Утверждения историков о их влиянии на деятельность царя служат предлогом, чтобы превратить царя в бездарного деспота, тирана удельных князей и боярства, боровшихся за свои удельные владения, противников объединения государства, начинавшего выходить на путь самостоятельного развития. Обвинять царя в жестокости к противникам объединения страны так же странно, как и утверждать преимущества ее раздробленности.
Среди членов «Царской Рады» с большими претензиями на роль правителя страны и, по выражению царя, «зазнавшимся», оказался расстрига поп Сильвестр. Он был первым и удален, затем за бесполезностью были удалены братья Адашевы, из которых Алексею во время его возвышения царем сказано: «Алексей, я взял тебя из нищих и самых незнатных людей, поручаю тебе принимать челобитные от бедных и обездоленных, коих судьба мне вверена Богом. Не бойся ни сильных, ни славных, когда они, похитив честь, беззаконствуют. Все рачительно испытывай и доноси мне истину, страшась единственно суда Божия. Да не обманут тебя и ложные слезы бедных, когда они из зависти клевещут на богатых». С тех пор сам царь начал судить многие суды и разыскивать праведно.
Оставался при царе князь Андрей Курбский, проявлявший большие качества военачальника и высоко ценившийся царем. До самого последнего момента царем выражалось князю Курбскому доверие, и перед отъездом на фронт в 1564 году царь призвав его к себе, сказал ему: «Мне нужно отправиться или самому на фронт, или вместо себя послать способного и опытного воеводу, посылаю тебя, мой дорогой, иди и побеждай». Кн. Курбский, растроганный, поцеловал руку царя. Царь не терял к нему уважения и после его измены и бегства на службу польского короля. Он вел с ним переписку и старался доказать, как равному, необходимость мер, им принимаемых в государственных целях.
Царствование Иоанна Грозного историками представлено в оценке отрицательной, прошлое же казаков не только извращено, но просто зачеркнуто. Утверждение историков о времени зарождения казаков и их истории не составляет исключения в общей историографии русского народа. До сих пор русскими историками не установлены ни происхождение слова «Русь», ни ее история, ни время и место появления на исторической сцене. История Руси начинается с призвания новгородцами неизвестного ни по роду, ни по племени князя Рюрика, не оставившего после себя никаких воспоминаний в Новгороде, воевода которого, Олег, оказался основателем первого русского княжества в Киеве, как и основателем династии Рюриковичей.
Весь докиевский период русско-славянской истории историками представляется как время, когда в этих степях жили люди, но подобные зверям, ни с человеческой культурой, ни с государственностью совершенно не знакомые. Только появление вождя из племени норманов-варягов вдохнуло в дикий народ жизнь и превратило его в организованное общество. Связь казаков с русскими князьями и народом не прекращалась в течение всего времени господства монгол, продолжалась при начавшемся распаде Золотой Орды, а более тесное общение началось после ее окончательного распада. Освободившись от власти монгол, народы русских княжеств, как и казачьи войска, начинали устраивать самостоятельную жизнь в условиях, создавшихся в течение трехсотлетнего господства монгол. Казачьи поселения располагались на землях, на которых они были расселены ханами, а к началу царствования Иоанна Грозного территориально были отделены от московских владений большими пустынными землями Дикого поля. Общие условия южно-восточных степей требовали от казаков и московских князей связи и общих усилий для защиты против общего врага, связь между ними не прерывалась, а более тесная связь была установлена с начала царствования Иоанна Грозного. Следовательно, случайно найденный официальный указ 1570 года не может зачеркнуть предшествующей истории казаков, зарождения их в условиях тяжелого для русского народа монгольского ига и непрерывавшегося их общения с Москвой в положении, не подвластном московским князьям, но зависимых от церковной власти митрополита.
Произведя реформы вооруженных сил, Стефан Баторий в 1578 году начал военные действия против Москвы. Чтобы обезопасить себя со стороны Крыма и Турции, Баторий запретил днепровским казакам нападать на Крым и турецкие владения, указав им путь набегов – на московские земли. В начавшейся войне Польши с Москвой днепровские и запорожские казаки были на стороне Польши и делали набеги на московские владения и производили опустошения. Ко времени начала войны с Баторием московские войска занимали побережье Балтийского моря от Нарвы до Риги и почти полностью земли Ливонии. Таким образом, царь Иоанн Грозный, окончательно сломивший силы враждебных орд на Востоке, разрушив «молот», представлявшийся ими, близок был к уничтожению и «наковальни», отражавшей удары с Запада.