Естественно, что инквизиция не ограничивалась преследованиями людей, но, по примеру Сиснероса, уничтожала также еврейские книги. Известны распоряжения инквизитора «графств и епископств Таррагоны, Барселоны, Вика, Хероны и Эльны», лиценциата Фернандо де Монтемайора от 1498 г. Получив сведения, что «у многих христиан есть библии и другие книги по медицине, хирургии и иным искусствам, еврейскими буквами и на еврейском языке писанные, а также полные библии или части их, переведенные или переложенные на народный язык и на романсе», он приказал, «чтобы эти книги были ему доставлены и названы лица, у которых они имеются, под угрозой отлучения и конфискации всего имущества».
В результате началась усиленная эмиграция обращенных, там, где, как в Барселоне, это оказалось для них возможным. Те же, кто не мог бежать, оказались в крайне тяжелом положении. Эти лица навлекали постоянные подозрения инквизиции и подвергались нападкам со стороны черни.
Все это привело к тому, что были установлены испытания «чистоты крови». Испытуемые должны были доказать, что в их роду не было лиц еврейского и мавританского происхождения. В противном случае они не могли претендовать на занятие некоторых государственных должностей и на получение определенных званий. Так постепенно происходило все большее отделение представителей двух чуждых этнических групп, к которым в предыдущие столетия относились весьма терпимо, оказывая им известное покровительство. И хотя испытания «чистоты крови» получили особенно широкое распространение в эпоху Карла I и его преемников, но и при «католических королях» они применялись не редко. Так, папа Александр VI в булле от 12 ноября i486 г. разрешил Торкемаде не принимать в монастырь Санто-Томас в Авиле монахов еврейского происхождения. Имеются сведения о другой булле 1483 г., которая запрещала епископам Галисии, если они не были «старыми христианами», вести дела против иудействующих ни лично, ни через своих викариев, если последние также не относились к числу «старых христиан».