В то же время именно активная деятельность Р. Гайнутдина способствовала сближению и определенной консолидации российских мусульман. Так, 2 июня 1996 г. по его инициативе был образован Совет муфтиев России (СМР), зарегистрированный 21 августа и объединивший значительную часть духовных управлений мусульман России. Председателем Совета был избран сам Р. Гайнутдин, позже переизбранный на этот пост в 2002, 2007, 2012 и в 2017 гг.
25 ноября 1998 г. в состав Совета вошли Высший координационный Центр ДУМ России (ВКЦ ДУМ) и Координационный центр мусульман Северного Кавказа (КЦМСК), созданный в августе того же года. 9 декабря 1998 г. на съезде Духовного управления мусульман Центрально-Европейского региона России (ДУМЦЕР) было принято решение о переименовании организации в Духовное управление мусульман европейской части России (ДУМЕР).
Сконцентрировав внимание на актуальных проблемах современного российского общества, Р. Гайнутдин направляет усилия на налаживание межкультурного диалога, поиск путей взаимопонимания между представителями различных народов, населяющих единое Российское государство. Продолжая традиции И. Гаспринского и прогрессивной части российской мусульманской интеллигенции XIX — начала XX в., он выступает с идеей интеграции российских мусульман в современное светское общество, что предстает, по-видимому, неизбежным и потому необходимым процессом. Шире — речь идет об интеграции мусульманских народов в единое гражданское общество, но данная интеграция, конечно, подразумевает сохранение своей национальной, религиозной и культурной идентичности.
В середине 2000-х гг. символом перехода связей России с исламским миром на качественно иной уровень стало открытие мечети Кул-Шариф в Казанском Кремле, совпавшее по времени с вступлением России в «Организацию Исламская Конференция» (ОИК, ныне — «Организация Исламского сотрудничества») в качестве наблюдателя.
О снижении тем временем значимости Центрального духовного управления мусульман России и Европейских стран СНГ (ЦДУМ) говорит хотя бы тот факт, что в 2000 г. оно было переименовано в Центральное духовное управление мусульман России. Между 1999 и 2012 гг. ЦДУМ не проводит ни одного съезда. В 2005—2006 гг. предпринимаются действия по возрождению существовавшего в 20-е годы XX в. Совета улемов как органа, объединяющего ведущих богословов России (вначале без региона Северного Кавказа) для развития мусульманской богословской и правовой мысли, противостояния экстремизму и радикализму. Однако руководство ЦДУМ выходит из этого интеграционного процесса. Внутренние конфликты внутри ЦДУМ в первой половине 2010-х гг. приводят к постепенному выходу из него ДУМ Санкт-Петербурга и Северо-Запада, Омской области, Чувашии, ХМАО.
Вместе с тем активное развитие Духовного управления мусульман европейской части России (ДУМЕР), отражающееся в масштабах его деятельности, позволило небезосновательно свершиться такому факту, как переименование организации в Духовное управление мусульман Российской Федерации (ДУМ РФ), произошедшему 21 сентября 2014 г.
Сегодня под эгидой Духовного управления мусульман Российской Федерации (ДУМ РФ) и Совета муфтиев России (СМР) происходит возрождение российской мусульманской богословской мысли. Функционирует открытый еще в 1999 г. Московский исламский университет (МИУ, с 2005 г. — Московский исламский институт (МИИ)), готовящий специалистов в области религиозно-богословского образования, имамов, имамов- хатибов. Кроме подготовки профессиональных кадров, курсов переподготовки и повышения квалификации имамов, деятельность МИИ направлена на организацию научно-практических мероприятий: семинаров, кружков, лекций. Организован процесс выпуска учебной, научной и научно-популярной литературы по истории ислама и исламским традициям. Выпуск и распространение литературы огромными тиражами осуществляет Издательский Дом «Медина». Существует ряд периодических изданий (журналов, газет и др.), знакомящих читателя с историей ислама, жизнью мусульман как в России, в ее различных регионах, так и за рубежом.