Уже из первых указов королей явствует, что хотя основное внимание инквизиции направлено было на иудействующих, но в ведении оказались также еретические действия любого рода. При реформе кастильской инквизиции Сикст IV (1482 г.) ясно указал на подобное расширение ее функций, результаты которого в отношении морисков уже отмечались. Несомненно, преследование обращенных оказало влияние на положение: и на конечную судьбу евреев. И не без оснований один современный историк сказал, что «преследования инквизиции распаляли враждебные чувства к евреям и ускорили их изгнание».
Бесспорно, что рвение инквизиторов было в ряде случаев чрезмерным: и задевало невиновных, доказательством чего может служить факт возбуждения дела против самого Эрнандо де Талаверы, а также жалобы на суровость, кастильских инквизиторов, которые подавались в первые годы существования трибунала папе. Различные бреве Сикста IV (от 29 января 1482 г., 23 февраля и 2 августа 1483 г.) отмечают случаи превышения власти инквизиторами и говорят о «невинных жертвах».
Гомес Манрике, коррехидор Толедо, возмущенный тем, что раздувается чувство ненависти к обращенным, не раз выступал в их защиту, покровительствуя жителям Толедо, особенно в 1484 г., когда он просил королеву. Изабеллу заставить инквизицию отказаться от свойственного этому судилищу образа действий. Не он один протестовал против действий инквизиции, желая уменьшить вред, который причинялся ее фанатическим рвением. Так, в 1482 г. городской совет Хереса жаловался на произвольные конфискации имущества обращенных.
Несмотря на все эти протесты, количество осужденных в периоде 1481 по 1516 г. было огромным, хотя точная цифра и неизвестна. Только за те годы, когда инквизитором был Торкемада, было приговорено к смерти до 8 тыс. человек. Более осторожные и беспристрастные авторы называют цифру в 2 тыс. (за период 1480–1504 гг.), причем большая часть жертв, инквизиции осуждена была по обвинению в приверженности к иудейской, вере. В настоящее время невозможно привести точные цифры; в общем; можно считать, что осужденных было много и среди них немало приговоренных к смерти, судя по достоверным данным процессов или дошедшим, до нас сведениям. Так, в Авиле за 1490–1500 гг. было сожжено 113 обращенных, причем большая часть их была сожжена лично, а не «в изображении», в 1492 г. в Хересе состоялось аутодафе, которое длилось три дня; в одном только приговоре инквизиции Толедо (от 10 марта 1487 г.) фигурируют 1200 осужденных; в другом, от 12 февраля 1486 г., — 750 человек, а по приговору от 16 августа 1486 г. было сожжено 25 человек, среди них: доктор, рехидор города Толедо, стряпчий и командор ордена Сантьяго.
Обращенные Арагона и Каталонии. Хотя, как уже отмечалось, инквизиция во владениях Арагона существовала с XIII века, король Фердинанде 1480 г. распространил на Арагон буллу 1478 г., согласно которой учреждалась, в соответствии с новыми условиями, инквизиция в Кастилии. Папа не давал своей санкции на этот акт до 7 апреля 1482 г. и приостановил действие указа короля 10 октября того же года. Король поспешил уволить, с согласия папы, инквизитора Арагона Хуана Кристобаля де Гальвеса, который в царствование Хуана II проявил себя как сторонник принца Вианы и враг королевы, матери Фердинанда. После утверждения нового устава инквизиции в 1483 г. и после реформы этого трибунала в Кастилии кастильской инквизиции была передана (1485 г.) юрисдикция над арагонским королевством. 6 февраля 1487 г. Торкемаде было разрешено назначить особого инквизитора для города и диоцеза Барселоны и сместить тех инквизиторов в Арагоне, Валенсии и Каталонии, которые были назначены ранее.
Но это новое учреждение столкнулось в своей деятельности с серьезными затруднениями. Во-первых, его практика не соответствовала традиционным для Арагона и Каталонии формам расследования; во-вторых, местные инквизиторы лишены были прав юрисдикции; в-третьих, новые должностные лица проявляли чрезмерную суровость в своей деятельности и злоупотребляли данной им властью, причем делали это в весьма демонстративной форме. В Сарагосе дело дошло до восстания (как раньше в Кордове против инквизитора Люсеро); арагонский инквизитор Педро Арбуэс был убит. Подозревали, что в этом деле замешаны не только обращенные, но и такие высокопоставленные лица, как вице-канцлер Альфонсо дела Кавальериа, которого папа освободил от подсудности инквизиции по бреве 1488 г. В Барселоне советники пытались воспротивиться учреждению инквизиционного трибунала (1484 г.). В ответ на требования короля городской совет заявил протест, ссылаясь на то, что в Барселоне нет ни евреев, ни мавров; в своей петиции барселонцы отмечали, что «все напуганы слухами, которые распространяются о казнях и процессах, происходящих в Кастилии», и что «если жизнь еще теплится в городе, то он обязан этим лишь скудной торговле, которую ведут упомянутые обращенные; им принадлежит львиная доля капиталов, которыми располагает город; только благодаря их торговле кораллами, шерстяными тканями, кожами и другими товарами существуют многие ремесленники; к тому же незадолго до этого, опасаясь, что инквизиция в Барселоне будет действовать столь же сурово, как в Валенсии, Сарагосе и других городах, большинство из них, и в том числе самые богатые, задумали уехать, и многие уже отправились в Перпиньян, Авиньон и в другие места, отъезд же остальных повлечет за собой окончательное разорение и гибель этого города». Протесты были столь энергичны, что, когда впервые в Барселону прибыли новые инквизиторы (1486 г.), их заставили покинуть город. При этом советники действовали в полном согласии со всеми сословиями Барселоны, а епископ, капитул и старый каталонский инквизитор Комес не признавали полномочий инквизиторов, назначенных королем и королевой. Вмешался папа, были даны новые полномочия, и, наконец, новая инквизиция утвердилась в Барселоне (1487 г.). Но советники отказались принести присягу, которой потребовал от них главный инквизитор. Эта оппозиция объяснялась не только экономическими, но и политическими мотивами, так как советники и Генеральная Депутация считали, что учреждение нового судилища противоречит фуэрос и привилегиям и что в своей деятельности оно часто будет приходить в столкновение с нормами обычного права и судебными привилегиями горожан (сессия 20 июня 1487 г.). К этому еще присоединялось нежелание жителей Барселоны допустить в свой город должностных лиц иностранного происхождения (новые инквизиторы были кастильцами), составивших преувеличенные представления о своих прерогативах и считавших, что они стоят выше всех прочих, как церковных, так и гражданских, властей Барселоны. Так, инквизиторы приказали поставить свои кресла в главном алтаре собора, на том месте, где обычно восседали короли или вице-короли Советники заставили инквизиторов убраться из алтаря. В этой борьбе каталонские епископы не раз вступали в союз с Депутацией и советниками. Трибунал начал свою деятельность 14 декабря 1487 г. (хотя уже за шесть месяцев до этого начались аресты обращенных и других подозрительных лиц, и конфискации имущества). 51 обращенных были оправданы и отпущены, но им было запрещено носить золотые и серебряные украшения и шелковые одежды, отправлять государственные должности и быть врачами, цирюльниками, аптекарями, откупщиками и т. д. С 1488 по 1492 г. были сожжены живьем 15 и «в изображении» 243 человека и приговорены к пожизненному заточению 71 человек. С 1489 по 1490 г. в Таррагоне были сожжены шесть человек (в том числе пять женщин) и 41 «примирены с церковью и приговорены к пожизненному заключению». В Валенсии с 1512 по 1514 г. были сожжены живьем 65 и «в изображении» 17 человек.