Французская армия занимает Рим. Папа Пий VI низложен, провозглашена республика. Пий переезжает в Сиену, затем во французский городок Баланс, где умирает в следующем году в качестве пленника.
1799 Неаполитанские король и королева заключают оборонительный союз с Австрией. В Неаполь прибывает английский адмирал Горацио Нельсон, незадолго до этого одержавший победу над Наполеоном в битве на Ниле. Благодаря стараниям английского посланника сэра Уильяма Гамильтона и его жены, леди Гамильтон, королевская чета тепло принимает Нельсона.
«Народы Италии, французская армия пришла, чтобы сорвать с вас оковы; французский народ — друг всем народам; встречайте нас с доверием. Ваша собственность, ваша религия и ваши обычаи будут в неприкосновенности. Мы воюем с истинными врагами, и у нас не может быть сговора с тиранами, которые вас порабощают».
Союзные войска Австрии и России под командованием фельдмаршала Александра Суворова вторгаются в Ломбардию, изгоняют оттуда французов и более года удерживают провинцию под своим контролем. Французская армия вторгается в Тоскану. Герцогу Фердинанду и его семье дается 24 часа, чтобы покинуть Флоренцию. Население настроено против французов, и негативная реакция на их правление выливается на юго-востоке Тосканы (Ареццо и близлежащие города) в так называемые восстания Viva Maria («Да здравствует Мария!»). По наущению священников и монахов, чернь нападает на евреев и всех подозреваемых в якобинстве, пока погромщиков не рассеивают стянутые в район австрийские войска, восстанавливающие спокойствие и общественный порядок.
Французская армия вступает в пределы Неаполитанского королевства. Нельсон спешно перевозит короля с королевой в Палермо. Неаполитанские либералы провозглашают Партенопейскую республику (название происходит от второго древнегреческого названия города Неаполиса — Партенопа). Однако осуществить чаяния крестьянских масс, мечтающих о конце феодализма в Неаполитанском королевстве, не удается. В сельской местности оппозицию новому правительству поддерживает клир во главе с кардиналом Фабрицио Руффо. Сформировав монархическую армию, он вступает в Неаполь, где его сторонникам разрешено убивать и грабить именем Христа и короля Фердинанда. К ним присоединяются лаццарони (lazzaroni) — чернь, которую составляют многочисленные безработные, и город захлестывает волна насилия. Руффо гарантирует лидерам республики свободу при условии их сдачи. По приказу вернувшихся короля с королевой, за спиной которых стоит мощный флот Нельсона, казнены более ста республиканцев.
В Венеции конклав кардиналов, изгнанных из Рима, избирает Грегорио Кьярамонти папой Пием VII.
1800 Став полновластным правителем Франции после переворота 1 брюмера, Наполеон совершает марш в Ломбардию и в сражении близ Маренго наносит сокрушительное поражение австрийцам.
Генуя, захваченная французами, которые вместо прежнего олигархического режима провозглашают в ней Лигурийскую республику, подвергается осаде австрийской армией с суши и британским флотом с моря. За два месяца, пока длилась оборона, которой руководили генералы Сульт и Массена, 30 тысяч горожан умирают от бомбардировок, голода и болезней.
1801 Подписанием Люневильского договора заканчивается война между Францией и Австрией. Согласно его условиям, Тоскана становится королевством Этрурией с правителем Лодовико Бурбонским, герцогом Пармским. Договор гарантирует существование Цизальпинской и Лигурийской республик.
Вмешательство английского адмирала Горацио Нельсона во внутренние дела Неаполитанского королевства — самая бесславная страница в его биографии, и ее вообще могло бы не быть, не поддайся он действию чар леди Эммы Гамильтон, второй жены английского посланника в Неаполе, известного коллекционера и археолога-любителя сэра Уильяма Гамильтона. Эмма была лондонской проституткой, которую ее будущий супруг взял из роскошного борделя под названием «Храм здоровья». Оказавшись в Неаполе, она свела тесную дружбу, как это ни парадоксально, с королевой Марией Каролиной. Нельсон уже встречался с четой Гамильтонов, когда двигался, чтобы встретить французский флот в Египте, и был мгновенно очарован Эммой.
Вернувшись с победой после битвы на Ниле, он позволил двум дамам, Эмме и Марии Каролине, оказать влияние на его собственные суждения и здравый смысл и помог жестоко подавить Партенопейскую республику, удовлетворив тем самым жажду мести, обуревавшую королевскую семью. Командующему морскими силами республики адмиралу Караччоло — убеленному сединами, заслуженному офицеру, доставленному на борт флагманского корабля Нельсона, после наспех проведенной судебной процедуры был вынесен приговор — смертная казнь через повешение на рее одного из фрегатов короля Фердинанда. Когда Караччоло попросил заменить ему, как боевому офицеру, повешение расстрелом, Нельсон отказал ему в этой просьбе. Заместитель английского командующего капитан Траубридж тем временем расправлялся с союзными войсками республиканцев и французов, а королевская чета учинила жестокие репрессии против сторонников республики в Неаполе.
В награду за эту услугу Нельсон получил шпагу с усеянным бриллиантами эфесом, а в придачу — сицилийское графство Бронте и большое поместье. Леди Гамильтон вернулась вместе с ним в Лондон в качестве его любовницы (ее мужа сэра Уильяма такой поворот событий вполне устраивал). В Неаполе Нельсон оказался послушным орудием в руках самых реакционных элементов и ради Эммы пошел на то, чтобы не подчиниться приказам британского адмиралтейства, предписывавшим ему покинуть Неаполь и отбыть на Мальту. Во всех будущих перипетиях Рисорджименто неаполитанские либералы никогда не забудут о той роли, какую он сыграл в разрушении Партенопейской республики и восстановлении власти Бурбонов.
1802 Получив трон Сардинского королевства после смерти отца, Карл Эммануил IV отказывается от своих прав законного наследника и уезжает в Рим, где принимает монашеский обет. Престол занимает его брат Виктор Эммануил I.
1804 Наполеон провозглашает себя императором Франции. На обряде коронации в соборе Нотр-Дам в Париже присутствует папа Пий VII, но он только смотрит, как император сам возлагает на свою голову императорскую корону.
1805 Наполеон принимает титул короля Италии и на обряде в Миланском соборе возлагает на себя историческую железную корону лангобардов. Вице-королем новообразованного государства он назначает своего пасынка, 24-летнего Евгения Богарне.
Заканчивается война между Францией и Австрией. После поражения под Аустерлицем австрийцы передают французам Венецию и ее бывшие территории. Британские войска занимают Сицилию. При новой администрации экономика острова показывает тенденцию к росту, которую подкрепляют относительный мир и порядок.
1806 Британские соединения под командованием сэра Джона Стюарта наносят поражение французам близ Майды на юге Калабрии, чем и заканчивается период французской оккупации в этом районе. Это единственное — вплоть до Первой мировой войны — участие британских войск в боевых действиях на итальянской территории будет увековечено в названии района на северо-западе Лондона — Майда Уэйл (Maida Vale — «долина Майды»). Французская армия занимает Неаполь. Фердинанд и Мария Каролина снова бегут на Сицилию, а королем становится брат Наполеона Жозеф Бонапарт.