В последующие годы вопрос о судьбе ислама в СССР не становился специальным предметом внимания властей.
С середины 50-х годов XX в., с приходом власти Н.С. Хрущева, советские власти перешли в новое наступление против религии — так же не разрешалось (официально: «не одобрялось») строительство новых мечетей (даже на средства верующих), закрывались старые.
В 1956 г. муфтий ДУМЕС Шакир Хиялетдинов (1951—1974) тщетно пытался добиться от властей открытия в Уфе медресе джадидистского типа с квотой на 30 мест. С трудом решались огромные проблемы с нехваткой литературы, поэтому беспрецедентным выглядит такое событие, как получение ДУМЕС от САДУМ в 1957 г. 1000 экземпляров Корана.
Ш. Хиялетдинову принадлежит заслуга введения молодежи в состав руководства ДУМЕС. Если ранее все кадии были представителями дореволюционной формации, и на тот момент были людьми пенсионного возраста, то его молодое пополнение — Ф. Саттаров, Х. Махмутов, А. Бибарсов родились и выросли в советское время, получили советское школьное и параллельно сначала неофициальное, а потом уже и официальное религиозное образование. Таким омоложением кадров муфтий способствовал развитию руководимой структуры и гарантировал ее дальнейшую жизнь. Также он потребовал увеличения наличия мест для студентов от ДУМЕС в единственном в СССР медресе. Сразу после его кончины на стажировку в Аль-Азхар был отправлен выпускник Мир-и Араб Т. Таджуддин.
В 1961 г. на XXII съезде КПСС официальной целью было объявлено построение коммунизма к 1980 г., что обозначало ликвидацию религии, а также целый ряд мер по сокращению образования на нерусских языках (особенно в РСФСР). Власти массово стали бороться с любыми публичными проявлениями религии ислама («громкий такбир», поклонение так называемым святым местам), участие в мусульманских обрядах создавало препятствие для карьерного роста. Вне какого-либо официального распоряжения, тем не менее, находилась демонстрация своей религиозной принадлежности, наглядное акцентирование внимания на каких-либо аспектах, связанных с религией, не были популярны, однако при этом ничто не мешало исповедовать свою религию и выполнять необходимую обрядность в непубличных местах или в узком общественном кругу.
Экспортные модели существенно отличались от внутренних. Например, пропаганда идей «исламского социализма», чьи сторонники были репрессированы перед войной, активно продвигалась за рубеж и нашла отклик в лице египетского лидера Г.А. Насера (1956—1970), многочисленных коммунистических и националистических партий стран Востока (БААС и др.). Мечети в крупных городах СССР — Москве, Ленинграде, Ташкенте, Баку выполняли парадно-выставочные функции, их демонстрировали иностранным делегациям, эти визиты отражались в кино- и фотохронике, подчас ориентированной больше на экспортный вариант. Считается, что Ленинградская соборная мечеть даже была возвращена верующим в 1955 г. по просьбам руководителей других государств — прежде всего президента Индонезии доктора Ахмеда Сукарно (1947—1967). Последний очень хотел посетить мечеть во время своего визита в СССР в августе 1956 г., и это немало способствовало тому, что она была быстро отремонтирована и приведена в порядок. Имамом-хатибом Ленинградской мечети был назначен тогда Абдельбари Исаев (1907—1982), будущий муфтий (1974—1980). В мае 1958 г. мечеть посетил также президент Египта Г.А. Насер. Впоследствии ее гостями становились делегации Йемена, Ливии, Палестины и др. Сотрудники Духовных управлений и имамы мечетей крупных городов, принимая иностранные делегации, работая с ними, были активно включены во внешнюю политику советского государства.
В условиях отсутствия системы мусульманского образования, под давлением антирелигиозной и атеистической пропаганды в СССР происходило формирование нового сознания интеллектуальной элиты. Очевидно, что уже второе поколение выходцев из народов национальных республик Советского Союза, особенно в центральных районах РСФСР или в Казахстане, включавшихся в состав интеллигенции страны, были достаточно далеки от исламской религии. Нужно отметить и тот факт, что в значительной массе они подвергались ассимиляции, часто не зная языка своего народа и отрываясь от его культуры вовсе.
Однако в условиях сохранения базовых культурных установок у представителей национальной элиты коллективизм и общинное мышление продолжали играть роль важных индикаторов, определявших их поведение и в политической жизни. Постепенно происходило своеобразное внедрение патриархальной структуры как естественно сложившейся характеристики общества в новую систему социальной иерархии — на партийных и политических постах оказывались родственники и соратники тех или иных лиц.