Сам Кунта-Хаджи пребывал в ссылке, из которой не вернулся. Последнее упоминание о нем датируется 1867 г., однако среди его последователей живет убеждение в том, что шейх жив. Именно с Кунта-Хаджи связано закрепление авторитета духовных учителей (устазов) в горских братствах.
Что касается Шамиля, то он прибыл в Петербург, где был с честью принят российским императором и даже встретился с А.П. Ермоловым. Старый шейх был поселен с семьей в Калуге в достаточно комфортных условиях. На исходе лет он отправился в хадж, по дороге в который скончался (1871 г.) и был похоронен в Медине. Два сына Шамиля остались служить в российской армии (причем один из них — Мухаммад-Шафи в начале своей карьеры командовал одним из мусульманских подразделений в составе Собственного Его Императорского Величества Конвоя), два других продолжали воевать против российских войск на Южном Кавказе, приняв подданство Османской империи. Один из них, Гази-Мухаммад, геройски проявил себя на Кавказском фронте во время Российско-османской войны 1877—1878 гг., дослужился до чина фельдмаршала в османской армии.
В составе российской гвардии из кавказских горцев были сформированы Горский полуэскадрон (ногайцы, адыги, кумыки, чеченцы) и команда лезгин (лезгины и другие народы Южного Дагестана, чародинские аварцы) одной из самых элитных частей лейб-гвардии — Собственного Его Императорского Величества Конвоя. Другими мусульманскими частями в составе конвоя были команда мусульман (азербайджанские тюрки) и команда крымских татар, просуществовавшая наиболее длительный период времени — с 1826 по 1890 гг.
Действия российских властей на Кавказе привели к вытеснению местного коренного населения из равнин в горные районы. На плодородные равнинные земли переселялись русские крестьяне и казаки. Огромное число людей, в частности из населения западных районов Северного Кавказа, было вынуждено вовсе покинуть родные земли. Особенно массовым был исход черкесов (т.н. мухаджирство) в 1864 г., в большом количестве вынужденных выехать в пределы Османской империи. Многие погибли в пути. Но потомки тех, кто переселился, впоследствии составили отборные части османской армии. Часть из них были поселены на различных окраинах Османской империи (Балканы, арабские страны и т.д.), где несли военную службу. В настоящее время потомки кавказских мухаджиров, среди которых военная служба пользуется популярностью, составляют значительную часть офицерского корпуса армии и спецслужб ряда стран (Турция, Иордания и др.).
Конфискация земель российскими властями у местного населения в пользу крестьян и казаков была не только фактором, вызывавшим антироссийские настроения в тот период, но стала также причиной враждебного отношения горцев как к царскому режиму, так и к новому населению в целом. Правительство пыталось «задобрить» местное население, раздавая знати должности и ордена, а в массах распространяя мысли об улучшении их образа жизни в составе Российской империи. Однако попытки навязывания горцам чуждых им социальных и политических институтов не встречали понимания. Обескровленные длительными боевыми действиями кавказские народы вынуждены были принять сложившуюся ситуацию. Все же активная фаза сопротивления закончилась с пленением и казнью в 1878 г. последнего имама Чечни — Алибека-Хаджи Алдамова.
Только 8 апреля 1872 г. российским императором Александром II было утверждено Положение об учреждении на Кавказе двух духовных управлений: «Управления духовными делами мусульман Шиитского учения» во главе с шейх-уль-исламом и «Управления духовными делами мусульман Суннитского учения» во главе с «Закавказским муфтием», оба — с центром в Тифлисе (совр. Тбилиси). Проблемы межконфессионального характера улаживались при присутствии представителей обоих «учений». Однако их действие распространялось только на Южный Кавказ, аналогичные вопросы на Северном Кавказе находились в ведении военных властей.