Чиновники Новофранцузской компании и лейтенант новой колонии едва успели прибыть в Квебек, как разразилась англо-французская война 1628–1631 гг. Англичане во главе с предприимчивым ньюфаундлендским губернатором Кирком (французы упорно считали его пиратом) перехватили шедшую из метрополии в Квебек французскую флотилию с провиантом в открытом море. Затем они высадились в Новой Франции и блокировали отрезанный от метрополии, неукрепленный и страдающий от нехватки продовольствия Квебек, в котором насчитывалось всего несколько сотен обитателей, главным образом солдат. Положение французов усугубилось изменой Этьена Брюля — считая себя обойденным по службе, талантливый первооткрыватель перешел на сторону англичан. В 1629 г. войска Кирка принудили изможденный голодом квебекский гарнизон с Шамплейном к сдаче.
Новая Франция была, однако, спасена успехами французского оружия в Европе — под Ла-Рошелью и в Бискайском заливе. По условиям мира Кирк покинул захваченную у французов территорию; позже он был обвинен в финансовых злоупотреблениях, отозван из Ньюфаундленда и посажен в тюрьму. Брюль бежал на территорию гуронов («Гуронию»), где пропал без вести (скорее всего, был убит индейцами). Освобожденный из плена Шамплейн возглавил восстановление опустошенной колонии, но болезнь и смерть в 1635 г. прервали деятельность человека, заслуженно названного отцом-основателем Новой Франции. По его замыслу в 1642 г. капитан Поль де Мэзоннев возле оставленной индейцами Хочелаги основал Монреаль.
Население колонии росло крайне медленно. К 1640 г. в Новой Франции (включая Акадию) проживало около 300 французов, главным образом солдат, мехоторговцев и священников, к 1660 г. — около 2,5 тысяч. Это было много меньше, нежели в американских владениях Испании, Голландии или Англии. Поэтому приходилось опасаться захвата малонаселенной колонии англичанами из Массачусетса или голландцами из Нью-Йорка. Да и купеческих капиталов явно не хватало для освоения огромных территорий от Атлантики до Великих озер: медленно развивавшаяся французская буржуазия не обладала такими денежными ресурсами, как голландская или английская.
Управленческих навыков нормандским и бретонским предпринимателям пока тоже недоставало. Никому не подчинявшаяся и не подотчетная Новофранцузская компания правда, пыталась руководить колонией, но она находилась в метрополии, к тому же между ней и колонией находилась целая сеть дочерних компаний. Подобная система не оправдывала себя. В Новой Франции обрабатывалось менее 1% земель (шесть гектаров!). Не было ни школ, ни крепостей, ни ремесел, ни церковной епархии. Купечество из Новофранцузской компании это не огорчало — оно получало солидные барыши, скупая пушнину у индейцев. Но духовенство и офицеры Квебека просили метрополию о помощи.
В метрополии осознали опасность утраты с трудом основанной колонии. Ставший к этому времени министром «короля-солнца» Людовика XIV крупный администратор и экономист Жан Кольбер настоял на переводе Новой Франции под прямое управление правительства (1663). Она отныне становилась коронной колонией. Известие об этом в Квебек было поручено доставить одному из видных деятелей Новой Франции — землевладельцу и офицеру Пьеру Буше, носившему звание «сеньора Монреаля».
Кольбер и его уполномоченные много сделали для укрепления безопасности Новой Франции и организации деятельности колониальной администрации. В колонию прибыли королевские чиновники (нотариусы, сборщики налогов, судьи, прокуроры, землеустроители) во главе с губернатором и интендантом. В Новую Францию стали регулярно заходить не только торговые суда, но и суда французского военного флота (Кольбер был по совместительству морским министром). Появились офицеры регулярных вооруженных сил, в том числе в генеральских чинах.
Колония усилиями Кольбера приобрела стройную систему управления. Губернатор, обычно знатного происхождения, был верховным правителем. Его власть была ограничена только властью монарха. Подчиненный непосредственно королю, губернатор руководил внешними сношениями колонии, распоряжался войсками, созывал ополчение. Он мог отменить любой судебный приговор, вынесенный в Новой Франции. Губернатор, следовательно, был главой государства в миниатюре.
Интендант, назначавшийся из лиц незнатного происхождения, подчинялся морскому министру в Париже и был вторым в колонии лицом — после губернатора. Он контролировал текущую работу чиновников, управлял колониальными финансами, отвечал за прием иммигрантов и их расселение. Он же следил за законностью, исполняя обязанности главного прокурора. Интендант издавал декреты, в том числе и за собственной подписью, возглавлял Высший совет Новой Франции, игравший роль колониального апелляционного суда. В целом полномочия интенданта, по тогдашним понятиям, были аналогичны полномочиям первого министра метрополии. Как губернатор, так и интендант назначались и смещались по усмотрению монарха и морского министра. В XVII в. губернатор иногда руководил колонией без интенданта. В следующем столетии подобных случаев не отмечалось. Но так или иначе вся ответственность за положение колонии лежала на губернаторе.