В конце октября 1926 г. в Уфе состоялся Третий Всероссийский съезд мусульманского духовенства. Помимо того, что собрание было малочисленно, большая часть поднятых здесь вопросов была сочтена советскими органами безопасности «нежелательными» для разработки. Здесь муфтием и председателем был переизбран Р. Фахретдин, его заместителем избран К. Тарджемани.
Резкая смена курса правительства во второй половине 20-х годов XX в. ознаменовала попытки насаждения единой схемы социалистического общества, создания универсального механизма управления на местах, борьбу с религией, отражавшуюся в упразднении мухтасибатов, закрытии религиозных учебных заведений, разрушении мечетей, конфискации земель, уничтожении богословской литературы, арестах и казнях мусульманских учителей и духовных лиц как «контрреволюционных элементов». В 1927 г. были ликвидированы шариатские и адатские суды, конфискованы вакфы, которые существовали на Северном и Южном Кавказе, в Казахстане и в Средней Азии. С февраля 1929 г. после соответствующего постановления ЦК ВКП (б) начинается активная фаза борьбы с религиозными организациями, позиционируемыми как контрреволюционные силы. Коран попадает в список запрещенных книг, начинается массовое изъятие экземпляров изданий из библиотек. С конца 20-х годов начинаются массовые аресты мусульманского духовенства, особенно в тех регионах, где они выступали сторонниками сохранения мусульманского права. Так, в Дагестане в 1930—1933 гг. были репрессированы 1212 религиозных деятелей.
А. Валидов, бывший в это время в эмиграции, еще в 1925 г. писал многим мусульманским деятелям, бывшим соратникам и соперникам, призывая их раскрыть глаза — он предсказывал, что советская власть будет стремиться стереть память народов об их прошлом и через социализм опять насаждать русоцентризм.
В Средней Азии ситуация усложнялась ввиду продолжающегося сопротивления басмаческого движения и одновременно развития в середине 20-х годов движения так называемых прогрессистов — представителей мусульманского духовенства, сторонников продолжения курса джадидистов, направленного фактически на национальное развитие и освобождение. Они приобретали в массах широкую популярность. Идеологически им противостояло консервативно настроенное духовенство, объединившееся в организацию «Махкаме-и Шарийа» (Совет правоведения). В городах прогрессисты распространяли свое влияние на духовенство, организовывавшее собственные областные Духовные управления, которых к 1927 г. насчитывалось несколько: в Ташкенте, Самарканде, Коканде, Андижане, Намангане, Маргелане, Старой Бухаре, Хиве, Оше и др. ОГПУ явно утрачивало влияние на марионеточное Ташкентское Духовное управление, в то время как остальные продолжали активно открывать школы и принимать учащихся в медресе, что беспокоило Москву, однако, в докладе полномочного представителя ОГПУ в Средней Азии от 4 июня 1927 г. констатировалось, что «в аул» влияние духовных управлений глубоко не проникает. Одновременно их беспокоили попытки ЦДУМ распространить здесь свое влияние, выражающееся, в частности, в открытии мухтасибатов.
В конце 1920-х гг. многим народам, в том числе мусульманским, была навязана система письменности, основанная на латинице (затем заменена на кириллицу), несмотря на возражения общественных деятелей, выступавших за сохранение исторически сложившихся в этих культурах систем письма (у мусульманских народов — преимущественно, арабица). Для ряда республик, в составе которых было множество этнических групп, был объявлен официальный «литературный» язык, назначенный попросту из какого-либо одного из множества диалектов, равноправно бытовавших в языковой среде этих народов. При этом нередко выбирались диалекты, наиболее далеко отстоящие от других родственных языков, например, для башкирского — говоры челябинских и курганских башкир (не вошедших в БАССР), наиболее далекие от татарского, впрочем, в других случаях ситуация была не лучше. Это повлекло не только начало искусственного отдаления родственных народов, таких как, например, тюркские, но и утрату мусульманской образованности, предполагавшей владение арабицей.
Во второй половине 20-х годов XX в. создаются еще две организации, которые имели своей целью влияние на умы и настроения верующих. В 1927 г. создается «Общество развития и распространения идей кремации в РСФСР». С 1932 г. оно стало называться Всероссийское кремационное общество. Одной из основ, как христианства, так и ислама, является ритуал погребения усопшего в землю. Кремация же предполагала полное уничтожение умершего в огне и превращение его в пепел. В качестве крематориев предлагалось использовать церкви и мечети. Советская власть решала введением кремации сразу две задачи. Первая — не просто закрытие культовых зданий, но и практическое их осквернение через проведение в них кремационных мероприятий. Вторая — наглядный пример нерелигиозного подхода к одной из главных инициаций — концу земной жизни человека. Второй организацией стал возникший 1 июля 1925 г. в городе Теплице (Чехословакия) «Интернационал пролетарских свободомыслящих», который включал и представителей СССР. Его задачей являлось проведение массовой атеистической работы среди молодежи и трудового населения как на Западе, так и на Востоке.