Особое значение имело строительство новой крепости, планы которой составлялись в Москве. Она должна была охранять Киев от «литвин и татар». Сообщалось, что после постройки крепости ключи хранить у воеводы, обязанного постоянно держать связь с гетманом для обеспечения защиты от внезапного нападения. Более татар боялись чумы – «страшной заразы», – поэтому на заставах бдительные сторожа выпытывали приезжих, всячески проверяя их документы и багаж. Тех, кто прибыл из мест, внушающих подозрение, в Киев пропускали, но в «приказной избе» долго расспрашивали: кто, по какой надобности, куда путь держит, тщательно проверяли документы. Московское правительство в данном случае можно было понять: их граница передвинулась ближе к Западу и к Ближнему Востоку, где в обилии болезни и много «злодеев», вечно замышляющих что-то плохое против царя-батюшки. Крестьяне, ушедшие с польско-литовской территории, поощрялись закреплением земли в вечное пользование. Им давали возможность поселения, но не вблизи границы. Мещанам помогали селиться в городах, учитывая их пожелания, шляхте и вольным разрешалось становиться казаками. А если родовитые люди захотят служить Москве, то оказывать содействие, но бдеть, чтобы среди них не было шпионов и предателей. Занимательно, что при этом в конце инструкции было указание служилым людям выполнять разведывательные функции: «Находясь в Киеве, бояры-воеводы обязаны разузнать, где на черкасской территории были значительные владения короля, бискупов, ксендзов, панов и шляхтичей, какие города и местности, и кого поименно. Сколько в этих владениях крестьян и бобылей, какие с этих владений собирали налоги. Всё это выяснить и записать для отправки царю». В этом чувствуется желание Москвы прибрать к своим рукам все – и землю, и людей, и их имущество, не особенно считаясь с мнением гетмана и старшин.
Московскому гарнизону очень был по душе Киевский Софийский собор, и даже свой «острог» московиты планировали строить вблизи храма. Категорически против выступил Сильвестр: «Этому строению тут не бывать, а если начнете сооружать, то я буду с вами сражаться». Тут воеводы заговорили о непристойности данных речей, и сразу же напомнили, как Косов не хотел присягать царю: «Владыка, вы защищаете интересы Яна Казимира и хотите навлечь на себя гнев царя!» Мужественный иерарх гневно ответил московитам: «Я не просился под царскую руку! Раньше я был под властью короля, а дальше буду под той, которую Бог даст. Не смотрите на начало, а ждите конца, увидите скоро, что с вами будет». Воеводы, сказав, что митрополит им не указ и они будут строить крепость, где им вздумается, ушли. Потом в этот спор вовлекли старшину и гетмана. Но наши хитроумные земляки сумели повернуть дело по-своему. Когда причина спора дошла до Алексея Михайловича, он узнал, что суть конфликта в том, что Богдан Хмельницкий и Сильвестр Косов не хотят на святой древней киевской земле ничего строить, чтобы не ворошить кости предков царской династии. Государь прислал письмо: «Ты, гетман, писал к воеводам, чтобы на том месте острога не ставить, потому, что тут земля митрополичья – Софийская и святых церквей, и пошлешь о том к нам, Великому Государю гонца вскоре, что прав церковных и дарения православных князей ломать нельзя. Чаете того, что мы, Великий Государь, не токмо имели бы что отнять, но еще и над существующим прибавить велим». Тут явно прослеживаются корни будущих притеснений – не успели воеводы прибыть в Киев, как грубо обидели владыку. Теперь сам царь вынужден писать гетману, успокаивать митрополита, чтобы «он о том не оскорблялся».
В то время на нашей земле бытовало и утвердилось мнение, что «при ком Киев – при том в вечном подданстве быть». Особое значение Киева, как духовного центра, подтверждают условия Андрусовского перемирия, по которому «Киевский треугольник» отходит к Москве. Граница между государствами на правом берегу, который оставался за Польшей, проходила по р. Ирпень и так называемым Змиевым валам в районе с. Мытница. Поощрялось поселение греков, которые стали организовывать сады и посылать ко двору Алексея Михайловича грецкие орехи и вишни. В 1663 году епископ Мефодий писал царю: «В Киеве малолюдно, а город большой».