Среди различных теорий о происхождении казаков как более достоверную можно принять ту, что казачьи поселения были образованы вне пределов России и в условиях, от нее не зависимых.
Отношения казаков с Москвой последовательно менялись: 1) совершенно независимое; 2) несли службу по договору с московскими князьями; 3) служили по присяге; 4) вошли в состав Российского Государства как неотъемлемая ее составная часть. Во всех случаях казаки сохраняли право на занимаемые ими земли, пользование которыми гарантировалось верховной российской властью. Во внутренней жизни казаки сохраняли независимость от центральной власти: и атаман, и ближайшие его помощники выбирались общим голосованием. Все вопросы казачьей жизни решались на общих казачьих собраниях, носивших название «Войсковой Круг» у донских казаков, и «Рада» – у днепровских и затем – кубанских.
Установившийся порядок общего равноправия и деятельности общеказачьих собраний имеют различные объяснения; и большинство историков объясняют этот обычай заимствованным у новгородцев, которые в XVI веке в большом количестве влились в казачью среду. Объяснение это связывается непосредственно с теорией происхождения казаков от «беглого люда» и ничего нового не вносит. Общие народные собрания, или вече, были свойственны всем народам во времена несложного государственного устройства. Более продолжительное время эта система держалась в Новгороде и существовала в казачьем быту. С развитием внутренней жизни, с расширением границ система общих собраний должна была отживать и принимать новые формы, более отвечающие новым условиям. Но казаки прочно держались веками сложившейся системы Войсковых Кругов и Рад, общеказачьи собрания служили для них символом их свободы и равноправия. Но система общих собраний была трудно осуществимой уже в XVI веке, – и на Войсковых Кругах донских казаков, собиравшихся в пределах нижнего течения Дона, – в «Раздорах на Дону» отсутствовали казаки «верховых» станиц, и общие вопросы решались без их участия. Общие казачьи собрания, как и собрания новгородцев, происходили часто при бурных спорах, нередко приводивших к вооруженным схваткам, что также вело к неизбежности устройства более устойчивой формы внутреннего управления.
Изменения отношений казаков с Москвой происходили под влиянием различных причин. Во-первых, казачьи поселения на Дону, Тереке и Яике были далеко отодвинутыми от московских границ в сторону кочевников, с которыми они должны были вести постоянные войны. Казаки ощущали недостаток в военных припасах, предметах питания и нуждались в моральной и вооруженной поддержке в борьбе с кочевниками. С расширением границ московских владений территории их сливались, и влияние Москвы становилось более значительным. Казаки, волей или неволей, должны были считаться с положением, делать уступки своей независимости и мириться с неизбежностью подчинению Москве.
Роль казаков в истории России была настолько значительной, что после того как на южных границах московских владений кочевники были или покорены, или исчезли и опасность нападений прекратилась, казаки и казачий внутренний быт уважительно поддерживались российским правительством, а казачьи войска, как военная сила, высоко ценились.
В истории России многие события по политическим и национальным соображениям не получили достаточного и беспристрастного освещения и обойдены наукой или просто преданы забвению. Время татарского ига, длившегося около трехсот лет, по патриотическим соображениям в историю вошло кратким эпизодом, не имевшим существенного влияния на внутренний быт и культуру русского народа. Нет сведений о внутреннем устройстве владений монголов, частью которых являлись русские княжества; организации вооруженных сил этой части, количества русского народа, ее составлявшего, и дальнейшей его участи. Отсутствие сведений о внутреннем устройстве Золотой Орды не могло дать и правильного представления о всей важной для русского народа эпохе, а вместе с тем и происхождения казачества. Отсутствие сведений или умалчивание их со стороны историков привело к ложной теории происхождения казаков, не подтверждающейся никакими хрониками.
Историки умалчивали о том, что в московских хрониках имелись сведения о существовании казаков в составе войск Золотой Орды, об участии их в составе московских войск князей-предшественников царя Ивана Грозного (время распада Золотой Орды) и о непрекращавшейся их связи с московскими князьями на протяжении всего времени вплоть до царствования Ивана Грозного, со времени которого начинается история казаков, основанная на актах Московского Государства.