Государство приобрело в колониях большее влияние на церковь, чем в Испании. Несмотря на это, в связи с правом патроната нередко возникали конфликты между королями и папским престолом. Подобный конфликт вызван был папской буллой от 15 ноября 1504 г., которой создавалось на Эспаньоле одно архиепископство и два ему подчиненных епископства. Фердинанд счел, что этот акт наносит ущерб его правам патрона. В инструкции, данной своему послу в Риме Франсиско де Рохас, он потребовал, чтобы последний довел до сведения папы, что «должности, каноникаты и бенефиции могут учреждаться в Индиях лишь с согласия короля, как патрона., и что в данном случае выбор кандидатов должен быть предоставлен — севильскому архиепископу, решение коего король утвердит».
Фердинанд обещал уступить на содержание церквей в заморских владениях десятину, право на сбор которой было ему предоставлено буллой 1501 г., но он отмечал при этом, что корона должна сохранить за собой «треть десятины» и все золото, серебро, металлы, красящее дерево, драгоценные камни и жемчуг, добываемые в Новом Свете.
Долгие переговоры с папой завершились соглашением, которым удовлетворены были требования короля.
В то же время следует отметить, что Фердинанд и Изабелла проявляли заботу об охране интересов церкви и духовенства. Последнее через своих представителей при короле и особенно при королеве — их духовников оказывало влияние (и при этом возрастающее) на политику Фердинанда и Изабеллы, что проявилось в преследованиях, которым подверглись мориски в Гранаде и «иудействующие», в деле Колумба, в отмене прежних привилегий знати и т. д. Законы, принятые на кортесах в Толедо, решительно запрещают захваты доходных статей церкви, предписывая вернуть ей все, что незаконно было присвоено некоторыми сеньорами. Изабелла, в своем завещании поручая составить новый свод законов, указывает: «И если будут в этот свод помещены законы, нарушающие церковные вольности и привилегии, то следует их изъять, дабы они более не применялись».
Наконец, касаясь вопроса о всемирной политической власти пап, отстаиваемой столькими церковными писателями того времени, нельзя не отметить, что Фердинанд, когда это ему было выгодно, основывался в своих действиях на доктрине папской супрематии. Так, отстаивая свое «право» на захват Наварры, он в своем сообщении на кортесах в Бургосе о присоединении этого королевства отмечал, что «папа Юлий передал ему королевство Наварру, потому что его святейшество лишил права владения королей Хуана де Лабри и его супругу Каталину, поскольку они заключили союз и помогали королю Людовику Французскому, который наносит вред церкви оружием и раскольническими действиями; посему королевство это папа передал его высочеству Фердинанду, каковой может располагать им полностью, по собственному желанию».
Однако преемники Фердинанда предпочитали не считаться с правом супрематии, когда в политической борьбе с папским престолом эта доктрина обернулась против них.
Развитие промышленности и торговли
Покровительство промышленности. Фердинанд и Изабелла проявляли интерес не только к политическим и социальным, но и к экономическим проблемам, при разрешении которых ни они, ни их приближенные не могли избежать влияния общепринятых идей того времени.
Основной порок экономической политики короля и королевы заключался в переоценке роли и значения законодательных актов и во вмешательстве во все области экономической жизни страны. Обнародовалось огромное количество грамот, постановлений и распоряжений, касающихся торговли, сельского хозяйства и ремесла, проникнутые духом протекционизма. Короли старались закрыть доступ в Испанию тем иностранным товарам, которые могли конкурировать с национальными, например, сукнам, ввоз которых вредил сукновалам Мурсии и скотоводам этой области (1486–1487 гг.); шелка из Неаполя, Каликута, Турции и других мест, поскольку импорт шелковых тканей доводил до разорения гранадских ткачей шелка (1500 г.). Понимая в то же время, что необходимо поднять технический уровень испанской промышленности, короли привлекали в Испанию рабочих из Италии и Фландрии, жалуя им различные привилегии, в частности освобождая их от всех податей на десять лет (1484 г.). Главными объектами вывоза из Кастилии и из других областей были обычно не промышленные товары (за исключением шелковых тканей, которые в большом количестве производились маврами в Гранаде), а сырье, причем за границей изделия изготовлялись из испанского сырья, а затем ввозились в Кастилию и Арагон.