Но уже первые цари из династии Романовых, Михаил Федорович (1628 г.) и Алексей Михайлович (1649 г.) начали предпринимать значительные шаги по ослаблению мусульманского дворянства: признавая за служилыми людьми из мусульман право владения землями, они, тем не менее, запретили им иметь православных крепостных, при этом Алексей Михайлович способствовал введению жестких наказаний мусульман за обращение в ислам христиан (смертная казнь через сожжение). Альтернативными вариантами было либо принятие крещения, позволявшее пользоваться всеми дворянскими привилегиями, либо переход в купеческое сословие.
Одновременно характерные для политики правительства в этот период меры по усилению центральной власти и ослаблению позиций наследственных землевладельцев, заменявшихся зависимым от центра служилым дворянством, а затем и усиливавшимся купечеством, приводили к тому, что основным оплотом сосредоточения власти, альтернативной центральной царской власти, могла стать только христианская Церковь, имевшая значительные земельные владения и огромную власть над умами людей. После столкновения патриарха Никона с царем Алексеем Михайловичем, закончившегося победой последнего, Церковь начинает утрачивать свой политический вес. Для мусульман, чьи позиции в новом, строящемся государстве, не были достаточно крепки, значительным выходом для инкорпорирования в социальную структуру в этих условиях была попытка усиления позиций собственного духовенства. Мусульманские духовные лица имели возможности сохранить среди населения мусульманскую образованность и приверженность родной культуре. Этому способствовал также и тот факт, что тюрко-татары теперь уже фактически не имели сильной светской элиты. Тюрко-татарская служилая аристократия в основном, принимая христианство, растворяется в новом обществе вместе с тем социальным слоем, к которому она принадлежала. Модернизаторские реформы, начавшиеся уже во второй половине XVII в., создают предпосылки для возникновения нового типа социальной структуры.
Наверное, в силу ряда перечисленных причин не кажется странным факт поддержки многочисленными группами народов Поволжья антицарского восстания под предводительством казака Степана Разина в 1667—1671 гг. Агрессивная политика российских царей в отношении мусульманского населения Урало-Поволжья способствовала росту среди него недовольства властями, недоверия к ним. Утрата религии рассматривалась как утрата идентичности, что, конечно, не могло не способствовать стремлению поиска выхода из этой ситуации. Поэтому мусульманская община закрывалась от взаимодействия с властями, поскольку, лишенная политической элиты, не имела сил вести равноправный диалог, а при каждом удобном случае готова были поддержать любые антиправительственные выступления. Это была объективно оправданная реакция на ту недальновидную религиозную политику руководства страны, которая длительное время, вплоть до конца XVIII в., имела практику в отношении собственного же населения.
Территориальная экспансия Российского государства на восток и начавшиеся военные реформы девальвировали значение Касимовского ханства, которое в 1681 г. было ликвидировано. Экспансия в южном направлении столкнулась с интересами Крымского ханства и Османской империи. В 1676 г. начались боевые действия, закончившиеся поражением России и подписанием в 1681 г. Бахчисарайского мирного договора, согласно которому Россия должна была выплачивать дань Крымскому ханству, а политическое объединение украинских казаков — Запорожская Сечь — получало независимость от Москвы. В дальнейшем попытки воевать с Крымским ханством предпринимал Петр I, но два похода 1687 и 1689 гг. завершились неудачей. Более удачными были действия молодого царя против Османской империи, воевавшей в это время против всей Европы, на азовском фронте.
В результате походов 1695—1696 гг. Азов был взят и передан Российскому царству по перемирию, однако после поражения Петра I в 1711 г. в Прутском походе, едва не закончившегося пленением царя, город был возвращен Османской империи.