После включения территории Крыма в состав Российской империи был издан указ императрицы Екатерины II от 23 января 1794 г. об учреждении там особого Таврического магометанского духовного правления, также возглавляемого муфтием, которым стал крымский кади-аскер Сейт-Мегмет-эфенди, с местопребыванием в Симферополе. Созданная теперь Таврическая область (с 1802 г. — губерния) имела собственное автономное мусульманское религиозное учреждение, деятельность которого, правда, была регламентирована значительно позже (см. след. главу)
Два последующих оренбургских муфтия, Абдесаллям Абдрахимов (1825—1840) и Абдулвахид Сулейманов (1840—1862) продолжали способствовать интеграции в современное им политическое пространство детей мусульманской элиты. Так, третий муфтий, в частности, во многом снискал благосклонность властей, преподавая у воспитанников Кавказского полуэскадрона императорского конвоя (с 1828 г.) и Царскосельского кадетского корпуса (с 1835 г.), где прививал им не только знания об исламе, но и верность царю.
Следует сказать еще об одном направлении внешней политики Российской империи в XVIII в., непосредственно связанном с историей ислама. Уже преемники Петра I предпринимают попытки закрепиться на Северном Кавказе. Они основывают здесь крепости (Кизляр в 1735 г., Моздок в 1763 г.), организуют казачьи станицы, создают дворянские владения, раздавая земли как российской, так и поступавшей на службу местной знати. Начинается постепенное проникновение сюда российского купечества и внедрение элементов российской административной системы. В 70-е гг. XVIII в. в России делаются первые попытки изучения языков народов Кавказа. В это же время, активно и достаточно успешно воюя с Османской империей, Россия начинает вмешиваться в жизнь местных народов.
В 1785 г. правительством было провозглашено образование Кавказской губернии, явившееся следствием вхождения в состав империи территорий, граничивших с Северным Кавказом. Прямое и опосредованное проникновение России в Кавказский регион, выразившееся в стремлении взять под контроль торговые отношения, оказывать влияние на политическую жизнь местных народов, спровоцировало восстание, возглавленное мусульманским проповедником, происходившим из простых пастухов, чеченцем по имени Ушурма из селения Алды, известным как шейх Мансур. Он являлся последователем суфийского тариката накшбандийа, обязательным условием членства в котором является неукоснительное следование шариату. Выступая проповедником мусульманских традиций, шейх Мансур своим красноречием сумел найти много сторонников среди представителей различных слоев населения кавказских народов. Начавшись в Чечне, восстание охватило весь Северный Кавказ. Помощь восставшим начала оказывать Османская империя, в 1787 г. вступившая в войну с Россией. В июне 1791 г. раненый шейх Мансур был пленен имперскими войсками во время героической обороны Анапы, его заточили в тюрьму, где он в 1794 г. умер. Поражение Османской империи в минувшей войне только укрепило позиции России на подступах к Северному Кавказу.
Здесь кажется важным отметить тот факт, что фактически в истории России впервые происходит инцидент, когда освободительная война против колониального правительства, объединившая различные по происхождению и языку, хотя, конечно, близкие по культуре народы, разворачивается под знаменем ислама.
Следует отметить, что распространение ислама на территории Северного Кавказа имело свои особенности. Ввиду природно-географических характеристик региона местное население сохраняло традиционный хозяйственный и общественный уклад. Труднодоступные горные территории лишь номинально входили в состав Золотой Орды. Разделенные многочисленными хребтами, местные общины сохраняли свою автономию и, в сущности, политическую независимость, как по отношению друг к другу, так и по отношению к внешним завоевателям. Обусловленная рельефом сложность коммуникаций не могла способствовать широкому и равномерному распространению здесь и религиозных учений. На языковую пестроту местного населения накладывалось и разнообразие религиозных учений, исповедуемых теми или иными общинами-аулами: здесь жили как приверженцы традиционных верований, так и христиане, и мусульмане, и иудеи без какого-либо антагонизма, поскольку все они были объединены на основе общности традиций, выработанных в результате единства образа жизни. Хотя с XIV в. территории горного Кавказа находились в окружении мусульманских государств, распространение ислама здесь было достаточно поверхностным. Нормы ислама проникали в жизнь отдельных общин, закрепляясь лишь в тех сферах быта, где они могли сочетаться с нормами традиционной жизни и не противоречить им. Поэтому, например, здесь большую роль в социальной жизни играл адат, ведь сложные условия проживания местных народов сами себе диктовали необходимость сохранения общинной организации для осуществления механизмов взаимопомощи в ведении хозяйства и в случае войн с соседями. Важнейшей особенностью распространения ислама на Северном Кавказе является то, что оно происходило в процессе централизации разрозненных общин, объединявшихся вокруг авторитетных проповедников, каждый из которых мог придерживаться собственной интерпретации религиозных догм. Наибольшее распространение нашли здесь различные тарикаты суфизма (накшбандийа, кадирийа и др.). Отчасти этому способствовала структура суфийских братств, достаточно легко вплетавшаяся в устои традиционной организации горцев. Создававшиеся общины структурировались на основе патриархального принципа — авторитет учителя (устаза) был непререкаем, а его последователи (мюриды) должны быть полностью верны и покорны ему.