Фердинанд предложил Боабдилю капитулировать и передать кастильцам цитадель Альхамбру, обещая взамен (как о том свидетельствуют арабские авторы) огромные богатства и любой из андалусских городов по выбору Боабдиля. Но последний отказался принять это предложение и провозгласил священную войну против Кастилии, требуя выполнения условий договора, некогда заключенного им с Фердинандом и Изабеллой.
В мае 1490 г. кастильские войска, которым оказывало помощь множество ренегатов, осадили Гранаду. Но Фердинанд не предпринял решительных действий и даже отступил от города, оставив гарнизоны в окрестных замках.
Борьба продолжалась, и не без успеха для Боабдиля, который отбил у кастильцев несколько крепостей. Но спустя некоторое время кастильцы вернулись с новыми пополнениями. В помощи Эль Загаля Фердинанд уже не нуждался, и поэтому король предоставил ему возможность выехать с группой приближенных в Тлемсен. Кастильцы двинулись к Гранаде и в 1491 г. вступили в гранадскую долину, осадив город. Короля сопровождала Изабелла. Лагерь был разбит у селения Госко, но пожар уничтожил там все боевые шатры. Тогда король и королева приказали возвести вокруг сгоревшего лагеря стены и выкопать рвы (для стен были использованы материалы до основания разрушенного селения Госко). Этот военный городок получил название Санта-Фе («Святая вера»). Бои в окрестностях Гранады продолжались много месяцев, причем и христиане, и мавры проявляли немало героизма. Особенно отличились: у кастильцев Эрнандо Перес дель Пульгар, Гонсало де Кордова, у мавров — Тарфе и Муса.
Пульгар, прозванный «Доблестным воителем» (El dehazanas), отважился с пятнадцатью рыцарями проникнуть ночью в Гранаду и дошел до ворот мечети, к которым прибил щит с текстом Ave Maria (21 октября 1491 г.). В ответ на это Тарфа привязал этот щит к хвосту своей лошади и явился в кастильский лагерь, где и погиб в поединке с рыцарем Гарсильясо де ла Вегой. Муса однажды был окружен кастильцами; понимая, что положение его безвыходно, он бросился в реку и утонул.
В конце концов в Гранаде начался голод, и осажденные, ряды которых поредели в битвах, отчаявшись получить помощь из Африки, склонились к сдаче города (декабрь 1491 г.).
Капитуляция Гранады и ее последствия. Переговоры начались на условиях, которые в свое время были положены в основу соглашения с Эль Загалем о капитуляции Гуадиса, с добавлением особого пункта, согласно которому христианские короли должны были клятвенно гарантировать выполнение статей заключаемого договора, до передачи им Альхамбры и других укреплений. Со стороны Кастилии уполномоченными были Эрнандо де Сафра и Гонсало де Кордова.
В результате были согласованы 67 условий договора. Основные пункты его были таковы: неприкосновенность личности и имущества; предоставление маврам права свободно проживать в той местности и в тех домах, где они жили до сих пор; сохранение мусульманского культа, мечетей, неприкосновенность имущества последних и право свободного выражения — религиозных взглядов; запреты христианам входить в жилище мусульманина и совершать какие бы то ни было насилия по отношению к маврам; сохранение за маврами права назначать своих собственных правителей и судей — мусульман и евреев, ранее отправлявших общественные должности; предоставление свободы всем военнопленным; ограничение податного обложения занятом и десятиной; право каждого мавра по своей воле покинуть город и распродать без помех принадлежащее ему имущество; для тех, кто желает переселиться в Африку, право свободного распоряжения своим недвижимым имуществом с предоставлением возможности бесплатного переезда на королевских кораблях и вывоза всех своих драгоценностей; далее следовал пункт: «никто не должен принуждать лиц, принявших ислам, к переходу в христианство; буде же мусульманин изъявит желание принять христианскую веру, ему предоставят несколько дней на размышление; после чего он должен предстать перед судьями — мусульманином и христианином, и если сочтет необходимым вернуться к исламу, будет удовлетворена его воля». Кроме того, маврам предоставлялось право проезда по христианским землям, причем гарантировалась неприкосновенность их личности и имущества; они не должны были носить, подобно евреям и мудехарам, отличительные знаки; должны были уважаться, мусульманские религиозные церемонии и служители культа. Условия договора христианский король обязан был скрепить своей подписью.