Параллельно с этим произошло еще одно очень важное событие. В конце XV — начале XVI в. узбекские ханы Шибаниды (Шейбаниды в арабизированном варианте) в ходе долгой продолжительной борьбы завоевали Мавераннахр с Хорезмом, а также часть Хорасана (совр. Северо-Восточный Иран, Туркменистан, часть Афганистана), изгнав оттуда Тимуридов (которые, с точки зрения Ясы, являлись узурпаторами, не имели законной власти, кроме того, у Джучидов были свои мотивы для мести этой династии, например, походы Тимура против Золотой Орды). Произошла замена значительной части тимуридских элит на выходцев из Улуса Шибана (от башкирского Зауралья до Западной Сибири включительно), а также присоединившихся к ним выходцев из Поволжья, главным образом Нижнего. О наличии среди разнообразных групп переселенцев в Мавераннахр выходцев из Нижнего Поволжья писал еще в начале XX в. татарский историк Хасан-Гата Габаши (1863—1936), причем он усматривал в этом одну из причин депопуляции Нижнего Поволжья в начале XVI в., продолжавшейся и в его середине, и сделавшей возможным завоевание региона Иваном Грозным (см. след. главу). По некоторым данным, речь может идти примерно о миллионе выходцев из Урало-Сибирского региона и Поволжья, исходя из цифр в 250 тысяч войска. Практически эти переселенцы полностью вытеснили тимуридские элиты и заняли их место. Все последующие династии в регионе — бухарские Шейбаниды, Джаниды-Аштарханиды, Мангыты, их хивинские и кокандские ветви,— все были потомками выходцев из Золотой Орды. Отсюда и столь пристальное внимание со стороны татарских историков (Ш. Марджани) к этому региону, и нередко стремительное возвышение выходцев из Урало-Поволжья и Сибири при дворах этих правителей, и почтение к бухарскому образованию и фетвам среди татар. Шейбаниды перенесли столицу Мавераннахра в Бухару, создав из нее Бухоро-и шариф. В то же время выдавленными из Мавераннахра Тимуридами была создана блистательная и во многом непревзойденная империя Великих Моголов (1526—1857) в Южной Азии (территория современной Индии, кроме крайнего юга, Пакистана, Бангладеш, частично Афганистана). Объединив враждующие тюркские и пуштунские эмираты, владения местных раджей, они создали не только мощное государство, но и неподражаемую синкретическую культуру.
Усиление Московского княжества на фоне постоянной вражды между собой уделов, образовавшихся из провозглашенных владений потомков рода Джучи, стало ярким явлением, отразившимся хотя бы в том, что многие последующие ханы общались с московскими князьями не как с подданными, а как с равными правителями, в том числе заключая с ними союзы. К тому же со времен великого князя Ивана III Васильевича (где-то с 70-х годов XV в.), противника хана Ахмада, московские князья начинают именовать себя «царями» — титулом, применявшимся раньше к византийским императорам или монгольским ханам. Во время состоявшегося в 1501—1502 гг. похода хана Шейх-Ахмада (сына Ахмада) на Крым, во время которого он затронул и номинально союзную Литву, московский князь Иван Васильевич направил к нему письмо с предложением всевозможных выплат в обмен на обещание не нападать на Московские земли. Однако эти события, конечно, не могут рассматриваться как возобновление прежних государственных традиций. Ослабленное непогодой и голодом войско Шейх-Ахмада было рассеяно крымским ханом Менгли Гераем, который продолжил свой поход, разорив собственные владения Шейх-Ахмада. Большая Орда перестала существовать.
С этого времени крымские ханы начали именовать себя правителями Улуг Улуса, то есть Золотой Орды, заявляя о своей преемственности. Что касается Шейх-Ахмада, то, потеряв власть, он был вынужден бежать сначала во владения османского султана, затем — литовского князя, при дворе которого содержался в качестве знатного пленника вплоть до 1527 г. Позже он был провозглашен правителем Астраханского ханства, отделившегося как раз от его владений в 1502/1503 гг. Потомком этого хана был также и последний правитель Астраханского ханства, павшего в 1556 г.
Золотоордынский период в истории России, таким образом, имеет особое значение. Как и Хазарский каганат, Золотая Орда может быть отнесена к тому типу созданных кочевниками государств, когда не только какие-то внешние оседло-земледельческие территории входят в сферу влияния кочевнической элиты, но также и на территории, где располагается местопребывания собственно правителя, происходят седентаризационные процессы и кочевническая элита сама постепенно интегрируется в культуру оседло-земледельческих народов. При этом представители других культур получают широкую автономию и имеют благоприятные условия для дальнейшего развития своего хозяйственного уклада и форм социальной организации. Такое государство создает единое политическое пространство для тесного взаимодействия и взаимного обогащения представителей различных культур и народов. Именно так и случилось в истории России. Золотая Орда должна рассматриваться как неотъемлемая часть российской государственности. Именно с нее ведет отсчет существование поликультурного и полирелигиозного государства на территории будущей Российской Федерации. Именно в этот период были заложены все те принципы взаимодействия, которые в той или иной форме развивались в различных входивших в состав Золотой Орды регионах в последующем.