Отношение к религии в СССР изменилось после проведения второго съезда Союза безбожников в 1929 г. 14 февраля 1929 г. по итогам съезда был издан Проект резолюции Политбюро ЦК ВКП (б) за подписью секретаря ЦК Л.М. Кагановича «О работе антирелигиозной комиссии ЦК и циркулярные письма о мерах по усилению антирелигиозной работы». В отношении мусульманских регионов отмечалось, что борьба с религиозным влиянием часто ведется неправильно, указывалось на недопустимость административного запрещения исполнения религиозных обрядов мусульман без серьезной общественной надобности и без необходимой подготовки общественного мнения населения. Запрещалось закрывать мухтасибаты, как единственно легально действующие очаги религиозной жизни. Власти опасались, что после их ликвидации вся религиозная жизнь перейдет на нелегальное положение и бороться с этим будет еще труднее. В документе религиозные организации (подразумеваются, например, мутаваллиаты или церковные приходы) открыто называются «легально действующими контрреволюционными организациями, имеющими влияние на массы».
В этом же документе указывается на то, что протестантские организации являются сектами, а все католики связаны с западными спецслужбами и борются против СССР. Поэтому в отношении них предлагался полный запрет и ликвидация. В этих условиях в середине 30-х годов самораспустился ДУМ Крыма, было уничтожено Башкирское Духовное управление. К началу войны с Германией в СССР на легальном положении, среди официальных религиозных организаций, остались только православный Московский патриархат, Обновленческая (сторонники реформации православной церкви) православная российская церковь (в период 1925—1943 гг. — Поместная российская православная церковь) и мусульманское ЦДУМ. Все остальные религиозные направления и течения были запрещены.
В этот же период издаются два документа, которые регламентировали жизнь верующих в СССР до периода его распада: постановление ВЦИК и СНК РСФСР от 8 апреля 1929 г. и «О религиозных объединениях» от 16 января 1931 г. От этого же дня — инструкция ВЦИК «О порядке проведения в жизнь законодательства о культах». В них выделялось шесть основных положений:
1. Есть два вида религиозных объединений: свыше 20 верующих и менее 20.
2. Обязательная их регистрация в ЦИКах и горсоветах. Для регистрации нужна заявка не менее чем от 20 человек.
3. Верующие берут на себя ответственность за содержание и охрану культового здания, а также оплату налогов.
4. Всякое публичное отправление культа законодательно запрещено за исключением похорон на кладбище и шествий в ограде культового здания в дни больших религиозных праздников. Другие публичные шествия требуют своего согласования.
5. Служители культа рассматриваются законом как наемные лица данного религиозного общества и не входят в состав правления. Район их действия устанавливается при регистрации.
6. Религиозные общества не пользуются правами юридического лица и не могут заниматься другого рода деятельностью, кроме отправления культа.
Ужесточение отношения к религии на законодательном уровне вызвало еще большее рвение на местах в искоренении религиозных чувств. Муфтий Р. Фахретдин в своих письмах к Председателю ВЦИК СССР М.И. Калинину, датированных началом 30-х годов XX в., отмечает эти проявления. Наиболее часто встречающиеся: поголовное изъятие мечетей у верующих под различные нужды, налоги на духовенство, которые не соответствуют их фактическим доходам. Духовные лица, вне зависимости от размера их хозяйства, были раскулачены и под разными предлогами лишены свободы или высланы, имущество их конфисковано, семейства выселены из домов на улицу зимой и оставлены без всяких продуктов питания. В итоге многие их дети отмораживают себе ноги. Такое поголовно происходило в Татарской и Башкирской АССР. В этих же республиках во время сбора железного лома, тряпья и утильсырья по деревням у мулл и верующих забирали Коран и другие религиозные книги. Запрещались пятничные молитвы и соблюдение поста в месяц Рамазан. Служители правопорядка в это время обходили дома верующих и накладывали штрафы на соблюдающих этот обряд.