После победы при Саграхасе Альморавиды вернулись в Африку, но с 1090 г. начали активную военную кампанию по подчинению тайф аль-Андалуса. Первой покорилась в 1091 г. Севилья, затем Бадахос. Мусульманские земли полуострова вновь стали единым государством. Основной чертой этого периода было усиление позиции той части исламского общества, которая ратовала за строгую религиозность и была враждебно настроена ко всем иноконфессиональным общинам, что привело к преследованию мосарабов и иудеев. Альморавиды начали чеканить собственную монету, снизили налоги для того, чтобы добиться поддержки своей власти. С точки зрения развития интеллектуальной культуры это был менее благоприятный период, чем время тайф.
Одной из главных целей альморавидов, безусловно, было возвращение Толедо. И хотя им не удалось ее достичь, они смогли нанести еще несколько крупных поражений Альфонсо VI — в 1097 г. при Консуэгре и в 1108 г. при Уклесе. В последнем сражении погиб единственный сын Альфонсо VI, что стало тяжким ударом для короля. Он умер спустя несколько месяцев после битвы при Уклесе. Это военное противостояние привело к потере христианами нескольких важных пунктов. Немного иначе развивались события, связанные с фигурой Родриго Диаса де Вивар. После изгнания он становился вассалом того господина, который был щедрее, и это в конце концов привело его на службу к правителю Сарагосы. В 1094 г. Сид захватил Валенсию. Город стал центром его владений, которые представляли собой, по сути, феодальное княжество. Родриго Диас де Вивар правил Валенсией до своей смерти в 1099 г. и отбил несколько атак Альморавидов, продемонстрировав свои исключительные способности военачальника. Вдова Сида донья Химена смогла удерживать Валенсию до 1102 г., но все же в конце концов город был завоеван Альморавидами.
Успехи Арагона и Каталонии
Политические центры христиан на востоке полуострова также завладели инициативой в противостоянии с мусульманами, однако их успехи до конца XI в. были не столь заметными, как у Леоно-Кастильского королевства. Хуже всего складывалась ситуация для королевства Памплона. Гарсия Санчес III, наследник Санчо III Великого, погиб в сражении при Атапуэрке в 1054 г. с войсками своего брата Фернандо I. Королевство потеряло область Буреба, отошедшую к Кастилии. Санчо IV, о правлении которого очень мало что известно, стал жертвой заговора знати и был убит в Пеньялене в 1076 г. В результате королем Памплоны был провозглашен Санчо Рамирес, правитель Арагона.
На востоке Испании именно Арагон добился значительного увеличения своей территории. Это графство превратилось в королевство при сыне Санчо III Великого, Рамиро I (1035–1063). В 1044 г. он смог присоединить в качестве наследства владения своего сводного брата Гонсало — графства Собрарбе и Рибагорсу. В горах Гуара он также учредил несколько владений, которые должны были оборонять южные границы Арагона. Наконец он собрал войско для похода против Сарагосы, но кампания оказалась неудачной — в битве при Граусе христиане потерпели поражение, а Рамиро I погиб. Его наследник, король Санчо Рамирес (1063–1094), начал свое правление с похода на крепость Барбастро. При этом он обратился за помощью к рыцарству французских земель, которые принимали участие в этой кампании под знаменем креста, получив благословение папского престола. Барбастро был взят в 1064 г., однако мусульмане довольно быстро его вновь отвоевали. В 1076 г. Санчо Рамирес провозгласил себя королем Памплоны. Арагон и Наварра вновь объединились, но в отличие от предыдущей унии теперь главенствующую роль играли арагонские правители. Наиболее значительных военных успехов Санчо Рамирес добился в конце своего правления, заняв крепости Граус (1083), Аргуэдас (1084), Монсон (1089) и Монтеарагон (1091). При попытке завоевать Туделу он потерпел поражение. Новый король Арагона Педро I (1094–1104) продолжил продвижение на юг. Победив мусульман в битве при Алькорасе, он занял Уэску в 1096 г., а в 1100 г. окончательно утвердился в Барбастро. Также он захватил Болеа и замок Каласанс. Педро I иногда оказывал помощь Сиду в его военных экспедициях. Он объявил о своем намерении участвовать в крестовом походе, провозглашенном в 1095 г. папой Урбаном II, однако в итоге не осуществил его. Арагон в результате всех описанных действий занял область, которую называют Равнинная Земля (Tierra Llana), где мусульманское население оставалось в большинстве. Эта область стала объектом активной колонизации, в которой принимали участие группы свободных неблагородного происхождения и часть знати. Наиболее заселенными стали земли между реками Гальего и Синка.