Таким образом, на протяжении всего периода конца XVIII — конца XIX в. российское правительство в тяжелейших условиях неприятия горцами колониальных властей искало пути и методы взаимодействия с местным населением, находя возможным, отстаивая свои геополитические интересы, в основном действовать жесткими мерами, и только к 70-м годам XIX в., когда людской ресурс у горского населения фактически иссяк, смогло перейти к мирным организационным мерам.
По-иному складывались дела в Казахстане и Средней Азии.
В 1822 г. был издан «Устав о сибирских киргизах», который распространялся на большинство казахов. Хотя его разработчиками выступили выдающийся законодатель М.М. Сперанский при участии будущего декабриста Г.С. Батенькова, этот односторонний документ лишь продемонстрировал недальновидность российского чиновничества. Российское государство решило заменить управление ханов на административно-территориальное. Решив заменить родо-племенное деление степного населения административно-территориальным, чтобы ослабить влияние белой кости, сословия, включавшего в себя султанов (потомков Чингисхана) и сеййидов, в Степи была создана система округов во главе с окружными приказами. Три из пяти членов этой коллегии были казахами, председателем — старший султан.
Однако этими мерами российское правительство лишь обрекло кочевое население на ряд новых трудностей, вызвавших недовольство властями именно среди этих социальных групп. Специфика кочевого скотоводства, бывшего основой хозяйственной деятельности казахов, предполагала регламентированное на основе обычного права пользование летними и зимними пастбищами, обусловливавшее и маршрут перекочевок. Сначала строительство укреплений, а теперь и искусственное разделение степного пространства привело к тому, что кочевки были ограничены, это нарушило всю налаженную веками систему хозяйствования, вызывая массовые недовольства среди рядового населения казахов. Еще больше недовольства добавляло навязывание кочевому населению оседло-земледельческого уклада. Российское чиновничество смотрело на кочевых казахов как на дикий и недоразвитый народ, который необходимо было обуздать и «цивилизовать».
Часть казахской элиты, особенно из северо-западного региона (бывшей Букеевской Орды), постепенно начала поддерживать оседлость кочевников, ориентируясь на пример татар. Последние составили основу мусульманской части городского населения в новых российских городах, возникавших на севере, востоке и в центре Казахских степей.
Так или иначе, пример Казахстана показателен тем, что в различных его исторических районах российское правительство апробировало разные схемы управления кочевым населением. В течение всего XIX в. то здесь, то там вспыхивали антироссийские восстания, однако подавляемые военной силой.
Следует отметить, что в 60-е годы XIX в. полномочия Оренбургского магометанского духовного собрания (ОМДС) не были распространены на Среднюю Азию (Туркестан), и из сферы его ведения был исключен регион современного Казахстана (в ОМДС входили лишь городские общины с преимущественно татарским мусульманским населением). Мусульманские общины Северного Кавказа, кроме ряда городов в предгорье и адыгских аулов, также фактически не были под контролем ОМДС. Этот вопрос, как было указано выше, был улажен в 1872 г. Что касается мусульман Средней Азии, то в 1857 г. был издан «Устав духовных дел иностранных исповеданий», согласно которому мусульмане Южной Сибири и Средней Азии («бухарцы и другие»), находившиеся «без принятия подданства» подчинялись «в делах духовных общему местному гражданскому управлению и через него — Министерству внутренних дел».
В то же время империя продолжала расширение вглубь Средней Азии, где напрямую сталкивалась с интересами трех крупных оседлых государств: Бухарского эмирата (1753—1920), Хивинского (1512—1920) и Кокандского ханств (1709—1876). Дело в том, что столкновение этих интересов отражала уже борьба за влияние на кочевников, территории которых играли роль своеобразной буферной зоны между крупными державами Евразии — Россией, Китаем и среднеазиатскими ханствами. Когда же Российская империя сумела непосредственно завладеть этими территориями, сделав их своими колониями, она вплотную подошла к границам Хивы, Бухары и Коканда, нарушив баланс политических сил в регионе. Уже в 40-е годы XIX в. линия российских укреплений подходит к Сырдарье. Так, после захвата устья реки в 1847 г. здесь построено Раимское (Аральское) укрепление, и российские войска перешли к радикальным действиям.