После одного из походов на Крым Ружинский с казаками направился в Черное море, достиг южного берега и высадился в Трапезунде. Занявши город, захватил большую добычу, затем занял Синоп, разрушил его до основания и подошел к Константинополю. Из этого похода Ружинский вернулся с большой добычей. Кроме политических соображений войны с мусульманами ненависть Ружинского к ним объяснялась захватом турками его жены и маленькой дочери. В 1575 году гетман Ружинский при осаде крепости Аслам погиб при взрыве.
Стефан Баторий решил привлечь днепровских казаков к себе на службу, обещая им независимость и привилегии во внутренней организации. В 1576 году был издан Универсал, которым производились внутренние реформы казаков. Казакам был произведен реестр, и количество их было определено в 6 000 человек. Не вошедшие в реестр казаки превращались в сословие людей Речи Посполитой и лишались казачьего положения. Часть эта не подчинилась Универсалу, ушла в Запорожье и основала Запорожскую Сечь. Занесенные же в реестр днепровские казаки были сведены в шесть полков, делившиеся на сотни, околицы и роты. Во главе полков был поставлен старшина, и дарованы были знамя, бунчук, печать с войсковым гербом. Назначен обозный, два судьи, писарь, два есаула, войсковой хорунжий, войсковой бунчужный, полковники, полковые старшины, сотники и атаманы. Не были даны только пушки, которые казаки должны были добывать у турок.
Запорожским казакам король учредил тоже Кошевого атамана и старшину, пожаловал их войсковыми клейнотами и печатью. Главным городом реестровых казаков король назначил Чигирин и город Терехтемеров с уездом и монастырем, который отдал казакам для пропитания и лечения больных. Назначил им жалованье по червонцу в год и по кожуху. При казачьих полках была земельная собственность, дававшаяся на ранг или чин, которая носила название ранговой. Казаки должны были подчиняться коронному гетману. Реформы внутреннего быта днепровских казаков, произведенные королем Баторием, историками принято считать за время появления их на исторической сцене, когда беглые массы из Литвы и Польши Универсалом короля были превращены в организованное казачье войско.
Примерно к тому же времени относится русскими историками и зарождение донских казаков. В русских государственных архивах найден Указ царя Ивана Грозного, относящийся к 1570 году, в котором царь отправляя послов к Крым и Турцию, обращался к донским казакам с повелением, чтобы они сопровождали московских послов. Царь адресовал Указ «на Донец Северский» атаманам казацким и казакам, в котором писал: «И приводить посла из Рыльска велели к Азову Мише Черкашину. А как он, даст Бог, Иван, близко будет к ближним зимовщикам атаманским». Этот официальный, найденный в московских архивах документ историками принято считать за первоначальное появление донских казаков на исторической сцене и превращения их из беглых холопей в казачье войско, к которому послал грамоту царь.
Историческая дата обращения Иоанна Грозного к донским казакам, как и Универсал польского короля Батория, приняты историками не для подтверждения исторической действительности казаков, а ее извращения. Извращение это касается не только истории казаков, а всей эпохи царствования Иоанна Грозного. Русь со времени Иоанна Грозного была поставлена в ряду великих европейских держав. Донские казаки во время его царствования приобрели мировую славу, поставившую их в ряды героев, открывавших новые материки.
Блестящая страница донских казаков, разгромивших ногайскую орду и покоривших Сибирское царство, зачеркнута историками быть не могла, но подвергалась ими извращению. Казаки с Ермаком представлены как разбойники, как слепые исполнители указаний промышленников Строгановых, снарядивших их и указавших казакам цель. Оценка историков-гуманистов XIX столетия превратила царя в жестокого тирана удельных князей и боярства, боровшихся за свои уделы и систему государственной раздробленности. Полезная деятельность царя историками относится ко времени деятельности и руководства его окружения и благотворного влияния жены, царицы Анастасии. Ближайшее окружение царя, составлявшее «Царскую Раду», состояло из людей его возраста, не обладавших ни жизненным опытом, ни подготовкой к государственной деятельности, и, как показывает история, не проявивших таланта ни в каких отношения. «Рада» для царя служила средством устранения от вмешательства управления страной высокомерных и ничтожных по качествам знатных представителей княжеских родов и боярства. Ни Алексей Адашев, бывший постельным царя и участником его детских игр, ни его брат, ни князь Андрей Курбский, как и неизвестного происхождения священник Сильвестр, не проявили никаких качеств, которые могли бы быть отмечены историками.