Понятно, что в этих условиях не могло идти речи ни о каком религиозном образовании и углубленном изучении вопросов богословия, кроме как тайно, в совершенном сокрытии и конспирации от широкой общественности и, тем более, властей. На официальном же уровне даже Коран исследовался лишь как источник по социальной истории и, разумеется, в рамках заданной схемы. Исключение составлял возрожденный в 1944 г. Восточный факультет Ленинградского государственного университета, где Коран изучался как литературный памятник арабского языка, что являлось предметом особой гордости представителей этой школы арабистики.
Учитывая опыт утраты влияния ЦДУМ и высокий авторитет Э. Бабахана, бывшего в состоянии мобилизовать мусульманское население Средней Азии, Среднеазиатское Духовное управление (САДУМ) неофициально рассматривалось правительством как наиболее значительное, хотя, разумеется, все они были автономны по отношению друг к другу и имели собственную юрисдикцию. В 1945—1946 гг. обсуждался проект «единого религиозно-административного центра» советских мусульман на основе САДУМ, когда председатели основных ДУМ были бы лишь его заместителями на местах. Это могло облегчить как внутреннюю координацию, так и более активное участие мусульман в советской внешней политике. Однако на деле такая мера по поддержке мусульман советским руководством, как показывает указание, данное в 1948 г. Советом Министров СССР Совету по делам религиозных культов (СДРК), задумывалась в рамках охлаждений отношений с Израилем, что вытекает из самого этого документа, где также говорится о запрете создания всесоюзного центра иудеев.
К тому же, несмотря на поддержку инициативы по созданию единой организации мусульман СССР представителями ДУМов, анализ ситуации, проведенный комиссией СМК, показал, что в действительности значительная часть мусульман Казахстана и Средней Азии также достаточно формально подчиняется САДУМ и, в общем-то, им не контролируется. Кроме того, эта идея объединения натолкнулась на сопротивление местных властей. Например, еще в том же 1944 г. из Таджикистана поступило предложение учесть различия между суннитами и шиитами и создать два управления — соответственно с центрами в Ташкенте и в Баку. В итоге Совет Министров СССР решил отложить эту меру.
Возглавлявший с 1936 г. Центральное духовное управление мусульман Внутренней России и Сибири в Уфе, переименованное теперь в Духовное управление мусульман европейской части СССР и Сибири муфтий Г. Расулев также начал предпринимать усилия для получения у правительства разрешения на открытие медресе, курсов и мечетей. В большом масштабе этого осуществить не удалось, но некоторых уступок от советской власти в этом направлении он добился. Сам Г. Расулев ежегодно публиковал мусульманские лунные календари (на арабском шрифте), а в 1945 г. даже издал свое религиозное пособие «Ислам дине» («Религия Ислама»). В 1945 гг. Расулев вместе с муфтием САДУМ Эшоном Бабаханом и еще с 15 паломниками-имамами впервые за многие годы совершил хадж. Однако его ходатайство властям об открытии богословских курсов в марте 1946 г. не было удовлетворено. Между тем известно, что сразу после войны И.В. Сталин одобрил инициативу мусульман-ветеранов по строительству двух мечетей — в г. Ишимбае в Башкортостане и на хуторе Миасский (район Челябинска). Бывший имам мечети хутора Миасский Файзихан Мавлявиев считается последним татарским Коран-хафизом из числа воспитанных еще в рамках дореволюционной системы исламского образования.