В советском правительстве — Совете народных комиссаров — был создан Народный комиссариат по делам национальностей (Наркомнац) во главе с И.В. Сталиным, который рассматривал и религиозные вопросы. Структурно он представлял собой объединение национальных комиссариатов, каждый во главе с руководителем своей же национальности. Руководители каждого из комиссариатов, входивших в Наркомнац, считались послами, представлявшими в Москве национальные интересы своих народов. Советские руководители считали, что национальными делами должна управлять та же нация, т.к. они лучше ориентируются в своих внутренних проблемах, при жестком контроле центрального Наркомнаца.
В последний период своего существования в Наркомнаце появились и функциональные управления — сельского хозяйства, труда, образования, армии, прессы, социального обеспечения и даже лесничества. Все эти действия свидетельствовали о том, что Наркомнац проявил себя твердым сторонником централизации: сначала собирал обломки Российской империи, а затем и возвращал их в новое государство, созданное 30 декабря 1922 г., — СССР. В итоге Наркомнац был упразднен после создания Совета Национальностей в первой половине 1923 г.
В период первых лет существования советской власти формировался динамичный механизм управления национальными и религиозными процессами. В центре и на местах создавались национальные секции, отделы, комиссии, издательства, библиотеки, клубы национальных меньшинств. Стали издаваться национальные журналы: «Жизнь национальностей», «Революция и национальности».
Одновременно события октября 1917 г., связанные с ликвидацией Временного правительства и самовольным захватом власти большевиками, кардинально изменили ситуацию, теперь полностью предоставив мусульман самим себе. Многие идеалистически настроенные представители мусульманской интеллигенции начали непосредственное сотрудничество с ними. В то же время Национальное собрание (Миллет меджлисе) отказалось признавать советскую власть, так как его лидеры считали законным только Всероссийское Учредительное собрание, однако внутри самого руководства автономии продолжали нарастать противоречия. 15 (28) ноября 1917 г. в одностороннем порядке была провозглашена автономия Башкурдистана во главе с Шарифом Манатовым (1887—1936) и Ахмет-Заки Валидовым, который был его заместителем. При правительстве автономной Башкирии (Малой Башкирии) в декабре 1917 г. был создан Башкирский муфтият, отделившийся от ЦДУМ, который, однако, не признал этого раскола. На пост муфтия были приглашен Ризаэтдин Фахретдин, но он отказался и в 1918 г. занял пост казыя ЦДУМ, на который был избран еще в мае 1917 г. Тогда ДУМ Башкирии возглавил имам Сагит Мрясов (1880—1932).
Разгон 6 января 1918 г. большевиками Учредительного собрания, членами которого также были многие представители мусульман, похоронил все надежды на возможность мирного диалога внутри страны. Однако 7 января Национальное собрание (Миллет меджлисе) приняло резолюцию о создании штата Идель-Урал в качестве субъекта Российской Федеративной Республики, провозглашенной Всероссийским Учредительным собранием.
В это же время состоявшийся III Всероссийский съезд Советов провозгласил «Декларацию прав трудящихся и эксплуатируемого народа», которая стала основой будущей Первой Конституции РСФСР, принятой 10 июля 1918 г. По этой Декларации Россия провозглашалась Советской Российской Республикой, которая учреждалась как федерация национальных республик.
23 января 1918 г. вышел декрет СНК «Об отделении церкви от государства и школы от церкви». По нему все религиозные организации на территории советской России объявлялись частными обществами, школа провозглашалась светской, в официальных документах всякое упоминание о религиозной принадлежности отменялось. Запрещались принудительные сборы в пользу религиозных обществ, но при этом здания и предметы культа, предназначенные для богослужебных целей, отдавались в бессрочное пользование религиозным обществам.
В мусульманских регионах России происходили процессы, которые были различны, но объединяло их желание найти какие-либо формы самоорганизации для последующего существования. Во многом это было вызвано слабостью центральной власти. В Среднем Поволжье уже с мая 1917 г. часть социалистов выступала с идеей автономии в составе России. Эти идеи всецело поддерживали татарское и башкирское мусульманское население. После Первого Всероссийского мусульманского съезда в мае 1917 г., летом этого же года, практически все мусульманские народы России провели свои съезды, которые были проникнуты ярко выраженным религиозным духом. Исключение здесь составили казахи, которые создали совет «Алаш Орда», где националистические идеи перекрывали религиозные мотивы.