В начале июня 1991 г. была провозглашена Чеченская Республика Ичкерия, в июне заявившая о своей независимости. В феврале 1992 г. вопрос о выходе из состава СССР и РСФСР был поставлен Верховным Советом Карелии.
13 марта 1992 г. Конституционный суд РСФСР признал ряд положений о декларации 30 августа не соответствующими Конституции РСФСР 1978 г., а также результаты февральского референдума в пункте о признании Татарстана субъектом международного права (но не саму правомочность проведения референдума). 31 марта 1992 г. все республики РСФСР, за исключением Татарстана и Ичкерии, подписали федеративный договор. В феврале 1994 г. на основе договора «О разграничении предметов ведения и взаимном делегировании полномочий между органами государственной власти Российской Федерации и органами государственной власти Республики Татарстан» были детально прописаны полномочия республики.
Переговоры с Ичкерией, как известно зашли в тупик, и руководством РФ было принято решение о силовом методе выхода из сложившейся ситуации, что привело к войне 1994—1996 гг.
В целом именно политическая дезинтеграция стала важнейшим фактором для окончательного раскола мусульман бывшего Советского Союза, а особенности политической обстановки в каждом из регионов определили и специфику функционирования ислама на постсоветском пространстве. Продолжилось не только умножение общего количества различных организаций, выступающих со своеобразными трактовками ислама, но и децентрализация уже существовавших мусульманских религиозных учреждений, располагавшихся в различных регионах единого прежде государства — как в масштабах республик, так и более мелких субъектов. Рост сепаратистских и националистических настроений оказал свое влияние и на организацию официальных религиозных структур.
Уже весной 1989 г. стали заметны тенденции по расколу Духовного управления мусульман Северного Кавказа (ДУМСК), причины которого крылись в далеких от религиозной сферы проблемах. В январе 1990 г. здесь выделились ДУМ ингушей Северной Осетии (не было зарегистрировано), ДУМ Кабардино-Балкарии, Чечено-Ингушетии и Дагестана. Последнее, в свою очередь, раскололось на четыре ДУМ, в основе деления на которые лежал этнический признак: аварского, кумыкского, лезгинского (ДУМ Южного Дагестана) и даргинского (Даргинский казыят).
Названные выше конфликты на национальной почве подогревались общей слабостью центральной власти. Однако ни один из них в начале 90-х годов XX в. не носил религиозного характера. Так, военные действия, начавшиеся в декабре 1994 г. на территории Чеченской Республики, были следствием отсутствия налаженных механизмов взаимодействия между центральным правительством и региональной элитой. Идеологическим вектором самопровозглашенного руководства Республики Ичкерия было именно достижение суверенитета. Лишь после гибели генерала Джохара Дудаева в апреле 1996 г. и вследствие притока на территорию республики значительного числа военных специалистов и наемных солдат, принесших с собой радикальные идеи, изначально преподносимое как национально-освободительное по своей природе, движение обрело религиозную оболочку, что вылилось во вторжение вооруженных отрядов с территории Чечни в Дагестан в мае 1999 г. Именно радикализированная окраска их действий дает основание рассматривать дальнейшие меры федеральных сил как контртеррористические операции.
Это наиболее наглядный пример того, какие проблемы несет тенденциозность, переданная через упрощения, поскольку именно в такой форме среди необразованных масс находят распространение любые идеи, адаптированные под восприятие этих масс. Речь идет не только о людях, пополнявших отряды экстремистов, прикрывающихся исламом, но также и о той части российского населения, которая сформировала свое отношение к исламу на основе преимущественно этих событий. Как следствие, возникли определенные тенденции к дискредитации образа ислама в обществе. К сожалению, вновь приходится говорить именно об отсутствии базовых знаний у населения страны в целом, явившемся следствием атеистической политики советского руководства.
Вместе с тем в 90-е годы XX в. в регионах, характеризующихся более стабильной обстановкой, стало возможным осуществление попыток возрождения традиций российской мусульманской уммы как единого организма и как части населения России.
Формирование новой структуры мусульманских учреждений на территории РСФСР было регламентировано на Пятом съезде Духовного управления мусульман европейской части СССР и Сибири (ДУМЕС), состоявшемся 6-8 июня 1990 г. в Уфе, где было вынесено постановление об автономизации управления мусульманскими религиозными объединениями от государственных органов. Председателем организации был переизбран возглавляющий ее с 1980 г. муфтий Талгат Таджуддин (род. 1948), за которым на этом съезде было утверждено звание шейх-уль-ислам. Важнейшими решениями съезда 1990 г. стало избрание муфтия на пожизненный срок, и предоставление ему широких полномочий в определении руководства ЦДУМ (половина членов назначается им). Эти реформы не могли не вызвать отрицательной реакции мусульманской религиозной элиты. Следует отметить, что по Уставу Диния Назараты (принят Национальным собранием (Миллет меджлисе) в январе 1918 г., формула избрания сохранена в Уставе ЦДУМ, утвержденном НКВД РСФСР в 1923 г.) все руководители Духовного управления, включая муфтия, избирались на съезде на 3 года. Даже муфтий ОМДС никогда не назначал казыев — членов собрания.