Первоначально юрисдикция инквизиции распространялась только на еретиков и главным образом на обращенных евреев. Вскоре инквизиции стали подсудны и обращенные мусульмане. Но так как те и другие могли иметь сообщниками «старых христиан» или же состоять с ними в родственных отношениях (что имело место в деле епископа Талаверы), да кроме того и христиане могли быть обвиненными в ереси, то инквизиция распространила свою компетенцию решительно на все население страны, привлекая к суду даже некрещеных, хотя и нельзя было рассматривать их как еретиков. Система наказаний, применяемых инквизицией, соответствовала как традициям канонического права, так и нормам светского законодательства.
Меры наказания были следующие: публичное или тайное примирение; епитимии различной строгости; передача под надзор трибунала; постоянное или временное ношение особой одежды — желтой тупики с красным крестом — санбенито; заключение, пожизненное или на определенный срок; сожжение на костре; когда присуждался к сожжению заочно обвиненный, испепелялось на костре его изображение. Если обвиняемый умирал до суда, то инквизиция могла вырыть и сжечь его останки. Специальной привилегией (что явствует из булл 1485 и 1486 гг.) королям Арагона и Кастилии разрешалось применять тайное примирение с церковью как по отношению к привлеченным к суду инквизиции при жизни, так и по отношению к посмертно обвиненным. При процедуре тайного примирения, которой подвергались многие обращенные, должны были присутствовать инквизиторы, которые обязаны были свидетельствовать любые акты «тайного примирения по привилегии».
Не следует смешивать аутодафе с приведением в исполнение приговоров: это были два различных акта. Первый состоял в торжественном объявлении вердикта инквизиции. Обычно в день какого-нибудь религиозного праздника учинялась процессия, в которой принимали участие судьи и чиновники (familiares) инквизиции, кавалеры духовно-рыцарских орденов и осужденные, облаченные в санбенито. По прибытии на одну из городских площадей, назначенную для данной церемонии, на которой был воздвигнут помост, зачитывались приговоры, произносились формулы отречения и совершались акты публичных примирений; затем освобожденные и приговоренные к смерти передавались в руки светской власти. Казнь совершалась в присутствии нотариуса. Возможно, что в некоторых случаях казнь происходила на том же самом месте, где устраивалось аутодафе, тотчас же после оглашения приговора, о чем свидетельствуют рисунки, относящиеся к тому времени. Однако обычно, вручив осужденных светской власти, судьи инквизиции удалялись вместе со своими приближенными.
Но дело не ограничивалось наказанием физическим, поскольку последнее всегда сопровождалось конфискацией имущества, осужденного; кроме того, инквизиция могла накладывать денежные штрафы и требовать возмещения судебных издержек. Конфискованное имущество поступало королю; но так как за счет конфискованных имуществ производилась оплата всех должностных лиц инквизиции, то фактически фонды эти поступали в пользу инквизиционного трибунала. На этой почве происходило немало конфликтов не только между королями и инквизиторами, но и между папами и монархами. На ассамблее инквизиции, собравшейся в Вальядолиде 27 октября 1488 г. под председательством Торкемады, было решено просить королей, чтобы они заботились прежде всего о выплате жалования инквизиторам и иным должностным лицам инквизиции, так как «в прежние времена эти лица не получали своего жалования во время и в соответствии с распоряжением их высочеств а если окажется невозможным исправить положение, то может произойти множество осложнений и нашему святому делу будет нанесен ущерб»; при этом инквизиторы указывали, что, в случае если неоткуда будет изыскать средства для оплаты жалования, они вынуждены будут продать имеющееся в их распоряжении имущество и другие вещи на сумму, которая могла бы обеспечить выплату жалования. Бесспорно, чинились при этом злоупотребления, потому что одной инструкцией, данной в Авиле 25 мая 1488 г., отмечается, что инквизиторам «ради получения жалования не следует налагать штрафов и наказаний больших, чем велит закон». О подобных же злоупотреблениях свидетельствуют письмо капитана Гонсало де Айоры (июль 1507), касающееся действий инквизитора Люсеро, и петиция папе (1507 г.) от епископа Кордовы Хуана де Дасы и от городских властей, в которых речь идет о бесчинствах агентов инквизиции в связи с конфискациями. В первые годы конфискаций было огромное количество. В Кордове в 1501 г. за счет конфискаций было выплачено жалования судьям и ушло на покрытие издержек 33 тыс. мараведи. В 1503 г. эта сумма составила 500 тыс. мараведи. Один документ, относящийся к конфискации имущества архидьякона Кастро, сына обращенного, свидетельствует, что это имущество (кстати весьма значительное) разделили между собой кардинал Карвахаль, инквизитор Люсеро, королевский казначей Моралес и секретарь короля Фердинанда — Хуан Руис де Кальсена. Папы признавали права короля на конфискованное имущество. Папское бреве от 18 февраля 1495 г. устанавливает, что распоряжение имуществом осужденных всецело зависит от королевской воли.