В июле 1810 г. императором Александром I было создано Главное управление духовных дел разных (иностранных) исповеданий, в функции которого входил также и надзор за мусульманами. С 1817 по 1824 г. оно было под юрисдикцией Министерства духовных дел и народного просвещения, значась как Департамент духовных дел. В 1824—1832 гг. оно именовалось Главным управлением духовных дел иностранных исповеданий, затем отсюда выделился самостоятельный Департамент духовных дел иностранных исповеданий. Уже в 1831 г. вводится процедура судебной присяги для мусульман, имевшей отдельно разработанный текст и осуществляемой на Коране. Согласно принятому в 1836 г. уставу Департамента духовных дел иностранных исповеданий муфтий должен был избираться самими представителями мусульманской общины, но на деле он назначался царским указом.
Следует также отметить, что мусульманское духовенство Крыма продолжало сохранять свою автономию. Согласно соответствующему Положению 23 декабря 1831 г. был утвержден штат Таврического магометанского духовного правления, а также расширены подведомственные ему территории — кроме собственно Крыма, его полномочия распространились на «западные губернии», располагавшиеся на территории современных Литвы, Белоруссии, Польши и Западной Украины. Иначе говоря, ему подчинялись польско-литовские татары, проживавшие на стыке границ современных Польши, Литвы и Беларуси с XIV в. Немногочисленное население, потерявшее к тому времени язык, имело высокий социальный статус, состоя в дворянском (шляхетском) сословии и, как следствие этого, имея высокий образовательный уровень. Два последних условия сыграли ключевую роль в исключительной роли этой немногочисленной этноконфессиональной группы в дальнейшей истории ислама в России. Из представителей из этой же группы с 1803 г. формировался Лейб-гвардии Уланский полк.
В первой половине XIX в. в Российской империи с подачи министра народного просвещения графа С.С. Уварова при Николае I оформляется своеобразная концепция гражданства — так называемая «теория официальной народности», в основе которой лежал лозунг «православие, самодержавие, народность» (1833 г.). Это не означало возвращения к насильственной христианизации, но фактически создавало новую шкалу для социальной стратификации общества. Принадлежность к православию рассматривалась в качестве основного маркера полноправного члена общества, для которого в рамках его сословия были открыты все направления социальной мобильности. Таким образом, лица, не принадлежавшие к православной конфессии, были ограничены в возможностях социального роста в масштабах государства. Это, однако, не мешало представителям других религий добиваться значительных успехов в тех сферах, где их вероисповедание позволяло чувствовать себя монополистами или, по крайней мере, не было препятствием для улучшения своего положения. Многие мусульмане активно занимались торговлей, одновременно помогая при помощи вырученных средств развитию исламского образования — они создавали благотворительные общества, выделяли деньги на строительство и ремонт мечетей, медресе.
В 1849 г. последовала попытка прокурора Святейшего синода повлиять на императора с целью прекращения печатания Корана, поскольку, по его мнению, распространение книги способствовало возвращению к исламу множества крещеных татар. Однако специально созданная комиссия, во-первых, не установила связи между этими двумя явлениями, во-вторых, поскольку продажа экземпляров Корана в государства Средней Азии (Хиву, Бухару, Коканд) приносила большой доход в казну, к тому же российская продукция в этой сфере вытесняла конкурирующих англичан, поэтому просьба синодского прокурора была отклонена.
С того же 1850 г., еще при Николае I, мусульмане, служившие в российской армии, приводились к воинской присяге, для которой был составлен отдельный текст (переводившийся также на национальные языки, включая и арабский), на Коране, при участии муллы. В 1854—1855 гг. в отдельных военных подразделениях, где служили мусульмане, вводятся штатные должности военных мулл «для исправления духовных треб, а также для приведения к присяге нижних чинов из Магометан». При Александре II, в 1857 г., был принят составленный еще при его предшественнике «Устав духовных дел иностранных исповеданий», значительное внимание уделивший исламу. Как уже было сказано выше, в конце XIX в., в 1872 г., в России создаются два «Духовных собрания по заведованию лицами магометанской веры», в сущности, муфтияты регионального характера, на Южном Кавказе, суннитское и шиитское, размещенные в Тифлисе, просуществовавшие до 1917 г. Они также находились в ведомстве Министерства внутренних дел. При этом по-прежнему председатели (муфтий в первом случае и шейх-уль-ислам во втором) не избирались из членов общины, а назначались указом императора. Согласно постановлению Государственного совета 1887 г., мусульмане были «свободны в отправлении своего культа при условии, что это не будет вредить православной церкви».