Так или иначе, после подавления башкирского восстания политика царского правительства в отношении мусульман все же несколько изменилась. Так, уже в 1755 г. было отменено решение правительства о том, что мусульмане должны нести рекрутскую повинность за новокрещеных, а в 1756 г. Сенат издал указ «О допущении татар магометанского закона, жительствующих особыми деревнями в Казанской, Нижегородской, Астраханской и Сибирской губерниях, к постройке мечетей и о переселении новокрещеных татар в другие деревни».
Если в 1756 г. был переведен в регион без мусульманского населения главный активист Новокрещенской конторы Лука Канашевич, получивший в татарском фольклоре кличку Аксак Каратун, то уже в 1764 г. Новокрещенская контора была закрыта. В 1767 г. императрица Екатерина II разрешила выстроить две каменные мечети в Казани — впервые после падения города в 1552 г. 17 июня 1773 г. был издан указ Синода о «терпимости всех вероисповеданий», фактически окончательно положивший конец политике насильственной христианизации. 17 марта 1775 г. вышел манифест императрицы «О высочайше дарованных разным сословиям милостях по случаю заключения мира с Портою Оттоманскою», также касавшийся и мусульман.
В работе Уложенной комиссии 1767 г. принимало участие 28 делегатов-мусульман от различных губерний России. Несмотря на то, что степень их активности была различной, многие из них поднимали чрезвычайно актуальные вопросы, требуя прежде всего свободы вероисповедания и равенства с христианами, выступая против ограничений на торговлю для неправославных (в этом вопросе депутаты-мусульмане объединились с язычниками Урало-Поволжья). По социальному составу делегаты преимущественно представляли мурз и купечество.
Императрица начала также предпринимать некоторые усилия по укреплению мусульманского образования, осознавая, безусловно, прежде всего практический интерес всего государства в этом.
Первые шаги российского правительства навстречу мусульманскому населению, разумеется, не сразу давали свои плоды. Мусульманское духовенство, как наиболее высокообразованная его часть, продвигало в силу возможностей мусульманское образование на местах, но недовольство властью было сильным среди простого населения. Так, во время Пугачевского бунта на Урале 1773—1775 гг. многие башкиры и татары также присоединились к народному движению; казахи в целом остались нейтральными, хотя некоторые отряды принимали участие в боевых действиях. Широко известна личность представителя башкирского народа Салавата Юлаева (1754—1800), в 19 лет ставшего одним из ближайших сподвижников Пугачева и долго и упорно противостоявшего со своим отрядом царским войскам даже после пленения предводителя. Он закончил свои дни, проведя 25 лет на каторге, но остался в памяти народа не только как борец за свободу, но и как талантливый поэт.
Некоторая часть поволжской мусульманской элиты, прежде всего татары, потеряв возможность реализовать себя, как в прежние времена, в качестве военной страты, чтобы сохранить привилегии, принимала крещение, но другие предпочитали, сохраняя верность исламу, переходить к купеческой деятельности, где также нашли способ эффективно реализовать себя. Единство языка, культуры и религии, общее происхождение элит с населением Казахстана и Средней Азии способствовали значительным успехам в налаживании торговых отношений с государствами этого региона на рубеже XVIII-XIX вв., основанию купеческих факторий и даже целых поселений на их территориях. Поскольку это приносило выгоды Российскому государству, правительство поощряло эти меры (указы Екатерины II 1763 и 1776 гг.). Сформировалась самобытная социальная группа — чабаталы мурзалар, «лапотные мурзы», также именуемые битлеш мурзалар, «вшивые мурзы». Не имея дворянского статуса, не владея землями, они обладали высоким авторитетом, прежде всего в собственной этноконфессиональной среде, высоким уровнем образования, известным кредитом доверия, в том числе в Средней Азии. Все это позволило им сохранять высокий социальный статус, а при возможности и приобретать значительное материальное благосостояние (симбирские Акчурины, касимовские Акбулатовы, Ерзины, Ширинские и т.д.).