Судьба мусульман в других областях полуострова была столь же тяжелой. Начиная с 1501 г., т. е. еще при жизни Изабеллы, которая весьма ревностно преследовала мудехаров, рядом указов на них наложили те же ограничения, что и на морисков Гранады, запретив им общаться между собой, а «мудехарам королевств Кастилии, Арагона, Каталонии и Валенсии» — приезжать на территорию Гранады. Наконец, 11 февраля 1502 г. предписано было изгнать всех мудехаров; мера эта не была, однако, приведена в исполнение. В свою очередь, мудехары Кастилии под давлением силы вынуждены были перейти в христианство; в лучшем положении оказались мудехары Арагона, которым Фердинанд пожаловал ряд привилегий по просьбе сеньоров. Заступничество последних объясняется тем, что в случае изгнания мудехаров феодалы теряли трудолюбивых и платежеспособных вассалов. Но еще в 1495 г. кортесы Тортосы вырвали у короля обещание, что он не будет изгонять мудехаров Каталонии. После указа 1502 г. кортесы в Барселоне (1503 г.) и в Монсоне (1510 г.) добились подобных же заверений от короля, который обещал, что мудехаров не будут крестить насильно, причем им гарантировалось свободное общение с христианами. В связи с этим Фердинанд (по просьбе герцога и герцогини Кардона, графа Рибагорсы и других знатных лиц) предписал арагонской инквизиции воздержаться от насильственного обращения мавров в христианство (грамота от 5 октября 1508 г.), обращенных же мудехаров король запретил отделять от их семей. Однако он разрешил проповеди в мавританских кварталах, которые читались с целью обращения мудехаров в христиан.
Исключение составляли мавры Теруэля и Альбаррасина, которых крестили массовым порядком. В 1502 г. Фердинанд запретил постройку новых мечетей и приказал разрушить те из них, которые были построены в обход этого постановления, что и случилось в Валенсии в 1514 г.
Мудехары Наварры, ввиду того, что это королевство входило в состав Кастилии, а не Арагона, подпали под действие указа 1502 г. Большинство из них, по-видимому, предпочло эмигрировать во Францию. В Валенсии состоялось много обращений, причем некоторые племена были крещены целиком (например, манисы до 1519 г.), но все же в валенсийской области оставалось еще много мудехаров.
В баскских провинциях с ними обошлись весьма сурово. Общественное мнение было особенно враждебным по отношению к мудехарам и евреям. В 1482 г. провинция Гипускоа добилась указа, запрещавшего проживать в ней всем обращенным маврам. А в 1511 г. в Бискайе был издан указ об изгнании мусульман и их потомков.
Изгнание евреев. Несмотря на все преследования, еврейская община оставалась сильной (и прежде всего в Кастилии), во-первых, благодаря своим богатствам, нажитым или путем крупных коммерческих операций (банки, крупные ссуды и т. д.), или производственной деятельностью, которой занимались массы еврейского населения, и, во-вторых, вследствие участия в органах управления и особенно в органах финансового ведомства (именно это участие и навлекало на евреев недоброжелательное к ним отношение со стороны народа). За год до смерти Энрике IV (1473 г.) произошла резня в еврейских кварталах в Хаэне, Андухаре, Кордове и других городах Андалусии. Как только закончилась война за престолонаследие, Изабелла и Фердинанд на кортесах в Мадригале в 1476 г. и в Толедо в 1480 г. восстановили прежние, фактически неприменявшиеся законы, по которым евреям запрещалось ношение шелковой одежды и драгоценностей, предписывалась изоляция еврейских общин в особых кварталах и не разрешались какие бы то ни было сношения с христианами. Эти меры снова подтвердились указами 1481 и 1483 гг. Достижению целей, которые преследовали подобные акты, содействовала также булла Сикста IV (от 31 мая 1484 г.), отменявшая все привилегии, данные папским престолом и вызванные необходимостью считаться с «финансовыми и лекарскими способностями» евреев. Эти привилегии препятствовали отделять евреев от христиан и запрещать евреям заниматься определенными профессиями.