В целом нужно сказать, что, в отличие от управления кочевыми народами, в деле налаживания администрирования на территориях оседлого населения колониальные власти имели гораздо больший успех. Достаточно гибкая политика в отношении местного уклада, видимо, была опосредована необходимостью уменьшения вероятности возникновения конфликтных ситуаций, поскольку определенные претензии на захват территорий Средней Азии имела соперничавшая с Россией Англия, пытавшаяся в то время завладеть территорией Афганистана.
Следует также отметить, что невмешательство в быт населения подразумевало также и его неучастие в политическом управлении территориями. Локальные вопросы решались на основе традиционных институтов, но в целом власть была в руках царских чиновников, непонимание местной культуры которыми в совокупности со злоупотреблениями своим статусом достаточно часто приводили к значительным волнениям в той или иной местности. Так, можно отметить волнения в Ташкентском уезде на реке Карасу (1872 г.), выступления дехкан в Андижанском и Маргиланском уездах (1885 г.), так называемый «холерный бунт» в Ташкенте (1892 г.), волнения в Кокандском и Наманганском уездах (1893 г.) и события в Андижане (1898 г.), наиболее всего продемонстрировавшие религиозное оформление народных выступлений против колониальных властей. При этом определенное влияние на подъем таких тенденций стремилась оказать Османская империя, правительство которой, засылая сюда своих агентов, акцентировало внимание на общности культуры, языка и религии тюркоязычных народов. С другой стороны, в 1900 г. российским правительством был снят запрет на паломничество в Мекку для мусульман Российской империи, в том числе из Средней Азии.
Нужно отметить, что после Андижанского восстания 1898 г. новую актуальность получил вопрос о создании в регионе особого духовного управления, однако после небольшого периода активности российских чиновников к началу XX в. их интерес к этому вопросу был утрачен.
В действительности, эти аспекты могут быть отнесены скорее к вопросам внешней политики России, поэтому наиболее важным кажется сосредоточение внимания на жизни собственно российских мусульман.
Заслуживает интереса другой момент. Татарский фактор во внутренней политике Российской империи в Средней Азии в начале XX в., по мнению большинства чиновников и экспертов, представлял потенциальную опасность в деле дальнейшего экономического и гуманитарного освоения среднеазиатских территорий. Сыграв важную роль на первоначальном этапе продвижения России в Казахскую степь, Среднюю Азию, с конца XIX в. усиление влияния татар-мусульман в этом регионе стало считаться нежелательным, а их религиозная и просветительская деятельность признавалась вредной.
Правительство на законодательном уровне пыталось ограничивать экономическую деятельность татар в Средней Азии. Они не могли приобретать здесь движимое и недвижимое имущество, покупать и арендовать землю. Еще более значительная угроза виделась в просветительской деятельности татарской интеллигенции, принесшей в регион идеи джадидизма (см. след. главу).
В конце XIX в. в Ташкенте действовали татарская мечеть и медресе. В 1904 г. Сахибом Еникеевым был создан татарский театр. Значительную работу проводили татары в налаживании местной периодической печати. Дальнейшее увеличение татарской общины в Средней Азии, по мнению правительства и ряда депутатов Государственной думы, могло составить конкуренцию государственной политике переселения русских крестьян.