Эти процессы находят отражение в трансформации в системе науки и образования. Так, в 1818 г. в Петербурге открывается Азиатский музей, тогда рассматривавшийся как организация для хранения рукописей и книг на восточных языках. В 1804 г. Московский университет получает новый устав, подразумевавший изучение этих самых восточных языков, однако в действительности это не было реализовано. В 1815 г. здесь был основан Лазаревский институт восточных языков. В 1819 г. открывается Петербургский университет, где в последующем были созданы три разряда: исторический, филологический и восточной словесности. В 1835 г. был издан новый университетский устав, предполагавший изучение в рамках дисциплины «восточная словесность» среди прочих арабского, персидского и турецкого языков. Однако по-настоящему только Казанский университет, где был открыт единственный на тот момент в России Восточный разряд, смог во второй четверти XIX в. стать центром преподавания языков и изучения Востока мирового уровня. Позже, в 1854 г., в Петербурге все же был учрежден восточный факультет, куда в 1855 г. были переведены многие крупные специалисты из Казани. Потребность в компетентных кадрах стала важным фактором для востребованности в качестве знатоков языков собственно выходцев из «восточных» культур, в том числе из мусульманских народов, что в свою очередь во многом ускорило их интеграцию в систему современного образования (см. след. главу).
В начале же XIX в. востоковедение формировалось не как научная дисциплина, поскольку она имела прикладной характер. Если во времена Петра I изучение Корана было делом людей увлеченных, разбавлявших свое свободное время и расширявших кругозор, то теперь, когда Российская империя вступала в непосредственный и чрезвычайно тесный контакт с мусульманским миром, возникла настоящая потребность в получении знаний об исламе, исповедующих его народах, их обычаях, нравах, культуре, языке…
В ходе успешных войн с Персией 1801—1813 гг. и Османской империей 1806—1812 гг. все больше возрастает влияние России на Кавказе. Россия захватывает земли Дагестана, Северного Азербайджана, а также в подданство к империи просится Грузия. Важным вопросом для государства становится налаживание коммуникаций с этими территориями, отделенными Кавказским горным хребтом.
Самым первым законодательным актом, касающимся организации управления мусульманами Кавказа, является, по-видимому, изданный 30 июня 1805 г. указ императора Александра I «О правилах для Магометанского духовенства Елисаветпольской округи». Он официально утверждал свободу вероисповедания, а также, будучи ориентирован прежде всего на территории бывшего Гянджинского ханства (Гянджа была переименована в Елисаветополь, в честь супруги императора), устанавливал некую штатную иерархию местного мусульманского духовенства, представленного в большинстве шиитами: во главе — ахунд, ему помогали восемь мулл. Все они имели государственное жалованье и кроме исполнения религиозных обязанностей должны были проповедовать верность российскому царю. В случае «измены» их имущество конфисковывалось, а сами они подлежали ссылке в Сибирь.
Этнически разнообразное население Дагестана и Северного Азербайджана имело языком общения тюркское наречие, понимаемое кумыками Дагестана и большинством азербайджанского населения. Поскольку научное востоковедение еще не сложилось, а языки, в действительности родственные татарскому, были взаимопонимаемы, в русскоязычной канцелярской документации создалась традиция именовать все тюркоязычное население татарами. Этот факт, с учетом действительной активности собственно выходцев из татарского народа, религиозных деятелей и торговцев, на Северном Кавказе часто вызывает сложности в правильной атрибуции представителей тех или иных локальных групп.
Одной из мер, предпринимавшихся с целью повысить лояльность местного населения, стали попытки переселения христианского армянского населения на территории Южного Кавказа — в частности после подписания Туркманчайского мира с Персией 1828 г. и Адрианопольского мира 1829 г. с Османской империей значительные потоки армянских переселенцев двинулись соответственно из Южного (иранского) Азербайджана и Восточной Анатолии. Так, например, число армян Эриванской губернии к началу XIX в. составляло 20% от всего населения, к 1832 г. процент вырос до 32. В будущем это стало причиной многочисленных межэтнических конфликтов.