спор дошел до вопроса о подлинности сношений между Христом и Эдесским королем.
Вмешалась инквизиция; но неаполитанский король положил конец преследованию, и Валла был обязан дать только общие заявления, что верил в то, во что верила Святая Мать-Церковь; он, защищаясь, сказал: «И в этом также верю так, как верит наша Мать-Церковь, хотя наша Мать-Церковь не знает по этому вопросу ровно ничего». После 1433 г. папа-гуманист Николай V дал ему место одного из своих секретарей; а Каликст IIIразрешил торжественно похоронить Баллу в папской церкви Св. Иоанна Латеранского. Но при этом Поджио, враг Лоренцо, заявлял, что скорее нужно бороться огнем, чем доказательствами против заблуждений дерзкого критика, касающегося природы Бога и обета целомудрия. Комментарий Баллы на Новый Завет, в котором автор на основании греческого текста исправлял Вульгату, хотя и был в 1559 г. включен Павлом IV в Индекс, не был запрещен при своем выходе в свет. Николай V и многие видные богословы высоко ценили этот труд. Однако попытка Баллы исправить искаженный текст Вульгаты встретила большие препятствия; но все же было признано право на исправление текста.
В XV в. схоластикам и гуманистам, какими бы еретиками они ни были, нечего было бояться в Италии. Правда, в 1459 г. ломбардский инквизитор приговорил к лишению сана и пожизненному тюремному заключению доктора, каноника из Бергамо, утверждавшего, что Бог создал другой мир, населенный людьми, так что Адам не был первым человеком, что Христа на крест привела не любовь к человечеству, а могущество планет. Но Пий II, утверждая приговор, смягчил его. Вмешался он также и тогда, когда инквизиция осудила крупного сановника из Удино, виновного в прямом отрицании бессмертия; приговор был отменен, а виновному дана была возможность избегнуть наказания за ересь публичным признанием своего заблуждения.
Но не всегда и в XV в. папы и Церковь в Италии проявляли благосклонность к гуманизму. В 1487 г., едва достигнув двадцати четырех лет, Пико делла Мирандола опубликовал девятьсот положений, предлагая защищать их в Риме перед всяким схоластиком. Этот список заключал в себе все, что могли знать в ту эпоху в богословии, в философии, в науке — до тайн Востока. В ответ его враги подняли вопрос о его верности католической религии. Среди его положений двенадцать или тринадцать были осуждены как еретические богословами, которым Иннокентий VIII поручил их исследовать. «Этот молодой человек, сказал папа, дурно кончит и будет в один прекрасный день сожжен». Пико бежал; полагали, что он скрылся в Испании, и Иннокентий в 1487 г. послал бреве Фердинанду и Изабелле, в котором изображал Пико мятежным еретиком, выступившим под предлогом оправдания в своих заблуждениях, наоборот, с их защитой, и поэтому его следует арестовать и принудить к отречению, где бы его ни открыли. В конце концов он был вынужден изъявить полную покорность и получил от Александра VI в 1493 г. буллу, подтверждавшую его правоверие и запрещавшею инквизиции преследовать его. Впрочем, он отказался продолжать безуспешную борьбу против Святого Престола. Последние годы своей жизни он провел в усердном изучении Св. Писания и умер от горячки в тридцать два года.