В пользу того факта, что чингисидское происхождение в Московском царстве имело значительный вес, свидетельствует уже то обстоятельство, что в 1574 г. Иван IV Грозный объявил «великим князем всея Руси» бывшего касимовского хана Саин-Булата (в крещении — Симеона Бекбулатовича), уступив ему трон. Сам же Иван IV, именуя себя «государем князем московским», в роли подданного подавал ему челобитные. Разумеется, функции Саин-Булата в качестве правителя были лишь формальными, а вся полнота политической власти оставалась у Ивана IV, однако значение здесь имел сам ритуал, связанный с публичной демонстрацией верховной власти потомка Чингисхана. Саин-Булат, таким образом, выполнял функции своеобразного «сакрального царя».
Саин-Булат был позже ослеплен царем Борисом Годуновым, поскольку тот реально опасался его претензий на власть. При этом сам Борис выводил себя из знатного татарского рода. Хотя эти сведения о его происхождении не подтверждаются современными историками, любопытен сам факт значения в то время «татарской» родословной.
При царе Федоре Ивановиче в 1590 г. был основан Сунженский острог на Кавказе, но позже, в 1605 г., он был оставлен войсками. Однако это, безусловно, говорит о начале тенденции к распространению влияния в регионе московских царей. Восстановленный в 1635 г. уже при Романовых, он снова был оставлен, а последняя попытка отстроить укрепление в 1651 г., привела к вторжению персидских отрядов, и в 1653 г. острог был сожжен. На этом планы московских правителей проникновения на Кавказ были отложены на длительное время.
К этой же эпохе, началу XVII в., восходит, по-видимому, традиция именования московских правителей символической формулировкой «белый царь», в частности, прежде всего, насколько известно, она использовалась ногаями, а затем, что немаловажно, — османами, найдя отражение у ряда тюркских и монгольских народов. Очевидно, это связано с характерным для традиционной культуры тюрко-монгольских народов восприятием белого цвета как обозначения западной стороны света, также с семантикой чистоты и переносным значением святости, совпав в этом отношении с традиционным для русской культуры цветовым эпитетом.
Начавшаяся в начале XVII в. в Московском государстве Смута — политический кризис, наступивший после прекращения московской династии Рюриковичей и фактически вылившийся в войну «всех против всех»,— затормозила на время все политические и идеологические процессы. Военные события захлестнули людей различной культурной принадлежности, вероисповедания и социального статуса. С появлением общего противника в лице Речи Посполитой: как русские и казаки, то есть христиане, так и тюрко-татары, мусульмане или новокрещенцы, наравне принимали участие в вооруженной борьбе, отстаивая интересы той или иной категории населения общей страны. В целом татары выступали на стороне существовавшего режима, сражаясь с польскими и шведскими войсками. Но даже те представители мусульманских народов, которые выступили в поддержку альтернативных центров власти, как, собственно, и любая этническая или социальная группа в типичной гражданской войне, отстаивали прежде всего собственные интересы. Мало кто знает, например, что Петр Урусов, убивший в 1610 г. Лжедмитрия II, был ногайским мурзой и носил имя Урак. Самозваного же царя он убил, мстя за несправедливо казненного своего друга — касимовского хана Ураз-Мухаммада. При этом когда-то крестившись, мурза Урак Урусов к моменту убийства Лжедмитрия II в ислам уже вернулся.
В то время как внутренняя жизнь общества центральных территорий формирующегося нового многонационального государства переживала своеобразную перестройку, погрузившись в хаос, лишь на время остановились экспедиции, предпринимаемые в Сибирь, организуемые центральной властью, которой теперь фактически не было. Тюрко-татарская элита, прежде всего представители религиозных и торговых кругов, продемонстрировавшие лояльность властям в ходе Смуты, продолжали служить в качестве связующих элементов между колонизаторами и населением Сибири, выступая как посредники и переводчики. Кроме того, они служили переводчиками при сношениях с государствами Ближнего Востока и Средней Азии. Татарский язык был вплоть до XVIII в. языком дипломатического общения России с Ираном. Он изучался также чиновниками, происходившими из русской среды.