Одной из основных обязанностей комиссии являлось рассмотрение жалоб и прием ходоков с мест. В 1936—1937 гг. по мусульманским регионам самое большое количество жалоб пришло из Татарской АССР: 1936 г. — 91, 1937 г. — 115. По Оренбургской области соответственно 60 и 110, Башкирской АССР — 90 и 79, Казахской ССР — 55 и 38, Киргизской ССР — 0 и 10, Дагестанской АССР — 0 и 40, Таджикской ССР — 0 и 5, Туркменской ССР — 0 и 2, Узбекской ССР — 0 и 2. Всего в комиссию за 1937 г. со всего ССР поступило 8679 жалоб и принято 2637 ходоков.
Характер письменных и устных (от ходоков) жалоб по мусульманским регионам (по мере убывания на 1937 г.) был следующий: на закрытие молитвенных зданий; на временное изъятие молитвенных зданий; жалобы служителей культа на обложение налогами (включая культурный сбор); на привлечение к поставкам, заявления на освобождение от поставок по старости; на неправильное обложение налогами молитвенных зданий (страховые платежи, налог со строения, земельная рента); на закрытие кладбищ, на бесхозяйственное состояние их, на снос надмогильных памятников, на снос оград около культовых зданий); на неправильную регистрацию или отказ в регистрации служителей культа и религиозных обществ; изъятие сторожек около мечетей; штрафы на религиозные общества и служителей культа. Также были ходатайства об открытии молитвенных зданий.
На какие цели изымались мечети (по мере убывания): под школы, на снос, под клубы, кинопрокаты, кино, пионерские клубы, больницы, театры, музеи, детские ясли, библиотеки, архивохранилища, спортклубы, техникум, родильные дома, электростанции, общежития, мастерские, водонапорные башни, красные уголки, под культпросвет на цели без точного назначения, для использования по согласованию с Комитетом по охране памятников.
Комиссия по культам разбирала и действия советских и партийных работников, которые в той или иной мере способствовали сохранению действующих мечетей. Бывший председатель ЦИК Татарской АССР Г.Г. Байчурин не разрешал работникам Комиссии по культам Татарского ЦИКа отправку в Москву докладных записок и материалов о состоянии религиозного движения и о практике проведения в жизнь законодательства о культах в Татарской АССР. Будучи ответственным работником аппарата республиканского парткома Татарской АССР, Байчурин при ликвидации мечетей давал установки по запрещению снимать минареты, объясняя это тем, что местные плотники не сумеют хорошо заделать отверстия в крыше… Второй секретарь Татарского ОК ВКП (б) Г.М. Мухаметзянов у себя на родине в селе Татарская Бездна на собраниях колхозников под предлогом того, что Конституция 1936 г. предоставила избирательные права служителям культа, проводил на них выборы мулл.
Но бывало, комиссия по культам нередко по рассмотрении жалоб и отказывала в закрытии мечетей. Это касалось, как правило, четырех причин: закрытие мечетей без установленного законом порядка, когда нет постановления Президиума ОблИКа или ЦИК АССР или ССР; нет объявления о закрытии, верующим не дается положенного времени на обжалование решения в ЦИК республики; закрывали, не дождавшись решения по жалобе верующих; закрытие за ветхостью. В последнем случае религиозному обществу давался преувеличенный план по ремонту и нереальные сроки его выполнения. При этом сборы денег на ремонт культовых зданий запрещали. Закрытие мечетей по причине «эпидемий». Обычно это делалось только по отношению к культовому зданию и перед большими религиозными праздниками без объявления карантина в районе. Изъятие культовых зданий под ссыпку зерна, когда не хватало мест для его хранения. Свои действия комиссия по культам объясняла отсутствием массовой разъяснительной работы среди населения на местах и желание местного руководства быстрее отрапортовать о выполнении положений об антирелигиозной работе во вверенном им регионе.
В двух случаях по жалобам верующих комиссия всегда запрещала закрывать мечети: дальность расстояния до ближайшего действующего религиозного храма (расстояние колебалось от 10 до 30 км) и последнее открытое молитвенное здание в районе.
Подобные комиссии по культам были созданы во всех ССР, кроме Таджикской ССР. В Азербайджанской ССР такая комиссия установила завышенную норму для создания религиозного общества — 50 человек. В других регионах страны эта цифра колебалась от 10 до 20 человек. Комиссия по культам в Узбекской ССР пошла дальше всех. В республике насчитывалось 3457 закрытых мечетей, которые вообще никак не использовались. Особенно много таких закрытых мечетей было в Андижане и Маргелане. В Шарабадском районе Узбекской ССР были закрыты все (101) мечети. Такого не было в тот период ни в одном другом регионе СССР.