В 1769 г. в Казанской гимназии был введен татарский класс, к 70-м годам XVIII в. относят открытие в Старотатарской Слободе Казани двух медресе при мечетях (позже известных как Апанаевская (ныне здание передано медресе Мухаммадийа) и Ахундовская (ныне — Марджанийа), и затем, где-то в 80-е годы XVIII в., еще одного — в Новотатарской Слободе (позже известно как Амирхановское медресе). В 1782 г. в народных училищах, располагавшихся в губерниях, которые «лежат в стороне татарской, персидской и бухарской», было предписано обязательное преподавание арабского языка.
Следует отметить, что в этот период медресе, располагавшиеся вне городских слобод типа Казани и Каргалы, а в сельских районах Заказанья (Кышкар, Мачкара) и Приуралья (Стерлибаш) отличались более высоким уровнем преподавания. Ситуация в пользу городских медресе изменилась только в последней трети XIX в. (см. главу VII).
В 1798 г. организуется войско по типу казачьих, практически целиком состоявшее из мусульман (немногочисленное исключение составляли небольшая часть тептярей марийского и удмуртского происхождения, которые были язычниками, но при этом их сохранявшаяся традиционная культура подвергалась интенсивному мусульманскому влиянию). Башкиро-мещеряцкое войско располагалось в Оренбургской, Уфимской, Пермской, Самарской и Вятской губерниях и включало в себя этносословные группы башкир, мещеряков и тептярей. В основу территориального кантонного (и в основном соответствующего ему полкового) деления были положены племенной принцип у башкирских кантонов и территориальный у мещеряцких. Несмотря на то, что командовал войском русский генерал, кантонные начальники (кантоны) происходили из мусульман. Сформировался широкий слой офицеров, в организованном в Оренбурге Неплюевском кадетском корпусе (с 1825 до 1844 г. — училище) был организован набор воспитанников-мусульман, преимущественно из числа детей офицеров, а в Казанском университете с 1849 г. — поток студентов-медиков со специальностью военврач. Все полки обслуживались имамами. Фактически сформировался новый слой мусульманской элиты, часть из которой достигла впоследствии больших высот. Башкиро-мещеряцкое войско, обладая всеми правами казачьих войск и аналогичной структурой, сыграло важную роль в развитии системы самоуправления тюрков-мусульман Урало-Поволжья. Максимальная численность полков, выставляемых войском, достигала 26 в период наполеоновских войн — 20 башкирских, 4 мещеряцких и 2 тептярских, все кавалерийские пятисотенные по типу казачьих войск. Башкиро-мещеряцкое войско было расформировано в 1865 г., но определенное количество башкирских и тептярских полков набиралось и позже, в том числе — в Оренбургском казачьем войске.
Царствование Екатерины II в целом было более благоприятным временем для мусульман по сравнению с предыдущими десятилетиями. Несмотря на то, что захват Черноморского побережья от Днепра до Дуная и от Дона до Кубани, а также Крыма и ликвидация в 1783 г. Крымского ханства спровоцировали вынужденное переселение сотен тысяч мусульман на территорию Османской империи, мусульмане получили возможность свободно исповедовать свою религию и создавать религиозные учебные заведения. Все это показывает, что руководство страны начинает осознавать государственное значение мусульманского фактора.
Однако в контексте российско-крымских отношений имело место одно из трагических событий в истории тюркских мусульманских народов России. Именно в связи с внешнеполитической обстановкой стали более остро вставать вопросы о контроле пограничных территорий. Крымское ханство было отделено от Османской империи и признано независимым владением по условиям Кючук-Кайнарджийского мирного договора, заключенного в 1774 г. Это обстоятельство дало возможность России непосредственно оказывать влияние на политику ханства, не опасаясь вмешательства османов. Между тем Крымское ханство включало в свой состав не только территории самого Крыма, в его подчинении находились земли некоторых народов, проживавших в Приазовье и на Северо-Западном Кавказе. По мирному договору Россия уже получила Керчь, Азов, Еникале и Кабарду. Пророссийская политика последнего крымского хана вызывала недовольство не только среди собственно крымско-татарской знати, но и среди представителей подданных хана. В 1781—1782 гг. территорию Крымского ханства охватывает восстание, затронувшее и кубанские территории, населенные ногайцами. Против ополчений ногайских мурз были отправлены регулярные войска под руководством А.В. Суворова, уже известного своей жестокостью во время подавления Пугачевского бунта и позже прославившегося как душитель освободительного движения в Польше. Разбив ногайские войска, он начал карательные акции против ногайского населения, что привело к огромным потерям среди этого народа и массовым миграциям ногайцев на территории Восточного Кавказа и Закубанья, не подконтрольные тогда Российской империи.