Превосходящая своим экономическим потенциалом и военной мощью Российская империя довольно быстро покорила враждовавшие между собой и разрываемые внутренними смутами ханства. После катастрофического штурма в 1853 г. кокандской крепости Ак-Мечеть на ее месте было основано очередное укрепление (ныне — г. Кызыл-Орда в Казахстане). После длительных, почти годичных, попыток взятия Ташкента, завершившихся все-таки захватом города, в июле 1865 г. указом российского императора Александра II было образовано Туркестанское генерал-губернаторство с центром именно в Ташкенте. Одновременно был учрежден Туркестанский военный округ. В 1866 г. Кокандское ханство было окончательно разгромлено, а в 1876 г. ликвидировано как политическая единица. В 1868 г. эмир Бухары, изначально объявивший джихад, но затем потерпевший поражение, вынужден был признать протекторат России: по «договору о дружбе» 1873 г. имперское правительство сохраняло за правящей династией номинальную власть, но фактически государство потеряло самостоятельность. Отношения с хивинским ханом усложнялись тем, что своеобразным буфером между Россией и его территориями были земли туркменских племен — т.н. Вольная Туркмения, часть из них формально признавала подданство России, часть — подданство Хивы. Несмотря на разгром хивинских войск и признание ханом протектората России в 1873 г., ряд туркменских группировок отказался принимать навязываемые российским правительством административные преобразования. Туркмены составляли наиболее боеспособную часть хивинского войска и, по признанию даже российских военных чинов, были непобедимы в рукопашной схватке — победы над ними осуществлялись только при помощи огнестрельного оружия, преимущество в обладании которым как в количественном, так и в качественном отношении было у России. Именно это продемонстрировал известный случай героической обороны туркменами из племени теке крепости Гёк-Тепе. Здесь переброшенные с Балкан российские войска, герои Шипки и Плевны, побеждавшие османскую регулярную пехоту, ничего не смогли сделать против туркменских ополчений. Во время одной из вылазок туркменам даже удалось захватить российское знамя. Только отдав приказ не вступать в рукопашную и используя натиск артиллерии, в которой российская армия и в этот раз имела преимущество, имперское командование сумело подавить героическое сопротивление туркмен. Из текинцев впоследствии была сформирована на добровольческой основе особая элитная военная часть в составе российских войск — Текинский полк, бывший личным конвоем известного военачальника Л.Г. Корнилова.
В целом российское правительство ограничивалось на этих территориях организацией военной колониальной администрации (в частности, было введено разделение на волости и уезды с соответствующим чиновничьим аппаратом), сохранив, в сущности, традиционный уклад. Местное население было освобождено от воинской повинности. Вместе с тем здесь основывались отдельные торговые фактории и промышленные предприятия, что опосредовало переселение сюда представителей русскоязычной культуры. Однако непосредственного вмешательства и радикальных попыток изменить быт населения этих территорий, кроме ликвидации некоторых социальных институтов, не предпринималось. Были, например, ограничены в правах шариатские суды.
В действительности генерал-губернатор К.П. фон Кауфман (1867—1882) считал, что мусульманская культура, казавшаяся ему примитивной, была уже изначально обречена на вымирание, и поэтому, по его мнению, достаточно было просто предоставить ее самой себе и ждать, не вмешиваясь. При этом К.П. фон Кауфман запретил российским христианским миссиям предпринимать здесь какую-либо свою проповедническую деятельность из-за недовольства местного населения их начавшейся активностью в этом направлении. Одновременно он пресекал и попытки ОМДС каким-либо образом вмешиваться в дела местных мусульман.
Преемник К.П. фон Кауфмана, М.Г. Черняев в 1884 г. организовал специальную комиссию под председательством ташкентского кади Мухитдина с целью разработки проекта создания особого Туркестанского духовного управления. Однако в 1886 г. Черняев вышел в отставку, а из-за бюрократических сложностей весь проект был отложен.
Таким образом, если быт населения колониальными властями был почти не тронут, гораздо сложнее были их меры в сфере религиозной политики. С приходом нового правительства в Петербурге и появлением нового главы у колониальной администрации начинаются попытки глубже внедрить в жизнь населения Средней Азии российские нормы. Несмотря на то, что этот сложный процесс растянулся вплоть до 1917 г. и в итоге так и не был завершен, определенные меры по централизации механизмов управления регионом коснулись привычного уклада населения. В то же время, опасаясь влияния Османской империи, предпринимавшей попытки установить тесные контакты с мусульманскими лидерами Средней Азии, российские колониальные власти стремились децентрализовать религиозные учреждения на этих территориях и ослабить влияние религиозной элиты. Так, ограничивался прием на государственную службу лиц, окончивших медресе, ликвидированы в ряде городов должности кази-каляна и шейх-уль-ислама. Кроме того, значительные усилия российского правительства были направлены на уничтожение механизмов получения дохода с вакфов — с 1886 г. доходы с вакуфных земель были направлены в государственную казну. Так, в Самаркандской области оставлено было без рассмотрения из 1758 вакуфных документов — 94%, в Ферганской области из 5800 — 72%. К 1901 г. (за 15 лет), по официальным данным, были проверены документы в Ферганской области в четырех уездах из пяти (кроме Кокандского), в Самаркандской области — только в одном уезде из четырех — Самаркандском, в Сырдарьинской области — в одном уезде из пяти — Ташкентском. По официальным данным, в 1887 г. в Туркестанском крае были признаны 395 вакуфных документов на владение 13 023 десятинами земли.