Далее Флавий подробно рассказывает о судьбе части потомков Авраама, оказавшейся в Египте после того, как Иосиф, внук Исаака, был продан туда в рабство, а затем вознесен фараоном на неслыханную высоту власти благодаря умению толковать сны. Иосиф предоставил убежище в Египте своему отцу Иакову и многочисленным братьям, когда им вместе со стадами пришлось из-за нового голода покинуть Ханаан и отправиться на юг. Семейство счастливо поселилось в Египте, но Флавий акцентирует внимание читателя на том, что на смертном одре Иаков пророческим образом предсказал своим потомкам переселение в должный час в Ханаан и что кости Иакова и всех его сыновей будут в конце концов похоронены в семейном склепе в Хевроне (в том числе и кости Иосифа, хотя и позже остальных) [4].
Во второй половине второй книги «Древностей» Флавий наконец переходит к рассказу о массовом исходе потомков Иакова из Египта после того, как египтяне позавидовали процветанию евреев (здесь в повествовании Иосифа Флавия впервые встречается слово «евреи» как обозначение предков иудеев; в следующем предложении тот же народ именуется «племенем израильским». Разделение народа на колена (названные по именам сыновей Иакова или, в случае «полуколен» Ефрема и Манассии, его внуков) объясняется автором как последняя воля Иакова, который незадолго до смерти «повелел своим собственным сыновьям принять в число свое и сыновей Иосифа, Ефрема и Манассию, и поделиться также и с ними Хананеею» в воздаяние за исключительную доброту Иосифа к братьям.
Евреям, как писал Иосиф Флавий, предстояло 400 лет мытарств, прежде чем они были спасены и под руководством Моисея и его брата Аарона, сыновей Амрама, «знатного происхождения еврея», вышли из Египта и направились через пустыню к Ханаану. Сам Моисей после сорока лет в пустыне и грандиозного откровения на горе Синай, где он получил от Бога законы и передал их своему народу, так и не достиг Земли обетованной. Смерть Моисея окутана тайной: «…Его вдруг окружила туча, и он скрылся в каком-то ущелье. Впрочем, в священных книгах он сам упомянул о своей смерти, из опасения, как бы люди не вздумали утверждать, будто бы он, вследствие особенной любви к нему со стороны Господа Бога, был взят прямо на небо». Нееврейский читатель, дошедший уже до конца четвертой книги этого длинного труда (и одолевший тем самым одну пятую его часть), мог к этому моменту небезосновательно испытывать некоторое недоумение — не в последнюю очередь оттого, что Иосиф не называет никого из своих главных героев иудеями, несмотря на высказанное во введении намерение показать, «кто такие по своему происхождению иудеи». Изложенный в книге I рассказ о том, как ангел нарек Иакова Израилем, даже не объясняет, почему Израилем называют евреев в целом [5].
Следующая часть национальной истории уже больше соответствует привычным для читателей Иосифа Флавия канонам исторического труда, так как повествование переходит к делам войны и политики. Евреи, как писал Иосиф, провели под командованием Иисуса Навина ряд военных кампаний против ханаанеев, в том числе ужасных великанов, «которые выдавались среди остальных людей огромным ростом и страшною внешностью… Еще и по сей день показываются их исполинские кости, и кто не видел их лично, тот не поверит, как чудовищно велики они». Завоеванная страна была разделена между коленами, но их успехи в земледелии привели к появлению богатства, а оно, в свою очередь, породило приверженность к удовольствиям и пренебрежение законами, переданными Моисеем. Божественное наказание за такую нечестивость приходило в виде кровавых гражданских войн, за которыми следовало порабощение чужеземцами (ассирийцами, моавитянами, амаликитянами, филистимлянами) и героические усилия вереницы судей, которым народ вручил власть над собой, чтобы они управляли им и вели его в бой против врагов. В определенный момент народ потребовал себе царя в качестве военного вождя, и престарелый судья Самуил (Шмуэль), который уже при рождении был избран Богом как руководитель народа, с одиннадцати лет получал от Бога прямые указания и пророчествовал, нехотя назначил Саула (Шауля) первым царем Иудейским и передал ему миссию войны с соседними народами, выполненную Саулом с лихвой [6].