Несмотря на все эти реформы и на рост доходов, Изабелла вынуждена была не раз прибегать к займам; так, например, в 1493–1494 гг. она заняла у секретарей короля Фердинанда и барселонских купцов 266 тыс. сольдо с переводом долга на арагонскую казну. И хотя в год смерти королевы кастильский бюджет был почти сбалансирован, но долг достигал 127 млн., а через некоторое время (в 1509 г.) вырос до 180 млн. мараведи.
Новое войско. Завершенная при Фердинанде и Изабелле военная реформа заключалась в том, что изменен был порядок комплектования коронных войск, а различные подразделения оснащены были новыми техническими средствами. Изменение способа комплектования достигнуто было увеличением контингента наемных солдат и введением иных форм воинской повинности для населения, проживающего на территории королевского домена, и, в частности, для милиционных ополчений городов. В результате осуществления этих мер удалось покончить с существующими издревле дружинами (mensnadas) сеньоров, которые подрывали дисциплину в войске и служили опорой знати. В войне с Гранадой принимали участие все традиционные виды кастильского войска: королевские люди(gentes del rеу), пажи (donceles), оруженосцы (escuderos), рыцари коронной службы (caballeros continuos), милиция городов (Эсихи, Толедо, эрмандады), дружины сеньоров (3000 конных рыцарей и 200 пехотинцев графа Тендильи, 200 людей кардинала Толедского, отряды севильского архиепископа и графа Бонавенте) и кавалеры духовно-рыцарских орденов (кавалеры ордена Сантьяго возглавлялись магистром этого ордена). Походы и экспедиции в Африку не раз совершались и предпринимались каким-либо магнатом на своей риск и страх, безучастия короны. Но число королевских войск возрастало и в конце концов превысило вооруженные силы знати. В Галисии после проведения энергичных мер, обуздавших местную знать, король и королева разместили отряды войск, оплачиваемые казной. Численность королевской гвардии, в период гранадской кампании принявшей участие в военных операциях, превысила 3000 человек.
Контингенты коронного войска увеличились еще более после того, как учреждена была «Старая гвардия» (Guardias viejas) в составе 2500 конников и в войско влились новые пополнения — отряд конных лучников, которых в 1502 г. привел из Фландрии Филипп, и наемные дружины, рекрутируемые Фердинандом в Неаполе. Основное изменение в системе набора войск было зафиксировано в грамоте от 22 февраля 1496 г., согласно которой устанавливалось, что военную службу обязан был отбывать каждый двенадцатый мужчина в возрасте от 20 до 40 лет. Рекрутируемые таким образом воины не принимали активного участия в боевых операциях. Они составляли род резерва, призываемого по мере необходимости, причем солдаты этих подразделений получали определенное жалование в период, когда они находились в рядах армии. По-видимому, различные области страны поставляли эти контингенты по особой разверстке, в порядке очередности. Сиснерос принял меры для дальнейшего развития подобной системы комплектования армии, желая довести численность резерва до 40 000, и добился призыва в 1516 г. 30 000 пехотинцев. Значительные трудности вызывало комплектование кавалерии — рода войск, численность которого всегда было нелегко довести в Испании до нужных пределов. Преимущественно в ходе итальянских войн создана была, уже в царствование Карла V, новая система, которая легла в основу организации испанского войска в новое время. Походная жизнь, жажда славы, добычи, почестей, дух тщеславия, всегда пробуждающийся в стране, которая ведет завоевательные войны, — все это способствовало появлению солдат-профессионалов и влекло в армию дворян, искателей приключений и всевозможных честолюбцев, мечтавших о быстрой карьере.
Коренные изменения произошли в военной технике, что оказало влияние и на организацию армии. Фердинанд и Изабелла отказались от старого подразделения войск на неравные по числу бойцов единицы — так называемые баталии (baiallas), в состав которых входили дружины сеньоров, и разделили воинские контингенты на батальоны по 500 солдат, в состав которых в свою очередь входило 10 отрядов — куадрилий. Позже, по инициативе военачальника Гонсало де Айоры (получившего военное образование в Италии) и Гонсало де Кордовы, не только было введено подразделение войска на роты (compahias или capitanias) численностью по 500 бойцов и полки (coronelias или escuadrones) по 12 рот, но и было усовершенствовано вооружение и изменена тактика ведения боевых действий. Опыт, приобретенный в войнах конца XV в. и начала XVI в., и пример чужеземных армий побудили объединить в составе каждого полка различные роды оружия. Пехотным полкам приданы были отряды по 600 конников и 64 пушки. В пехоте имелись наряду с копейщиками и лучниками и мушкетеры; таким образом, в одном и том же подразделении применялось и холодное и огнестрельное оружие.