XVII в. играет роль переломного периода, когда происходит становление Российского государства, а в рамках его начинается давление на мусульманское население, постепенно теряющее свои позиции в политической и экономической жизни. В первые десятилетия XVIII в., с одной стороны, у государства, теперь уже империи, возникает необходимость обращения к изучению основ ислама для налаживания диалога с соседними мусульманскими государствами, но с другой — начинается еще большее давление на мусульманское население внутри страны, ликвидация мусульманского сословия крупных землевладельцев в лице служилых татар. Наиболее сложными были 40-е — первая половина 50-х годов XVIII в., связанные с откровенными репрессиями против мусульман — уничтожением мечетей, насильственной христианизацией и т.д. Только вооруженные восстания заставили правительство пересмотреть свою политику и начать относиться к мусульманам именно как к своему населению.
Начиная с Екатерины II (1762—1796), правительство постепенно ищет пути налаживания диалога с мусульманами, создается Оренбургское магометанское духовное собрание (ОМДС), мусульмане Крыма получают ограниченную религиозную автономию, строятся мечети, действуют стабильные медресе и мектебы. Так прошел фактически весь XIX в., в течение которого мусульмане постепенно обретали свои права в стремлении чувствовать себя полноценными гражданами. Именно в этот период внутри самой российской уммы начинают подниматься вопросы о необходимости собственных действий с целью интеграции в систему российского государства и общества. К концу XIX в. в Российской империи существуют регионы с мусульманским большинством на Северном и Южном Кавказе, в Казахстане и Средней Азии.
В конце XIX — начале XX в. представители прогрессивной мусульманской интеллигенции, джадидистов, выступают за превращение России в конституционное правовое государство, где суверенитет принадлежит парламенту, избираемому на основе всеобщего избирательного права, выдвигают планы единой религиозной автономии российских мусульман. Вместе с тем ограничения для мусульман в сфере приобретения недвижимости, на занятие постов и т.п. были отменены только Временным правительством в марте 1917 г.
Революционные события начала XX в. не обошли стороной и российскую умму. Начало полноценного включения мусульман в политическую жизнь страны совпало с кризисом власти в стране. Образовавшийся в 1917 г. политический вакуум расколол мусульманское интеллектуальное сообщество по политическим предпочтениям, многие светские деятели навсегда пропали для России в ходе Гражданской войны 1917—1922 гг., будучи вынуждены эмигрировать из страны вследствие победы большевиков. Те, кто остался и пошел на сотрудничество с новой властью, были в итоге обмануты. Абсолютное большинство религиозных лидеров российских мусульман оставались со своими единоверцами, помогая им в дни войны, голода и террора.
Со второй половины 20-х годов XX в. советская власть начинает предпринимать радикальные меры по борьбе с религией как явлением, в т.ч. и с исламом. Следует уничтожение богословов и мударрисов, разрушение мечетей, закрытие образовательных учреждений — эти меры фактически перечеркнули все результаты длительного процесса налаживания диалога мусульман и власти на протяжении истории Российской империи. Определенные послабления последовали в военные годы, когда значение религии осознавалось руководством страны как идеологического оружия. Хотя особых репрессий в 50-е — 80-е годы XX в. мы уже не видим, ислам в России оказался предоставленным самому себе и сохранялся в основном на бытовом уровне.
Однако в целом именно факт полного разрушения советским руководством складывавшейся столетиями на территории России традиции мусульманского образования сыграл главенствующую роль в том, что к концу 80-х годов XX в., в период либерализации, открывшей возможности для развития ислама в России, базис отправной точки развития был крайне низким. Становление исламского образования проходило словно с нуля. Благодаря усилиям наиболее активных деятелей достаточно быстро удалось создать систему религиозных учреждений, наладить взаимосвязь между общинами различных регионов страны, обеспечить подготовку духовенства. Но эти усилия, направленные на возрождение традиций именно российского ислама, встречают огромное препятствие в виде такого явления, как распространение радикальных экстремистских идей, прикрывающихся исламом, но на деле искажающими его. Это тоже стало во многом результатом непродуманной репрессивной религиозной политики руководства Советского Союза.