Данные меры Таджуддина были не только важными шагами на пути к возрождению самостоятельности российской уммы, но это также была серьезная попытка организовать централизованную структуру, сумевшую бы объединить по крайней мере часть российских мусульман, которая исторически была тесно связана с центральными территориями бывшей Российской империи.
Но и эта значительная по территориальному охвату организация также нуждалась в создании четкой структуры, в рамках которой реализация ее функций могла бы осуществляться наиболее эффективно. 15 января 1991 г. президиум ДУМЕС принял решение о восстановлении системы мухтасибатных округов. Их центрами стали: Казань, Бугульма, Зеленодольск, Чистополь, Набережные Челны (все — Татарстан), Уфа, Октябрьский, Сибай, Стерлитамак (все — Башкортостан), Куйбышев (Самара), Астрахань, Нижний Новгород, Омск, Ленинград, Пермь, Пенза, Симферополь (Крымский), Свердловск (Екатеринбург), Тюмень, Москва, Саратов, Ростов-на-Дону, Рига (Прибалтийский), Ульяновск, Оренбург. Мухтасибаты строились, по сути, вокруг личностей своих лидеров, которые получили свободу действий от ДУМЕС. Взамен им предстояло выстроить практически заново мусульманскую инфраструктуру. Многие мухтасибаты находились на территории Татарстана и Башкортостана, провозгласивших Декларации о государственном суверенитете и проводивших во многом самостоятельную от Центра политику.
На состоявшемся в ноябре 1992 г. шестом чрезвычайном съезде Духовного управления мусульман европейской части СССР и Сибири (ДУМЕС), считающемся шестым Всероссийским съездом мусульманского духовенства, было принято решение о переименовании организации в Центральное духовное управление мусульман России и Европейских стран СНГ (ЦДУМ), Т. Таджуддин сохранил пост председателя.
Однако недостаточная эффективность механизмов организации, неспособность гибко адаптироваться к политическим реалиям, не всегда последовательные и подчас противоречивые действия ее руководства привели к быстрой утрате ею авторитета среди ряда представителей региональной мусульманской элиты. В августе и сентябре 1992 г. соответственно были созданы самостоятельные Духовные управления мусульман вначале в Башкортостане и Татарстане, неподконтрольные Духовному управлению мусульман европейской части СССР и Сибири (ДУМЕС). В 1993 г. был организован Высший координационный центр Духовных управлений мусульман России (ВКЦ ДУМ) в Москве. Его учредителями стали руководители региональных Духовных управлений, изначально подведомственных ДУМЕС: Татарстана, Башкортостана, Поволжья, Тюменской области. В феврале 1994 г. организация была официально зарегистрирована.
Кроме того, в январе 1994 г. было создано Духовное управление мусульман Центрально-Европейского региона России (ДУМЦЕР), возникшее на базе Исламского центра Москвы и Московской области, образованного еще в ноябре 1990 г. на базе Московской Соборной мечети. На состоявшемся учредительном съезде мусульманских религиозных объединений и общин европейской части России председателем и муфтием был избран Равиль Гайнутдин (род. 1959), занимавший с 1991 г. пост президента упомянутого Исламского центра, а с 1987 г. бывший имамом Московской Соборной мечети.
23 сентября 1994 г. руководство Духовного управления мусульман Центрально-Европейского региона России (ДУМЦЕР) приняло решение о выходе из состава Центрального духовного управления мусульман России и Европейских стран СНГ (ЦДУМ).
Седьмой, внеочередной съезд мусульман России прошел 1 ноября 1994 г. в Уфе На нем было отменено решение ЦДУМ о пожизненном избрании муфтия.
Однако руководство ЦДУМ России и Европейских стран СНГ перешло в наступление. 17 января 1995 г. чрезвычайным съездом мусульман России и Европейских стран СНГ Т. Таджуддин был избран верховным муфтием и председателем ЦДУМ России и Европейских стран СНГ, а решения седьмого съезда были отменены. Таким образом, в условиях распада СССР и размежевания в среде религиозной элиты, реагируя на эти процессы, Т. Таджуддин пытается организовывать регулярные съезды, чтобы провести реформирование всех религиозных структур и системы управления, однако эти попытки не приводят к положительному результату.