Поэтому не случайно, что советское руководство видело решение проблем мусульманских регионов исключительно на основе ислама. 17 января 1918 г. большевики создали Комиссариат по делам мусульман в составе Наркомнаца. Лидер Всероссийского Милли шуро Ахмед Цаликов отказался возглавить его и председателем Мускома стал лидер Мусульманского Социалистического Комитета Мулланур Вахитов из Казани. В его задачи входило создание отделений в регионах с преобладанием мусульман. Однако первоначально возникающие в этих регионах национальные правительства поддержали противников большевиков.
Исходя из этого, Советская Россия с начала 1918 г. изменила тактику в отношении национальных правительств и повела с ними борьбу. Основное внимание было обращено на низы национальных образований с преобладанием мусульманского населения. Среди них стали провоцировать появление недовольства и искать сторонников большевистского пути развития. В марте 1918 г. была провозглашена Татаро-Башкирская Советская Республика в составе Российской Советской Федерации, в которую предполагалось вхождение чувашей и марийцев. Однако лидеры большевиков в центре и на местах сразу же выступили против нее. В итоге, несмотря на подготовительную работу, Татаро-Башкирская Советская Республика не была создана. Причины этой первой неудачи советской власти в мусульманских регионах страны имеют три основные причины. Во-первых, нежелание народов Среднего Поволжья и Приуралья объединяться в одну республику по причине различного уровня развития, и поэтому ставящих перед собой различные задачи. Во-вторых, непрочность власти большевиков в стране как минимум до конца 1919 г. и непопулярность их идей и лозунгов. В-третьих, нетерпимое отношение советских эмиссаров к мусульманской религии, которая оказывала большее воздействие на население, чем православная церковь. Ислам представлял собой институт социальный, правовой и политический, который регулировал почти все аспекты повседневной жизни. Кроме того, представители советской власти в данных регионах, как правило, были выходцами из Центральной России, которые до этого никогда не сталкивались с мусульманами.
В феврале 1918 г. сторонники большевиков созвали съезд Советов Поволжья и Южного Урала, поставив задачу провозгласить в регионе свою власть, ликвидировав автономии. 26 февраля Казанский Совет провозгласил создание Казанской советской республики. 28 февраля сторонники большевиков арестовали ряд руководителей Харби шуро и участников Второго Всероссийского мусульманского военного съезда, проходившего в то время в Казани. Вскоре они были освобождены. Целью большевиков было не допустить создания штата Идель-Урал, которое намечалось всеми мусульманскими организациями на 1 марта 1918 г.
Одновременно после занятия в январе 1918 г. большевиками Оренбурга было объявлено о ликвидации автономии Башкурдистана. Руководство ее было арестовано, в том числе А. Валидов, которому все же удалось бежать.
В апреле 1918 г. представители Милли идарэ и Центрального духовного управления мусульман Внутренней России и Сибири в лице С. Максуди и Г. Баруди направились к советскому руководству, но это ни к чему не привело. Попытки встречи Г. Исхаки и Г. Баруди с адмиралом А.В. Колчаком, в ноябре провозглашенным «верховным правителем России», тоже не вызвали положительных эмоций, поскольку его позиция была принципиальной и озвучена жестко: никаких прав мусульманам предоставлено быть не должно и ни о каких автономиях в будущей России, которую он видел «единой и неделимой», речи тоже идти не могло.
Принципиальность лидеров контрреволюционного движения и расчетливость большевиков во многих регионах привели к тому результату, что симпатии большинства мусульман оказались на стороне последних, если только они не имели возможности вовсе создать собственное государство, как получилось в мае 1918 г. в Азербайджане.
Поэтому с конца 1919 г. политика национальных правительств Поволжья меняется в сторону лояльности советской власти. Практически национальные правительства выбирали из двух зол меньшее, которое виделось им в лице большевиков и их идей социальной революции и всеобщего равенства. Они категорически не соглашались на замыслы противников большевиков, которые выступали с уже известными им идеями единой и неделимой России без каких-либо национальных автономий.