Наказания за небрежность и невыполнение княжеских указов цели не достигали, и требовалась коренная ломка установившимся порядкам. Внешняя обстановка требовала усилий Москвы для защиты границ от нападений, со всех сторон окружавших ее азиатских орд, остатков, распавшейся Золотой Орды. Страна в течение полустолетия была независима от иноземной власти. Заложены были основы внутреннего управления, устройства вооруженных сил и сношений с внешним миром. Управление боярства во время малолетства царя хотя и приостановило развитие государственных сил, но возможности эти не исчезли и должны были в более благоприятных условиях развиваться, и быть использованными для дальнейшего внутреннего и внешнего развития страны.
В 1550 году царем был созван Собор духовных и светских лиц. Собором был исправлен существовавший Судебник, получивший название Царского Судебника, которым менялась система управления на местах. Все наместники и волостители, сидевшие в судах, и кормелыцики на воеводствах заменялись выборными от народа старостами и целовальниками, то есть, присяжными. Новые постановления уничтожали посредников и местные представители страны ставились в непосредственное общение с царем, несли ответственность перед центральной властью, распределяли местные налоги и повинности по решению на местах. За то, что земские люди освобождены были от кормелыциков и наместников, то пошлины, платившиеся им, должны были вносить в казну государеву. Таким образом, на местах административная, судебная и хозяйственная часть были переданы выборным старостам, и пошлины с народа поступали в. казну государя. От правительства на местах сидели только воеводы, под начальством которых находились местные войска, на обязанности которых лежала ответственность за сбор, вооружение и обучение местных нарядов войск. При них были поставлены «городовые приказщики», заведовавшие казенным имуществом в городах.