Важные события для истории ислама в России происходят в самом конце правления Екатерины II. 28 января 1783 г. Екатериной II был издан указ «О дозволении подданным магометанского закона избирать самим у себя ахунов», т.е. глав духовенства на определенных территориях, однако эти ахуны должны были быть подданными Российской империи. В 1784 г. вышел указ о «позволении Князьям и Мурзам Татарским пользоваться всеми преимуществами Российского дворянства» (напомним, что в 1785 г. была издана «Жалованая грамота дворянству», сделавшая дворянство привилегированным сословием, подверженным даже собственному внутреннему суду). Согласно ей татарским мурзам и башкирским старшинам были предоставлены права российского дворянства.
После утверждения в 1786 г. устава народных училищ императрица постановила образование таких училищ в Казахских степях, а также заявила о необходимости печатать учебные книги на казахском языке. На должность преподавателей в эти училища назначались казанские муллы — на тот момент лучшие знатоки культурных традиций тюркских и мусульманских народов, а также фактически не имевшие языкового барьера с местным населением. В 1787 г. по приказу императрицы впервые в России в частной «Азиатской типографии» в Петербурге напечатан арабский текст Корана — в целях бесплатного распространения среди казахов, хотя этот первый тираж составил всего 20 экземпляров.
22 сентября 1788 г. по указу Екатерины II в Уфе было организовано «Духовное собрание Магометанского закона», по принципу миллета в Османской империи для религиозных меньшинств (с 1846 г. — «Оренбургское магометанское духовное собрание», по названию губернии, или махкама шариыйа оринбурджийа — дословно «Оренбургское шариатское судопроизводство»); в его полномочия входило управление религиозными делами мусульманского населения России, кроме территории бывшего Крымского ханства. Иначе говоря, была создана государственная организация, регулировавшая жизнедеятельность российской уммы на официальном уровне. В тот же день другим Указом муфтием был назначен ахун Каргалы Мухаммеджан Хусаинов (Мухамет-Джан Гусейнов), ему в помощники назначались три казыя из числа «казанских татар». При этом будущие муллы сдавали экзамены в духовном собрании, но должны были иметь и свидетельства о благонадежности от местных губернских правлений. Именно от них должны быть получены рекомендации о «благонадежности», если человек переводился на другую должность. В целом эта система просуществовала до 1917 г.
В 1789 г. вышел указ «Об определении в учрежденное в Уфе Духовное Собрание Магометанского закона Секретаря, Канцелярских и прочих служителей, с произвождением им жалования», фактически ознаменовавший официальное включение мусульман в общественно-политическую жизнь Российской империи. Теперь представители мусульманской религиозной элиты получали от государства жалованье как служащие.
В 1799 г. на фактически автономных от царской региональной администрации правах начали действовать татарские школы в Казани, Астрахани и Тобольске.
Вызывает особый интерес личность первого муфтия Российской империи Мухаммеджана Хусаинова (1756—1824), уроженца Бирского уезда Оренбургской губернии (совр. Султанай Аскинского района Республики Башкортостан). Образование он получил дома (его дед был первым выходцем из татарского народа, отучившимся в Бухаре и вернувшимся оттуда), позже — в Каргале, Бухаре и Кабуле. Первый муфтий был знатоком городской жизни Востока, и, как считается, применял принципы ее самоорганизации на российской почве. Вместе с тем, как и многие представители российской мусульманской религиозной элиты, он выполнял ряд поручений дипломатического и военного характера российского правительства в Казахских степях и на Кавказе (Кабарда). Сравнивая результаты его деятельности с другими чиновниками, стоит отметить, что Хусаинов не допускал кровопролития в ходе своих миссий. Первый муфтий не известен как исламский ученый, педагог, историк, писатель, однако его заслуга состоит в том, что он создал и отстоял систему, которая позволила вырасти и развиться другим представителям российской мусульманской интеллектуальной элиты — ученым, педагогам, историкам, писателям. Первый муфтий не был бессребреником, он не забывал себя и своих потомков, его поместья были размещены на реквизированных или купленных у башкир землях, но Башкиро-мещеряцкое войско было сформировано также при нем и не без его участия. Он успешно проводил политику социализации уммы в имперский социум при трех императорах — Екатерине II, Павле I и Александре I, и огромная заслуга в институционализации уммы в XVIII — начале XIX в. принадлежит именно ему, без малого 37 лет находившемуся на своем посту.