В сфере судопроизводства короли осуществляли свою власть (а как известно, именно в этой области особенно отчетливо проявлялся принцип государственного суверенитета) прежде всего посредством коронного суда (cort), функции которого вплоть до середины XIV в. совпадали с функциями Королевского совета и лишь затем приобрели более четкий характер. Вначале в состав коронного суда входили несколько рикос омбрес, назначаемых королем, который являлся председателем этого присутствия, и алькальд того округа, где находился двор. Структура суда была постоянной, — имелись уже постоянные судьи на жаловании, которые стали называться придворными алькальдами(alcaldes de Code). В 1413 г. их было четверо, и все они назначались королем. Трое алькальдов представляли сословия (дворянство, духовенство и города), один алькальд являлся делегатом короля. Должностными лицами судебного ведомства на местах были мэрины и их заместители — сосмерины (sozmerinos) (в 1346 г. было пять мэринов, а в 1407 г. к ним прибавился еще один для области Олите), алькальды округов и рынков, байли, алькальды-консультанты (alcaldes de fuero) и т. п. Эти последние, назначаемые королем по предложению присяжных, должны были давать совет в сомнительных, не содержащихся в законах случаях присяжным или шести «лучшим людям». Через них разрешалось апеллировать к королю или его суду.
Система наказаний долгое время сохраняла свои прежние черты. Так, в начале XV в. еще существовали «простые доказательства» — испытания каленым железом, кипятком и т. п., так же, как и судебный поединок.
Последний применялся не только дворянами, но и крестьянами — с той лишь разницей, что крестьяне бились дубинками вместо шпаг. Весьма жестоко наказывали за ограбление, за кражу и вред, причиненный животным, в особенности же кошкам; следует отметить что животные рассматривались как существа, наделенные разумом и отвечающие за свои поступки; так, «Генеральное Фуэро» упоминает о наказаниях для собак, мулов и т. п.
Еще в XV в. сохраняется обычай (существовавший также и в других европейских государствах) налагать запрещение на погребение должника до тех пор, пока его семья не заплатит долга.
В XIV и XV вв. происходит отделение от королевского суда Королевского совета, который становится совещательным органом по общим вопросам политики и управления. Однако из одного документа 1496 г. вытекает, что совет выполнял также функции суда по апелляциям. В 1508 г. имелось два Королевских совета: так называемый большой (полный) и ординарный. Для ведения финансовых дел Карл II создал специальный орган, названный Счетной палатой (Camara de Comptos) (1364 г.), который играл большую роль в управлении. Само собой разумеется, что короли стремились не только устранять дефекты в организации государственного аппарата, но и бороться с распущенностью должностных лиц. Выше уже отмечались злоупотребления, чинимые некоторыми из них по отношению к евреям. Не меньшие злоупотребления обычно совершали мэрины при арестах и при взыскании штрафов, налогов и т. д. Карл III вынужден был опубликовать специальный указ, направленный к устранению этого зла.
В середине XV в. (1450 г.) зарождается новый орган — Генеральная Депутация Наварры (Dipulaciôn General de Navarra) с переданными ему кортесами финансово — экономическими функциями. В начале XVI в. (в 1501 г.) Депутация превращается в своего рода исполнительный комитет кортесов, состоящий из представителей трех сословий и обязанный (как и в Арагоне, Каталонии и Валенсии) следить за соблюдением законов и порядком в государственных финансах.