В годы перестройки создались гораздо более благоприятные условия для развития исламского образования. Одним из основополагающих факторов здесь стала именно либерализация отношения к религии со стороны властей, а одним из катализаторов возросшего интереса к исламу среди масс — бесславная Афганская война (1979—1989) и Исламская революция в Иране (1979). Оба этих события показали восставшую из небытия казавшуюся навсегда утраченной субъектность ислама и дали понять, что рано говорить об исламе, как о чем-то мертвом и отжившем.
Пришедший к власти в 1985 г. М.С. Горбачев вскоре объявил о новом политическом курсе. На вопросах религии это отразилось таким образом, что в 1988 г. с большим размахом было отмечено 1000-летие крещения Руси, а в 1989 г. — 1100-летие принятия ислама в Волжской Булгарии (по лунному календарю) с участием делегаций более чем из 20 стран. В честь этого события был осуществлен ремонт многих мечетей и даже был разработан проект строительства в Казани мечети Булгар, но реализован он был только в 1991—1993 гг.
Принятие 8 августа 1986 г. постановления Политбюро ЦК КПСС «Об усилении борьбы с влиянием ислама» не сыграло никакой исторической роли, но отразило обеспокоенность советского руководства ситуацией в Средней Азии, на территорию которой уже начинали проникать радикальные идеи с территории Афганистана, где местные правительственные и советские войска явно терпели поражения.
Однако в качественном отношении говорить о новом этапе в истории ислама в России в данный период не дают оснований два важных обстоятельства. Во-первых, это сам факт отсутствия категории высокообразованных богословов, которая не могла появиться, поскольку за предыдущие годы в СССР была уничтожена почти вся система мусульманского образования и тем самым нарушена преемственность передачи традиции и знаний. Во-вторых,— что, в сущности, вытекает из предыдущего,— это отсутствие какого-либо централизующего учреждения или авторитетной организации общесоюзного масштаба.
С 1988 г. начинается активная регистрация мусульманских общественных и религиозных организаций, количество которых значительно возрастало в последующие годы. В Москве было воссоздано первое медресе Исмаилийа, а при Московской Соборной мечети открыты курсы по изучению арабского языка и основ ислама, в 1989 г. преобразованные в медресе. В 1989 г. в Уфе было открыто медресе имени Р. Фахретдина, в том же году — медресе в г. Октябрьском и Набережных Челнах. В 1990 г. в Казани открывается Закабанное медресе. В том же 1989 г. начинает работу медресе в Баку, в 1991 г. ставшее основой для института.
1 октября 1990 г. издан закон «О свободе совести и религиозных организациях», который можно рассматривать как официальный признак грядущей оттепели.
Однако здесь были свои проблемы. Так, уже в апреле 1989 г. возглавивший за месяц до этого Духовное управление мусульман Средней Азии и Казахстана муфтий Мухаммад-Садик Мухаммад-Йусуф (1952—2015) заявил о необходимости поднимать исламское образование, обозначив существование таких проблем, как нехватка мечетей, недостаток религиозной литературы и отсутствие качественных кадров.
Запрос на высокообразованных богословов и необходимую религиозную литературу отчасти покрывался возможностью приглашения специалистов из мусульманских образовательных учреждений арабских стран, Турции и Ирана, завоза оттуда же необходимых книг. Оттуда же велось спонсирование создания различных фондов, строительства мечетей, открытия учебных заведений и т.д. Однако в условиях возросшего интереса к исламу, при дефиците знаний и необходимой литературы, благоприятная почва создается также для ряда негативных явлений — распространяемая религиозная литература имела очень разнообразную направленность, в то же время коммерциализация издательского дела в самой России лишь способствовала массовому появлению литературы не очень высокого качества, а прибывавшие из-за границы преподаватели, будучи далеки от традиций, сложившихся в среде российских мусульман, привносили в местную среду элементы чуждых ей течений.
Не должно вызывать удивления то обстоятельство, что в сознании лишенных базового образования и потому имеющих лишь самые поверхностные представления об исламской религии народных масс легко находили прибежище экстремистские трактовки ислама, сводящиеся не просто к упрощенному, но именно к одностороннему, примитивному и прежде всего тенденциозному толкованию религии Пророка. Таким образом, советский режим, лишив мусульманское население образовательной базы, фактически сам подготовил благодатную почву для появления самых разных течений, спекулирующих исламским вероучением, в том числе — течений радикальной направленности.