С началом Великого поста Иеремия начал проситься назад, в Стамбул. Годунов отговаривал его, ссылаясь на весеннюю распутицу и необходимость оформить документ об учреждении патриаршества в Москве. В итоге была приготовлена так называемая «Уложенная грамота». Характерным моментом этой грамоты, составленной в царской канцелярии, является упоминание о согласии всех восточных патриархов на учреждение в Москве патриаршества, что вообще-то не соответствовало действительности. Лишь после подписания грамоты обласканный и щедро одаренный царем Иеремия уехал домой.
В мае 1590 года в Стамбуле был собран Собор. На нем предстояло задним числом утвердить патриаршее достоинство Московского первосвятителя. На этом Соборе в Константинополе было только три восточных патриарха: Иеремия Константинопольский, Иоаким Антиохийский и Софроний Иерусалимский. Сильвестр Александрийский был болен и к началу Собора скончался. Замещавший его Мелетий Пигас, вскоре ставший новым Александрийским Папой, Иеремию не поддерживал, а потому не был приглашен. Но зато на Соборе было 42 митрополита, 19 архиепископов, 20 епископов, то есть он был достаточно представительным. Естественно, что Иеремия, совершивший такой беспрецедентный в каноническом отношении акт, должен был оправдывать свои действия в Москве. Отсюда его ревность в защите достоинства Патриарха Московского. В итоге Собор признал патриарший статус за Руськой Церковью в целом, а не за одним лишь Иовом персонально, но утвердил за Патриархом Московским только пятое место в диптихах. Это событие подтверждает, что московское патриаршество – творение власти, а не церкви!
Было ли древнее проклятие, неизвестно, но вскоре после установления патриаршества на Руси наступили смутные времена.
Когда на исторической сцене появился Лжедмитрий І, первый Патриарх Московский Иов твердо выступил против него. Он предал его анафеме и в своих посланиях доказывал, что Лжедмитрий – беглый чудовский монах Гришка Отрепьев. Заняв московский престол, самозванец свел Иова с патриаршества и отправил его в Старицу, где тот и умер 19 июня 1607 года. Формально Иов оставался главой Руськой церкви, но в 1605 году Лжедмитрий самостоятельно избрал нового патриарха. Им стал архиепископ Рязанский Игнатий, родом грек, до приезда в Московию занимавший епископскую кафедру на Кипре. Он признал Лжедмитрия царевичем и был лояльно расположен к католичеству. После свержения Лжедмитрия Игнатий был лишен сана и сослан в Чудов монастырь. Новым патриархом избрали митрополита Казанского Гермогена, который при Лжедмитрии был членом учрежденного царем сената и наиболее последовательно ему противостоял. Поговаривают, что поляки посадили патриарха под стражу и заточили в Чудовом монастыре, где он принял мучительную смерть от голода в 1612 году. В течение семи лет Руськая церковь оставалась без патриарха. В 1619 годуиз польского плена возвратился митрополит Филарет, отец вновь избранного царя Михаила Романова. Находившийся тогда в столице патриарх Иерусалимский Феофан IV рукоположил его в сан патриарха Московского. Воцарение Михаила Романова и интронизация патриарха знаменовали восстановление Московского царства.