В 1935 году издана первая племенная книга горских лошадей – в ней различались как кабардинские, так и балкарские, и карачаевские лошади, но данные об их происхождении отсутствовали. По итогам Всесоюзной переписи скота на 1 января 1935 года, карачаевская порода лошадей на равных правах помещена среди других конских пород. Эта порода также упомянута в 31-м томе (1937) «Большой советской энциклопедии».
Карачаевские лошади участвовали в известном зимнем пробеге 1935/36 года вокруг Кавказского хребта, а на некоторых высокогорных участках осуществляли функцию «бульдозеров».
После проведенного в 1936 году детального обследования коневодства Карачая, в области был создан Карачаевский государственный племенной рассадник (1938). Продукция ГПР и Карачаевского ВКЗ стала поставляться далеко за пределы области. После участия во Всесоюзной сельскохозяйственной выставке госплемрассадник и его лошади стали известны на весь Советский Союз. Важным моментом стало придание карачаевской лошади самостоятельного породного статуса, о чем говорят довоенные источники того времени, приводимые в настоящей книге.
В 1941 году началась Великая Отечественная война, и наступление вермахта вынудило в 1942 году эвакуировать Карачаевский ВКЗ им. Сталина №168 в Грузию. Карачаевская область оказалась оккупированной немцами. После освобождения области в 1943 году, началась работа по восстановлению народного хозяйства, но осенью того же года в ходе сталинских репрессий карачаевский народ полностью депортировали в Среднюю Азию, где ему предстояло провести почти 14 лет. Были депортированы из Калмыкии и с Северного Кавказа вслед за карачаевцами калмыки, чеченцы, ингуши, балкарцы.
По причинам далеко не зоотехническим, карачаевскую породу лошадей формально причислили к кабардинской породе, которая разводилась в соседней Кабардино-Балкарии. Как часть кабардинской породы, карачаевская лошадь записывалась и в племенные книги. Для самих лошадей это причисление не имело серьезных последствий, поскольку племенная работа продолжалась, и в этом направлении завод №168 разрешил основную задачу – укрупнение разводимой лошади. Чистопородные и англо-карачаевские лошади нового типа поставлялись в другие хозяйства в больших количествах. Конезавод стал ведущим среди хозяйств, разводивших кабардинских лошадей.
Массово поставляемые в хозяйства КАССР лошади конезавода №168 оказывали прямое влияние на кабардинскую породу. Они поставлялись в послевоенное время как в колхозы и совхозы, так и в конные заводы. Например, восстанавливаемый в 1958 году Малкинский конный завод №34 укомплектовали карачаевскими и англо-карачаевскими лошадьми завода №168, которые составили до 73% его поголовья. Как известно, ранее, в 1954—1956 годах Малкинский №34 и Кабардинский №110 конезаводы преобразовали в мясомолсовхозы с распродажей почти всего племенного поголовья.
Во II (1949) и III (1953) томах племенных книг о карачаевской лошади не было сказано ничего. Начиная со II тома, племенная книга горских лошадей стала называться племенной книгой кабардинских лошадей, из нее исчезают термины «карачаевская лошадь», «балкарская лошадь». В это время существовал запрет на упоминание связанных с карачаевцами или балкарцами исторических или традиционных терминов. Ситуация изменилась в 1960-х, когда после доклада известного ипполога А. С. Красникова ученый совет ВНИИ коневодства счел целесообразным восстановить в зоотехнической литературе и практике названия «карачаевская» и «англо-карачаевская» для групп лошадей, разводимых в Карачаево-Черкесии. В виде подтипа кабардинской породы, карачаевскую лошадь включили в IV (1964) том племенной книги.
Так в коневодстве Карачая и сложилась такая ситуация, достаточно нелепая, когда, выращивая на своей земле свою породу лошадей, надо было называть ее кабардинской. Особо этому удивляться не стоило, поскольку полная реабилитация самого карачаевского народа наступила лишь в 1991 году. Вопросом восстановления карачаевской породы занимались Б. Д. Узденов, Х. М. Мамаев, К.-Г. М. Урусов, В. А. Парфенов, В. Х. Хотов, и многие другие неравнодушные к этому люди, и в конечном итоге справедливость восторжествовала.